于是玄学之全部体系由四种主要部分所成：(一)本体论；(二)合理的自然学；(三）
合理的宇宙论；(四)合理的神学。其第二部分，即由纯粹理性所发展之自然学说，包含二分科，即合理的物理学(ionalira－tionalis)。
纯粹理性自身之哲学所本有之理念，制定此种区分，故此种区分与理性之基本目的相合而为建筑术的，非仅与偶然所观察之类似性相合而为技术的，即非漫无方针所创设者。因之，此种区分亦为不变的，而有立法的权威。但尚有某某数点，颇似可疑，且足以减弱吾人关于其主张正当之信念。
第一、在此等对象授与吾人感官(即后天的授与吾人)之限度内，吾人如何能期待具有关于对象之先天的知识(以及玄学)？且如何能知事物之本性及先天的依据原理到达合理的自然学？其答复如是：吾人所取之经验者，除授与吾人以外感或内感之对象以外，不再需要其他任何事物。吾人由物质之纯然概念(不可入性无生命的延扩)以得外感对象，由思维的存在者之概念(在所谓“我思”之经验的内部表象中)以得内感对象。至其余等等，则在全部玄学的论究此等对象时，吾人必须废弃一切“意在为使吾人对于对象能有更进一步之判断、以任何其他更为特殊的经验加于此等概念上”之经验的原理。
第二、吾人对于经验的心理学应以何种态度视之，此种心理学常要求在玄学中占有位置，且当吾人之时代，在以先天的方法期在玄学有所成就之事失望以后，关于玄学之进步，所期望于经验的心理学者甚大。我答以经验的心理学属于适切所谓(经验的)自然学说所属之范围，即属于应用哲学一方面，至此应用哲学之先天的原理则包含在纯粹哲学中；故纯粹哲学虽不可与应用哲学相混淆，但就此点而言，实互相密切联结。是以经验的心理学完全摈弃于玄学领域以外；此实在玄学之理念中已完全排除之矣。但按僧院派之旧习，吾人必须容许经验的心理学在玄学中占有某种位置(虽仅属枝叶地位)，且自经济的动机而言，亦当如是，盖因经验的心理学尚未发达至能以其自身成为研究主题，但若完全摈弃之，或强以之安置于较其与玄学为邻，更不适宜之处，则以其尚属重要，又似不宜。经验的心理学特如一容许其久居家内之异乡人，直至其能在完全之人类学中设置其自身所有之居住区域(即属于经验的自然学说之附属品)为止，吾人当许其一时寄居也。
概言之，以上种种即玄学之理念。最初所期待于玄学者较之所能合理要求者为大，玄学一时颇以种种愉快的预期自娱。但在证明此等期望为欺人以后，玄学遂为世人所蔑视。吾人所有批判之论证，就其全体而言，必已充分使读者确信，玄学虽不能为宗教之基础，但必能常继续为宗教之堡垒，且人类理性就其本质之为辩证的而言，绝不能废弃此种学问，盖玄学抑止理性，且以学问的完全确信的自知之明，以防阻“纵横无法之思辨的理性失其制裁，必然在道德以及宗教之领域内所犯之残毁荒芜之事”。故吾人确信玄学虽为“不就其性质判断学问，而仅就其偶有之效果判断之人”所淡漠轻蔑，但吾人必常复归玄学一若复归曾与仳离之爱人者然。盖在玄学中吾人论究基本目的——玄学必须不断从事此种目的，或努力如实洞察此等目的，或驳斥自以为已到达此等目的之人。
仅有玄学(自然玄学及道德玄学二者，尤以“用为玄学之导论及准备”之尝试的自恃的理性批判)能适切构成所可称为哲学者(就哲学一名词之严格意义言之)。哲学所唯一首先从事者为智慧，哲学由学问之途径探索之，至学问之途径一旦跋涉以后，即绝不能荒芜而为荆棘所蔽，且不容有迷离彷徨者也。数学，自然科学，乃至吾人所有之经验的知识，其大部分虽为偶然的目的之工具，但其最后结果又为人类之必然的基本的目的之工具而有高尚价值。顾此等学问之能尽此后一种任务，仅借助于“由理性自纯然概念所得之知识”，此种知识吾人虽可任意名之，但其实则不过玄学耳。
以此同一理由，玄学亦即人类理性圆满充足之发展。今姑置其与特殊目的联结视为学问所有之影响不论，玄学亦为一种不可或缺之训练。盖玄学在论究理性时，乃就其成为“某某学问所以可能及运用一切学问”之基础者等等要素及最高格率论究之。故就玄学为纯然思辨而言，谓其用以防止误谬，非用以扩大知识云云，并不伤及玄学之价值。
反之，此实予玄学以尊严及权威，盖经玄学之检查，得以保持学术界之共同秩序、和谐以及福祉，而防阻多所尽力于学术界之人有忽视“最高目的，即一切人类之幸福者也”。
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