沼渊己一郎（被捕）
黑衣组织培养的杀手，但因达不到预期要求，而被送到宫野志保处作为药物实验对象。在实验前逃跑，后制造了连环杀人案，被捕。
老人
姓名不详。两年前赤井秀一在组织的卧底调查即将结束时，制定了约琴酒见面、fbi趁机实施抓捕的计划。该老人先于琴酒来到约定地点，fbi搜查官安德雷·卡迈尔上前提醒他“这里很危险，快点离开”，却不知该老人为黑衣组织成员。此事导致抓捕计划失败，并使赤井的卧底身份暴露，间接导致宫野明美的死亡。
卧底
基尔（kir，キール）
cia派入组织的卧底，本名本堂瑛海，化名水无怜奈。伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。表面身份为日卖电视台主持人（重回组织后已辞职）。在于一次暗杀政要的行动中遭遇车祸，被fbi当作真正组织成员擒获，一直在医院昏迷。苏醒后fbi才得知其身份，将她送回组织继续完成任务。
基尔/水无怜奈/本堂瑛海
黑麦威士忌（rye，ライ；已脱离组织）
fbi搜查官，真名赤井秀一，宫野明美的男友。曾化名诸星大，接近宫野明美并依靠志保的人际关系打入组织内部，卧底三年。期间得到boss赏识并获得代号“rye”。因fbi搜查官安德雷·卡迈尔的失误导致赤井身份暴露并脱离组织，并致使宫野明美被琴酒杀害。boss称之为可以射穿组织心脏的银色子弹。为了帮助重新回到组织卧底的水无怜奈骗取琴酒的信任，假装中弹身亡。之后以冲矢昴的身份出现，暗中保护灰原哀。
波本（bourbon，バーボン）
日本公安警察派入组织的卧底，本名降谷零，化名安室透。人称“神秘主义者”。曾在小时候与宫野艾莲娜有过接触。表面职业为私家侦探，并在波洛咖啡厅打工，拜毛利小五郎为师。对柯南的身份产生了兴趣。与赤井秀一相互反感，曾伪装成伤疤赤井来试探fbi，后推断出赤井未死及赤井假扮为冲矢昴活动。
伊森·本堂（死亡）
cia派入组织的卧底，本堂瑛海（水无怜奈）与本堂瑛祐的父亲。第二代日裔美国人，30年前加入cia成为谍报员。不太爱说话，使用多个假名。曾潜入组织卧底调查。4年前为了保护女儿水无怜奈的卧底身份不暴露而自杀身亡，并造成“审问水无却反被她所杀”的假象，使水无躲过组织怀疑并得到boss的垂青。
伊森·本堂
苏格兰威士忌（h，スコッチ；死亡）
日本公安警察派入组织的卧底，安室透的同事。卧底身份暴露后，在组织套问出其名字之前，在赤井秀一面前自杀。
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