旅顺陷后，海军提督丁汝昌褫职，仍统海军驻威海。兵舰既弱，坐守而已。朝廷逮问汝昌，鸿章请以戴罪立功。日舰集大连湾，将袭威海，先攻登州，陷荣城，日舰二十五艘环威海口外。海军方新败，并匿不出。道员戴宗骞统绥巩军驻守北帮炮台，以分统刘朝佩驻南帮炮台。日军夺枫岭攻南帮后路，朝佩败奔北台。汝昌恐炮台不能守，命卸巨炮机件以归，免资敌，宗骞持不可。及南台陷，宗骞奔刘公岛。日军踞炮台，以台之巨炮俯击澳内兵舰。别以鱼雷艇入口袭击，中定远，伤甚，驶泊刘公岛沉焉。复以鱼雷袭来远、威远，沉之。时来远管带邱宝仁、威远管带林颍启，方登陆冶游未归也。鱼雷管带王登瀛，率雷艇十二艘欲逃出口，日舰追之，并掳焉。海军水手并登岸，噪出，鸣枪过市，声言向提督乞生路，刘公岛中大扰。诸洋员请姑许乞降，以安众心，汝昌不可。诸洋员与兵轮管带等已密有成议，欲以众挟汝昌降。靖远已为炮击沉，汝昌驻镇远，军士拥护军统领张文宣至汝昌所，噪围之。营务处道员牛昶炳及各管带至，相向泣。乃集洋员议事，皆主降。德员瑞乃尔入舱密告汝昌曰：“兵心已变，势不可为，不如沉船毁炮台，徒手降敌，计较得。”汝昌从之。乃令诸将候令，同时沉船，诸将不应。汝昌复议命诸舰突围出，亦不奉命。军士露刃挟汝昌，汝昌入舱仰药死。牛昶炳乃集诸将推英员浩威作降书，仍托汝昌语钤印。命广丙管带程璧光，乘镇远艇，悬白旗诣日军乞降。日军既受降，乃以康济舰载汝昌榇送于烟台，海军扫地尽矣。
方东事初起，李鸿章已主和议，及诸城邑相继陷，朝意亦思言和。十月，侍郎张荫桓至津，就鸿章议，未决。鸿章命税务司英员德璀琳东渡，赍鸿章致日相伊藤博文书抵神户。日官电达内阁，内阁谓私函非国书，德璀琳非中国大员，非钦派不能与议。璀琳归。日人谓议和须割地，并偿兵费四万万元。由美国公使居间，乃命侍郎张荫桓、巡抚邵友濂为全权大臣赴日本会议，瑞良、顾肇新、伍廷芳、梁诚等从至广岛。日本命内阁总理大臣伊藤博文、外务大臣陆奥宗光为全权大臣，互校敕书于广岛县厅。日人谓中国全权之敕书，非全权通例，以书告绝。荫桓等力争不得，遂归国。日人致书美使，谓中国如诚意求和，当派位望素隆之大员，畀以全权，仍可随时开议，盖阴指鸿章也。正月十九日，命鸿章为头等全权大臣，赴日议和，以王文韶代为直督。美使函告鸿章，言日本来电云：“除先偿兵费，并朝鲜自主外，若无商让地土及画押全权，则使臣可无庸前往”。鸿章请诸朝，许之。鸿章乃行，挈其子经方，及美员福世德、参赞罗丰禄、马建忠、伍廷芳等，从抵马关。日本全权伊藤博文、陆奥宗光等集马关。以春帆楼为会议所，互勘敕书。伊藤博文要以大沽、天津、山海关为质，始允停战。鸿章不可，伊藤执愈坚。鸿章谓若不允停战，请勿攻大沽、天津、山海关三处，先议和约，伊藤不可。二十八日，鸿章自会议所归，遇刺客小山丰太郎狙击，弹伤颧，创甚。日皇深致歉意，遣医慰治。欧亚舆论颇沸，乃允停战，不索质地，订停战约。惟奉天、直隶、山东暂停战，以二十五日为限。伊藤以和约十款相要，限四日议复。鸿章电告总署，言日款最要者：一、朝鲜自主。二、奉天南边各地，台湾澎湖各岛，均割弃。三、赔兵费二百兆两。所索过奢，请密告英、俄、法三国公使调停。鸿章先复伊藤，一、朝鲜自主，须改日本所拟约文。二、奉天南境难割弃。三、赔款三万万，非力所及。伊藤复书拒焉，仍促速议。鸿章乃允割奉天之安东、宽甸、凤凰城、岫岩州四地，及澎湖诸岛，赔款一万万两。鸿章创已愈，复会议于春帆楼。伊藤再交约稿，于割地款内减去宽甸，赔款减至二万万两，分六期，七年偿清。谓此次约稿，中国允不允，两言而决，勿縻时日。鸿章辨久，伊藤持愈坚，且限四日复。鸿章电奏，得旨允可，乃互签约。展停战期二十一日，约互换于烟台。约文大略：一、朝鲜完全自主。二、奉天南从鸭绿江溯江抵安平河口至凤凰城，海城、营口、台湾、澎湖及所属岛屿，均割让日本。三、割让界务，限一年毕事。四、赔款二万万两，分八次交清。五、人民迁徙，限二年以内，逾期不迁，永为日民。六、开沙市、重庆、苏州、杭州四口通商。七、换约
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