对59例egfr突变的晚期n患者的肿瘤活检标本进行了检测，这些患者以前在1g/2gtki上经历过790p为10.3个月(范围为1.3-75.8个月)，t790+组分别为7.4月和13.6个月(hr，1.64;95，0.95-2.83;+和t790m?组之间，之前接受治疗的情况没有差异，包括作为最后线治疗的egfrtki(65.8.61.9，p=0.76)、以前使用过化疗(76.66，p=0.75，检验)，或化疗暴露的持续时间(平均215天vs.175天，p=0.75)。与以前的报告一致，显微镜下的组织学转化是罕见的，一例鳞状转化(a450)和另一例混合腺癌小细胞组织学(a092)在基线和耐药后都观察到了。
t790?疾病状态的基因组图谱
我们首先评估了我们队列中的体细胞基因组改变（除egfrt790fr突变非小细胞肺癌患者的治疗初期队列（ki耐药人群（63）中比治疗初期人群（45）更为普遍。此外，我们检测到与治疗初期肿瘤相比，治疗耐药肿瘤中tert和编码于14q22的三个基因（dr、sav1和sos2）的基因组扩增率总体较低。接下来，通过比较t790?，我们试图确定先前报道的并确定潜在的新的治疗可处理耐药机制?抗tki的样品。5例（8）患者出现?患者队列。在一名患者（a056）中，检测到导致ex14）的剪接位点缺失，外显子14处的转录缺失通过rnaseq数据验证。该患者还表现出染色体臂7fr突变缺失）和12q扩增（包含ex14扩增）。同样，我们没有在另一名t790m?患者中检测到原发性外显子19缺失/l858r突变（a058），表明失去激活egfr突变是获得性耐药真正罕见的机制。a突变（n=10，17）和790m状态没有差异（分别为p=0.69和a改变的频率（17）总体上高于晚期治疗未经egfr突变肿瘤的患者（5，a突变中，值得注意的是，大多数是克隆的（n=5/7），并且由clinvar注释为可能致病的（n=6/7）综上所述，这表明790m状态。鉴于keap1和nfe2l2共突变在产生治疗抵抗中的潜在作用。然而，我们没有在队列中检测到任何nfe2l2突变，我们只在t790m+肿瘤（a449）中检测到一个keafr突变的肿瘤中发现的早期克隆事件。与t790p53基因突变显著丰富(86.50，p=0.01)，其中大部分(n=36/37，97)为早期克隆事件(n=36/37，97)，与t790m+患者相比差异有显著性(p53突变互斥(p=0.004)。这两个基因位于同一染色体位置，负调控tp53。正如我们和其他人以前报道的，已知的癌症驱动基因突变的数量越多，多变量分析的ttp越短(hr，1.41；95，1.09-1.81；p=0.008；补充图tp密切相关，与最近的一份报告一致。
拷贝数分析发现，fr突变肿瘤中观察到的比率(88.89)相当。然而，在7名(12)没有+(嵌入图像测试，fr外显子19的缺失，这表明+耐药疾病的出现。在t790?肿瘤之间，基因组不稳定指数(gii；中位数分别为52和55)没有差异，也没
有发现t?患者的肿瘤突变负荷高于t790b中位数为2.36vb，、?队列中的吸烟者数量较多
接下来，我们检查了t790ra+患者14q21(包含foxa1和nkx2-1)与t790m状态揭示扩增相关的反复焦点扩增和缺失事件(补充图790+组(13)，并且是唯一有统计学意义的are-tep≤0.001)。我们证实了染色体3q基因(包括sox2)在3q臂增加的患者中有较高的表达(补充图ki治疗后这些染色体水平改变可能获得的程度，我们再次与治疗前的队列进行了比较。在治疗-初始队列中，38例中有7例(18)出现了3q增加(补充图?(+患者相似(?肿瘤特异获得的。有趣的是，染色体3q含有鳞状细胞系转录因子tp63和sox2，是肺鳞状细胞癌的主要特征，但以前与肺腺癌无关。
接下来，我们研究了与egfrtki耐药相关的突变过程。在肺腺癌中发现了公认的突变特征，即衰老、a、dna双链断裂修复、吸烟和dna错配修复。与t790耐药肿瘤对衰老信号的相对贡献率更高，这与egfrt790的最高概率核苷酸变化一致(补充图3+肿瘤相比，非衰老特征(吸烟、载脂蛋白bec和dna修复)在t790+肿瘤，暗示了驱动t790790m耐药性可能不太可能出现在具有较大比例的活跃的非衰老突变特征(例如吸烟/a特征)的肿瘤中。
我们使用wes数据估计了每个肿瘤样本的癌细胞比例(纯度)，并使用转录组去卷积方法tu?肿瘤中癌症和间质(非恶性)细胞中的基因表达。值得注意的是，我们推测在t790m?肿瘤的癌细胞中，肺腺癌标志基因如naa3的表达普遍且几乎完全丧失。此外，我们观察到鳞状细胞癌或神经内分泌癌的组织学标志基因在一小部分t790m?肿瘤中的表达增加(n=4，27。这些发现得到了多重免疫荧光的正交验证，证实了与t790?癌细胞中naf-1)的表达降低(图2d；补充图s14)。值得注意的是，对三个未接受治疗的n腺癌队列的分析表明，低腺癌标志物基因(napfr野生型肿瘤中观察到(图2f)。总而言之，这些数据突显了tki耐药后获得性谱系可塑性以前被低估的程度，特别是在t790m?肿瘤中，与3q扩增和非衰老突变签名过程共存，潜在地促进了表皮生长因子受体独立的信号机制。谷
鉴于检查点抑制剂在egfr突变的nki耐药相关的免疫环境，最初根据“t细胞炎症基因表达谱”(gep)特征对肿瘤进行分层。
然后，我们使用了一种已发表的计算方法(teder；ref)进一步阐明与tki耐药相关的浸润免疫细胞亚群。这表明，与免疫t790检验)，而
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