许多以某种行业著称的城市开始出现，江西景德镇以制瓷著称，铅山以造纸著称，广东佛山以冶铁著称，湖北汉口以商业著称。苏州的盛泽镇，震泽镇，嘉兴的濮院镇，王江泾镇，湖州的双林镇，菱湖镇，都以丝织业著称。特别是盛泽镇，从五六十户人家，发展到拥有5万人口的大镇。冯梦龙的短篇小说集《醒世恒言》第18回《施闰泽滩阙遇友》描写盛泽镇：“镇上居民稠广，土俗淳朴，俱以蚕桑为业。男女勤谨，络纬机杼之声，通宵彻夜。那市上两岸r丝牙行，约有千百余家，远近村坊织成r疋，俱到此上市。四方商贾来收买的，蜂攒蚁集，挨挤不开，路途无伫脚之隙，乃出产锦绣之乡，积聚绫罗之地。江南养蚕所在甚多，惟此镇处最盛。”松江的枫泾镇、朱泾镇、朱家角镇，则以棉织业著称。
商业城市集中于运河和长江两岸，北方少南方多，南北并不平衡。工商业的发展促使商人数量增加，商人在各地设立会馆（或同乡会馆），组成各种商帮，从事于转运贩卖各种农产品和手工业产品。少数商人是拥有几十万至一百万银两资本的大商人，分为北南两大系统，北系的代表是西商，即山西商人，南系是徽商，即安徽商人。在工商业发达的地区，有的商人收购大宗棉花、棉布、粮食、甘蔗、茶叶等进行加工，直接投资于手工业。譬如有的商人在湖州买丝，至芜湖染色，带到福州织造，这种商业资本标志着商品经济的进一步发展。由于工商业的发展，白银代替了钱钞成为市场流通的主要货币。江南地区，特别是苏、松、嘉、湖、杭地区商品经济的明显发展，创造了资本主义萌芽条件。在苏松地区就出现了资本主义生产关系的萌芽。苏州出现了拥有二十余张或四十余张织机的机户，雇佣数十个工人从事生产，这样的机户就是最初的产业资本家。
《醒世恒言》里的《施润泽滩阙遇友》一回中的施复夫妇，家中就有三四十张织机，还雇了许多工人，他已经是一个资本家了。在苏州城内有数千个机工（织工）和数千名染工，他们都是不靠土地生活，自己没有织机，受雇于人，“得业则生，失业则死”，“一日不就人织则腹枵”，完全与生产资料脱离，一无所有，只有靠出卖自己的劳动力为生。他们与机户的关系是“机户出资，机工出力”，所得报酬是“计日受值”。这些机工摆脱了封建依附关系，成为受资本家剥削的“自由”的雇佣工人。
资本主义萌芽只局限于苏州的丝织业等江南地区的少数城市和少数行业，非常微弱，而且带有浓厚的封建主义气息。但是，资本主义萌芽的出现，是在中国的地平线上升起了未来社会的新的曙光。因此，公元16—17世纪，是“天崩地解”的时代，这个时代的思想家具有“别开生面”的特色。这个时代不仅兴起了启蒙社会思潮，还兴起了启蒙科学思潮。李时珍、徐光启、宋应星等杰出的科学家，写出了一些著名的科学著作，在医药、农业、手工业及地理研究等方面，做出了重要的贡献。
李时珍（1518—1593），湖北蕲州人，毕生以行医为业，采访四方，阅书800余种，写成《本草纲目》52卷。该书190余万字，记载药物1892种，比以前新增374种，并附有动植物插图1100余幅，内容十分丰富。这部书全面地总结了在他以前的我国药物学的巨大成就，把我国药物学的研究提高到一个新的阶段，在世界的药物学史上占有重要的地位。
徐光启（1562—1633），上海人，是明代卓越的科学家，在数学、天文、历法和农学方面，都做出了很多贡献。在农学方面，留下了一部巨大著作——《农政全书》。该书60卷，约70余万字，内容比以前所有农书都要全面，对农业生产的各个方面都有详尽的记录，特别对于番薯和棉花的种植技术作了重点的介绍，对屯垦、水利工程及备荒三项作了系统的叙述。书中大量保存了《王祯农书》中的农器图谱，并且还有所增补。这部书不仅整理总结了古代农书，而且反映了当时农业生产的实际经验，富有实践的科学精神，是一部实用性很强的科学书。
王夫之（1619—1692），又称王船山，湖南衡阳人，明代唯物主义思想家。他明确肯定物质世界是独立存在的，说“天下唯器而已”，“器”是指客观存在着的事物，“无其器则无其道”，“道”是指事物规律。又说“理在气中”，“理”是指事物的规律，“气”是指客观事物。这样就在“道”、“器”或“理”、“气”的问题上，批判了宋、明理学的客观唯心主义。在认识论方面，他认为人的认识是由外界事物引起的，外界事物的存在不以人的认识与否为转移。他以浙江的山为例指出，不管人们是否看见山，山都是存在的。此外，王夫之在《噩梦》中还提出“耕者有其田”的主张，认为土地不是帝王的私产，人民生长在土地上耕种土地，土地分明是耕者所有。这是很进步的见解。
（二）宋应星的早年经历
宋应星的祖先在元代（1260—1368）以前本姓熊。元、明之际（十三世纪
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