教会的决定很快就变成了一纸空文。在此期间，亚里士多德哲学依然是欧洲各大学最受欢迎的哲学学说。许多教师和学生甚至以能够援引亚里士多德为理论依据而为荣。这种状况使罗马教会不得不认真考虑在思想上如何对待亚里士多德哲学。结果短短几十年后事情就发生了根本的转变，亚里士多德哲学被认作哲学和科学的最伟大的权威。从1366年起，罗马教皇的两个使节、枢机主教以命令规定必须研究亚里士多德的逻辑学。后来又规定必须研究他的形而上学和物理学，否则就不能得到优等学位。
在这个过程中，几乎所有的哲学家都或多或少地受到了亚里士多德的影响。以布拉班特的西格尔为代表的一批神职人员教授，力主全面接受亚里士多德哲学，公开拥护阿威洛依学派，因而被称为拉丁阿威洛依主义。这种学说由于同当时以奥古斯丁哲学为代表的正统经院哲学势如水火，并从亚里士多德哲学得出了一些与教廷传统教义无法相容的结论。无法为教会当局接受。以哈勒斯的亚历山大和波纳文图拉为代表的弗兰西斯教派则是守旧派，他们虽然在形式上也接受了一些亚里士多德哲学的内容，但在原则上则顽固地坚持奥古斯丁主义传统，拒绝采纳亚里士多德哲学。
在新的现实面前，这种观点不免显得苍白无力。以阿尔伯特和托马斯为代表的多米尼克教派则力主开辟第三条道路，既能够顺应时代的新潮流。采纳亚里士多德哲学而为教会所用，同时又能够维护教廷教义的权威地位，或者换句话说，开辟一条把新柏拉图主义和亚里士多德哲学结合起来，利用亚里士多德哲学为教廷神学服务的途径。这三股思潮之间在13世纪中叶曾展开激烈的论战。史称“巴黎大论战”。正是这种激烈的斗争，把经院哲学推向了繁荣。
12世纪末13世纪初。以阿威洛依为代表的阿拉伯亚里士多德主义开始被大规模地介绍到拉丁世界。与此同时，德意志皇帝兼领西西里国王弗里德里希二世与教皇之间的斗争也进入了白热化阶段。这位皇帝不仅在政治、经济、宗.教等领域与教皇争权夺利，而且在思想领域也利用阿拉伯的阿威洛依主义来反对教廷正统神学。在他的西西里宫廷里，聚集了一批著名的阿拉伯学者，据说其中就有阿威洛依的孙子。弗里德里希本人具有一定的哲学和科学造诣，经常与这些东方的学者讨论哲学问题，例如：物质世界是永恒的吗？科学方法与神学方法之间是一种什么样的关系？灵魂的本性是什么？这些问题都明显地表现出阿威洛依主义的影响。弗里德里希利用自己的政.权保护了这些不容于正统神学的学者，使西西里宫廷一时成为传播阿拉伯自由思想和自然主义思想的中心。
13世纪中期，在号称“哲学家之城”的巴黎大学掀起了研究亚里士多德哲学的热潮，形成了拉丁阿威洛依主义的中心。尤其是约1250年阿威洛依全集的出版，更进一步推进了这一浪潮。巴黎大学的许多学者都成了阿威洛依主义者。他们提出的观点往往比阿威洛依本人更加激进，例如否定上帝的全知全能，否定个人的灵魂不死，坚持世界本身的永恒性等等。他们还凭借“双重真理论”为自己辩护，与教会正统神学展开了激烈的论争。
西格尔力图使哲学脱离与神学的内在结合，他宣称，虽然启示包含着完全的真理，但它并不需要与哲学保持一致。同样，哲学也是一个独立的思维领域。哲学思维就是“探索哲学家们――尤其是亚里士多德――所思考过的东西，即使哲学家们的学说偶尔与真理不一致』话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/…当我们进行哲学思维时，探索哲学家们的见解更甚于探索真理”。[19]在西格尔看来。神学院的教授们的研究目的是神学，而不是哲学。因此。他们不可能正确地对待亚里士多德哲学，而只能是篡改亚里士多德哲学以为己用。只有阿威洛依对亚里士多德的解释是正确的。
从亚里士多德哲学出发，西格尔以自然的证明得出了与信仰对立的结果。他拒不承认上帝创世说，认为上帝不是事物的作用因，而仅仅是事物的目的因，即上帝是创世的目的，而不是创世的原因。世界是永恒的，地球上的各种物种也是永恒的。某类生物所以能产生是由于该类物种孕育着这种生物的许多个体。这一代个体由前一代个体产生。由此连绵不断，生生不已，因而不存在有创世者。所有的事物都一再重复，在事物的永恒复归中一个世界跟随着另一个世界。世界也是必然的，自然规律是不可改变的。我们不能说上帝能够预见未来的偶然事件，因为亚里士多德已经证明，如果上帝能够预见这些事件。它们就会成为必然的事件。上帝只能认识一般的和必然的东西，而不能干预个别的事物和个人。
尤其是，西格尔追随阿威洛依，把灵魂划分为全人类共有的灵魂和个体灵魂。个体灵魂是个人的生命原则，与人的ròu_tǐ不可分，它使个人的ròu_tǐ获得生命力。并随ròu_tǐ的死亡而死亡。全人类共有的灵
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