半个月后，孙传庭带着奔波不停的延绥镇仅有的五千官军骑兵，一路北上，跟在高迎祥等流贼的屁股后面，先后收复了延川、清涧两座县城，同时也将王自用、张应金、高迎祥等乱贼堵在了绥德州城之外。
王自用、张应金率领贼军，顿兵在绥德城外十来天，等来了高迎祥之后，势力更是大增，但是对于城防坚固的绥德州城来说，贼军毕竟还是贼军，装备极其落后，除了云梯之外，没有其他更有效的攻城武器，攻了两次攻不下，就这么一直围着。
等孙传庭、贺时雨带着延绥镇的五千官军骑兵赶到之时，王自用、张应金、高迎祥不敢接战，纷纷弃围而走。
绥德州的知州张輦、守将杜文焕，以及正在城中的巡按御史李应期，率领绥德州的军民，已经守了大半个月，此时见围城的流贼乱民撤围而走，也开了城门，与孙传庭、贺时雨一起夹击。
绥德州城外面云集的两三万流贼和乱民，随即大溃。
高迎祥所部安塞贼骨干，多是马贼出身，因此皆有马，一路往东逃去。
而王自用、张应金等人带着大量流贼乱民，仓皇往米脂方向奔逃。
孙传庭等人舍弃了人数较少的高迎祥，只是紧追王自用、张应金等人不舍，最终在米脂城外，与米脂县令成材所率千余米脂乡兵，再一次击溃了王自用所部贼军。
绥德守将杜文焕阵斩混天猴张应金，王自用率老营骨干数百人，逃往黄河边陕西一侧的葭县附近藏匿。
孙传庭、贺时雨等人率军，先后在大绥德州城外、米脂城外，大败了王自用所部流贼，以及他们裹挟的乱民之后，一边继续派遣官军进山追剿逃散的大股流贼，一边押着俘获的大量乱民，于十一月底，回到了绥德州城之下。
孙传庭在明末的历史上本来就是个狠角色，这半年多来，也听说了辽东对于乱军的十一抽杀之法，因此，回到绥德以后，就在绥德城外，对跟随作乱的被俘乱民青壮丁口公开执行了十一抽杀法。
前前后后被延绥镇官军、绥德州守军俘虏的两万多名男女老幼乱民之中，青壮人口就有一万一千多人。
这些青壮丁口看起来都是一个样，根本分不清哪些是流贼，哪些是被裹挟的饥民。
与此同时，执行抽杀任务的贺时雨、杜文焕，也根本没有心思想着去分辨，回到绥德城两天后，将这些俘获的青壮，一律按照乱贼做了处置。
十二月初二午时三刻，绥德城外一处黄土台地之上，铅云密布、寒风怒号，从乱民之中随机抽取出来的一千一百多人，五花大绑之后，被延绥镇官军一批又一批地拉到了台地上面，然后斩首示众。
一千一百多具尸体就地深埋，而一千一百多颗头颅，则悬挂在绥德城四门外特意立起的柱子上。
剩下的九千多乱民则按照之前三边总督衙门的军令，由延绥参政陈奇瑜、参将黄庭政，带着三千骑延绥镇官军，一路押送定虏镇，进行戍边屯垦。
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