三月，清师薄桂林。式耜檄总兵焦琏。琏驻别县黄沙镇，闻檄，即率三百骑赴救。时山水泛溢，士卒徒涉百里，水及马腹。临江无舟，搜村中得渔舟二艇。士卒以次渡毕，琏乃渡。以初十日薄暮抵式耜府。式耜欢甚，拊其背而劳之，如家人父子。翌日，清师数万猝至，数十骑直突文昌门，登城楼。式耜署在城楼下。矢及式耜纶巾。式耜呼琏，琏即袒臂控弦自下射之，一骑颠。连发数矢，敌应弦而倒。数十骑乃下，短兵接战。琏复杀数人。时城门闭，余骑复登城，挟马越城而下，奔还其军。琏即启门而出，麾三百骑大呼直贯其营，左右冲突，所向披靡。自寅至午，斩首数千级。清师复合，琏又大呼杀入。军士无不一当百，呼声震天，戈刀所及，血雨肉飞。式耜复率士民击金从之，以助军威。清师大奔。琏复追杀数里，清师乃退。
初，承胤之从武冈入援也，犹尊朝廷，持正守法，逐司礼王坤为窃天子权，面叱周鼎瀚为奉寺鼻息。雅重式耜，特发兵数千援桂。既而承胤请以金吾郭承昊、马吉翔、严云从封伯，御史毛寿登参驳之，吉翔等疑疏出刘湘客指。鼎瀚遂造飞语为董卓氵胥嶂议，激承胤怒，逼帝立命廷杖，缚寿登、湘客及御史吴德操、给事万六吉于行在午门外。诸臣申救得免。寿登等俱落职。承胤益横，胁帝幸武冈。式耜疏请留跸全阳，以扼楚、粤之中。不听。
四月，帝至武冈，改为奉天府。以巡道严起恒为大学士。广督何腾蛟招抚流寇曹志建、王朝俊、郝永忠等来归，悉赐五等爵。晋腾蛟总制，世袭定兴侯，驻衡州；巡抚堵胤锡驻长沙。声势稍振。
五月，承胤援兵在桂索饷而哗。式耜括库藏不足，夫人邵捐簪珥以佐之。兵卒不肯出。与焦兵主客不和，击斗掠市而去。是时，降清将定南王孔有德、靖南王耿仲茂、平南王尚可喜统兵取湖南，进攻桂林。焦琏负创奋臂，督师抚按肘羽腹石，分门婴守，用西洋铳击中马骑。清师稍却。乃出城奋击，自辰至午不及餐，将土枵腹。式耜括署中米蒸饭分哺之，将士俱乐用命。明日复出战，清师旋去。式耜先令路将马之骥伏于隔江，犄角接应。清师北，追杀二十里而还。孔有德败走，望虞山树木，皆以为金甲天神。几为焦兵所及。
余龙者，故江上盗也，有众万余，受赣督万元吉招抚。及赣破，龙等无所归，出没甘竹滩。
既而广州陷，东莞人癸未进士侍读张家玉、举人韩如璜等起兵，攻东莞。是年春，佟养甲素闻家玉名，遣副使张元琳即家召之。家玉衣冠出见，责元琳以大义。元琳固与家玉同为癸未庶常者也。归报养甲，复飞书谕之。家玉答书曰：“孔门高弟，太祖孤臣，如玉其人者，安可以不贤之招招之乎？生杀荣辱，惟公命。”其师林荐力赞之，遂结乡勇何不凡、莫子元等袭东莞，入之，执新令郑鎏，籍降绅李觉斯家以犒士。成栋帅水陆师至，家玉弃城走，以舟师屯杜看濉４褰新安，北令走。家玉令诸生陈太赤领县事。
兵科给事陈邦彦招余龙等起兵。邦彦字岩野，顺德人。乙酉间以诸生走金陵，上政要三十二策。权奸阻不用。思文得其策，读而伟之。至闽，即家授监纪推官。而邦彦亦登是科贤书。以苏观生荐，改兵部职方主事，监广西狼兵。至岭，闻变，劝观生东保潮、惠。不听。会丁魁楚立帝于肇庆，观生与魁楚不协，撤兵回韶，使邦彦赴肇称贺，且觇动静。诏授邦彦兵科给事，令回慰观生。而观生已拥立唐王聿钅粤。邦彦贻书报命，遂隐高明山中。未几，广州破，肇、梧继陷，将至平乐。邦彦闻之，扁舟入甘竹滩，说余龙乘虚袭广州。龙许之，乃焚北船百余于东莞，遂突攻广州。邦彦使其门人马应房，与龙攻顺德，复之。又与张家玉书曰：“成不成，天也；敌不敌，势也。方今清师风鹤，桂林累卵。得牵制毋西，浔、平之间庶可完葺。是我致力于此，而收功于彼也。”佟养甲访求其家，获其妾何氏并子和尹、虞尹于肇庆，厚待之。为书招邦彦。邦彦不复书，但判其楮尾曰：“妾辱之，子杀之，身为死臣，义不私妻子也。”养甲壮其为人，仍善养其妾与二子。后郡绅李星一、举人杜璜以兵攻肇庆，始杀之。璜等亦战死。李成栋至顺德，破余龙于黄连江。马应房迎战，死之。
是时，清师东指，不能复西，由是桂林稍定。式耜自三月至五月，晓夜立矢石中。推食解衣，与士卒同甘苦，故人无变志。又焦琏久将桂，得桂人心。式耜以国士遇之，独得其死力。琏乘胜复阳朔，并下平乐。怀集县丞徐定国向匿山中，誓不剃发。及是，引兵复怀集。御史鲁可藻督师复富川及贺县，引兵与焦琏会平乐。陈邦传亦由宾、柳入浔州。清师引还广州。遂复梧。粤西再定，式耜力也。以保桂功，晋式耜兼太子太师临桂世伯。式耜辞曰：“本朝封拜文
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