太上老祖是自然派的代表，他无法接受人类对时间的篡改，他认为人类追求长生是个致命的错误，在他的眼里蟠桃的诞生就是个罪恶，他对所有的人类神仙宣布：长生是非法的，服用长生药就是罪恶。人类眼看永生不死的灵药蟠桃就在眼前，怎么可能会听从太上老祖的规劝。
为了毁掉蟠桃，老祖释放了十只金乌，也就是太阳，炙烤大地。蟠桃树眼瞅着就要被活活晒死，人类军团赫赫有名的先锋，后羿拿起自己的弓箭，九乌坠地，留下一个作为世间的灯塔。后羿成为了人类的救星，他和玉皇并列成为人类众神的领袖。同时人类众神再也不能容忍盘古对长生的破坏和阻拦，盘古必须死，他们撤销了盘古太上老祖的封号，高喊：吃蟠桃得永生，杀盘古得太平，杀向了天宫，可是人类众神在第一轮的交锋中没有战胜盘古，那么谁能够杀死盘古呢？谁杀死了盘古，谁就是人类至高无尚的神。后羿站了出来，他要去刺杀盘古，为了更方便的接近盘古，后羿要改头换面夺舍投胎。
此时的太上老君还隐藏着自己的身份，留在盘古的身边，盘古也根本不知道自己最亲爱的战友老君居然才是他最大的敌人，老君偷偷从昆仑山拿回天柱，并取其中最好的材质打造了九尺钉钯，约定后羿夺舍成功之后，拿着九尺钉钯拍死盘古。但是有一个人不能容忍后羿的成功，他就是蟠桃的主人——玉皇，他要做至高无尚的人类领袖。而后羿夺舍投胎之时就是除掉后羿的最好机会，他首先毁了后羿的肉身，随后又毁了后羿投胎的身体，后羿不能在有限的时间内投胎就会灰飞烟灭，后羿在最后一刻只好错投猪胎，灵魂就此沉睡，成为一头野猪流落下方。
后羿始终没有出现，但是人类已经没有那么多的时间等待，于是玉皇以谈判的名义邀请盘古赴宴，盘古太过于自信了，他带着老君去了，在酒席宴上人类突然发难，向盘古发动进攻，盘古有万夫不当之勇，但是他万万没想到老君一剑刺穿了他的胸膛，他曾经最亲密的助手，最好的战友背后捅了他一刀，盘古绝望的回头：是你。庞大的身躯倒地，化作一缕白烟。
人类战胜了盘古，蟠桃的主人玉皇被尊为上帝，也就是玉皇大帝，老君成为道祖，取代了太上老祖的地位。为了蟠桃的安全，玉帝将交合之土和蟠桃都搬上了天宫，修了蟠桃园。长生是合法的，没有任何人可以阻碍人类追求长生了，神仙的世界终于形成，但是盘古他真的死了吗？他又去哪了？一场新的大战正在酝酿之中。
盘古并没有死，他的肉身被毁，自己的一灵真性四处飘荡，来到一处山岭，后来被称为荆棘岭，寄居于一颗菩提树上，久而久之树化人形，菩提老祖诞生。菩提老祖有盘古之魂，没有盘古的身躯就丧失了旷古绝今的战力，他要想战胜现在的天庭，只有一个方案就是组建一支完全属于自己的军团。
第一步，菩提祖师首先召集忠诚于自己的部下，以及在天庭中不得势的边缘力量，其中有后来的燃灯古佛、如来、观音等。
第二步，菩提祖师拉拢战败之后四处逃难的万物将领，其中就有毗蓝婆、青毛狮子、大象等。
将两股势力合并组建了西方教，自己就是教主，他们的老师，但是这些力量远远不足以抗衡如日中天的人类众神，而且经受背叛的菩提祖师也并不信任他们，菩提只交给他们一个任务就是收集自开天辟地以来战死的人类和万物的魂魄。至于报酬，菩提许诺会给所有追随自己的人类和万物永生，那么如何永生呢？
菩提将收集到的魂魄注入树中造就了最早的一批树人，人变成树木就可以得到永生，因为树木可以扎根于地向天而生，可以自产交合之气，用现在科学的说法叫光合作用。盘古以菩提树的根茎关联了所有的树人，每个树人的想法，他都能第一时间的获得，他可以直接控制每个树人的一举一动，这样就再也不会有背叛了。跟随盘古的西方教很快就意识到了菩提的目的，菩提只给他们提供了一条路就是成为树人，彻底丧失自我意识，成为菩提操控的棋子。他们必须在长生和自由之中做一个选择，究竟要不要成为不死的植物人丧尸五感。如来解决的反对成为树人，他说：不自由毋宁死，我们是人不是树。很快西方教达成了共识并且立刻派人和天庭谈判，并且透露了菩提祖师的所有计划，菩提就是盘古他是这个世界最恐怖的敌人。树人军团在没日没夜的生产，人类必需立刻行动，天庭出动所有的战力，西方教会从内部响应。
菩提再一次被出卖了，第一次因为他的信任，第二次因为他的不信任，他的大树军团还没有形成，可是人类众神已经团团包围了荆棘岭，树人和众神大战，树人虽少但是依旧展现了人类所不具有的能力，无知无畏无痛无感，人类并不占优势，战斗就在焦灼之时，西方教中年轻领袖如来很快就发现了树人军团的致命弱点，只要切断菩提祖师和树人的关联，树人军团自然陷入崩溃，如来带着西方教围攻菩提，切断了菩提的树根，树人军团瞬间溃散，人类众神放
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