101（107）初恋情人回忆事件（后篇）
102（108）古装演员杀人事件（前篇）
103（109）古装演员杀人事件（后篇）
104（110）盗贼集团别墅事件（前篇）
105（111）盗贼集团别墅事件（后篇）
106（112）新闻照片杀人事件◆
107（113）鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆
108（114）鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
109（115）侦探团大追击事件◆
110（116）烹饪教室杀人事件（前篇）◆
111（117）烹饪教室杀人事件（后篇）◆
112（118）帝丹小学七大离奇事件
113（119）白色海滩杀人事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
114（120）有氧潜水杀人事件（前篇）
115（121）有氧潜水杀人事件（后篇）
116（122）推理小说家失踪事件（前篇）
117（123）推理小说家失踪事件（后篇）x
118（124~125）浪花连续杀人事件★x
119（126）假面超人杀人事件◆
120（127）蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆
121（128）浴室密室事件（前篇）
122（129）浴室密室事件（后篇）
123（130）天气预报小姐绑架事件◆
124（131）神秘的狙击者杀人事件（前篇）◆
125（132）神秘的狙击者杀人事件（后篇）◆
126（133）旅行剧团杀人事件（前篇）◆
127（134）旅行剧团杀人事件（后篇）◆
128（135）黑衣组织10亿元抢劫事件◆b（注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创）
@1999年（129~173）
129（136~139）来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件★b
130（140）竞技场无差别胁迫事件（前篇）
131（141）竞技场无差别胁迫事件（后篇）
132（142）魔术爱好者杀人事件（事件篇）k
133（143）魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）k
134（144）魔术爱好者杀人事件（解决篇）k
135（145）消失的凶器搜索事件◆
136（146）蓝色古堡探索事件（前篇）
137（147）蓝色古堡探索事件（后篇）
138（148）最终播映杀人事件（前篇）
139（149）最终播映杀人事件（后篇）
140（150）sos！步美传达的讯息◆
141（151）结婚前夕密室事件（前篇）x
142（152）结婚前夕密室事件（后篇）x
143（153）疑惑的天体观测◆
144（154）上野出发的北斗星3号（前篇）
145（155）上野出发的北斗星3号（后篇）
146（156）本厅刑事恋爱物语（前篇）
147（157）本厅刑事恋爱物语（后篇）
148（158）路上电车紧急刹车事件◆
149（159）游乐园高空弹跳事件◆
150（160）汽车爆炸事件的真相（前篇）◆
151（161）汽车爆炸事件的真相（后篇）◆
152（162）神秘老人失踪事件◆
153（163）园子危险的夏日物语（前篇）
154（164）园子危险的夏日物语（后篇）
155（165）水中钥匙密室事件◆
156（166）本厅刑事恋爱物语2（前篇）
157（167）本厅刑事恋爱物语2（后篇）
158（168）沉默的环状线◆
159（169）诡异的五重塔传说（前篇）◆
160（170）诡异的五重塔传说（后篇）◆
161（171）流经流水亭的杀机◆
162（172~173）飞天密室工藤新一最初的事件★s
163（174）月亮、星星与太阳的秘密（前篇）
164（175）月亮、星星与太阳的秘密（后篇）
165（176）少年侦探队消失事件◆
166（177）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）x
167（178）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）x
168（179）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）x
169（180）维纳斯之吻◆
170（181）黑暗中的死角（前篇）
171（182）黑暗中的死角（后篇）
172（183）复活的死亡讯息（前篇）
173（184)复活的死亡讯息（后篇）
@2000年（174~218）
174（185~188）二十年的杀意新佛尼号连续杀人事件★x
175（189）惨遭四次杀害的男子◆
176（190）与黑衣组织的再会（灰原篇）b
177（191）与黑衣组织的再会（柯南篇）b
178（192）与黑衣组织的再会（解决篇）b
179（193）咖啡厅卡车撞入事件◆
180（194）红色杀机的夜想曲（前篇）◆
181（195）红色杀机的夜想曲（后篇）◆
182（196）九道门大搜查◆
183（197）危险的食谱◆
184（198~199）诅咒假面的冷笑★◆
185（200）名侦探遇害记（前篇）◆
186（201）名侦探遇害记（后篇）◆
187（202）黑暗中传来的神秘枪响◆
188（203）危命的复活洞窟中的侦探团
189（204）危命的复活负伤的名侦探x
190（205）危命的复活第三种选择x
191（206）危命的复活黑衣骑士s/x
192（207）危命的复活新一回来了s/x
193（208）危命的复活约定的场所s
194（209）
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