因此，尽管神学与哲学彼此之间有着清晰的界限。但托马斯却不赞成这两个知识领域在实践中相互分离。恰恰相反，他要求神学和哲学有最亲密的合作。信仰与知识虽然分属两个不同的领域，但二者应当是和谐一致的。因为理性是上帝所创造并赋予人类的一种本性，而信仰则来自于上帝的启示，二者可以追溯到同一个真理源泉，因而不可能相互对立。毋宁说，理性与信仰二者都与谬误对立。哲学与神学之间永远不会产生任何矛盾。神学的真理虽然是超理性的，但决不是反理性的。信仰是上帝赐给我们的一种神恩。它并不削弱人们的自然本性，反而是加强人们的自然本性』话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/吧穸魅绱烁郊釉谌说谋拘陨希不仅不破坏人的本性，而且使人的本性更为完善k以，上帝赐给我们的信仰之光并不破坏我们所拥有的自然理性的光辉”?br/
哲学与神学只是认识真理的两种不同的途径，而真理只有一个，那就是上帝。倘若有人因为上帝的启示在某些地方似乎显得与人的自然理性有矛盾就拒绝它。则其愚蠢绝不亚于一个农夫因不懂哲学家的理论就认为它是假的。由自然理性出发提出反对信仰的论证，本身就与理性的最高思维原则互相矛盾。
信仰与理性之间不仅相互一致，而且它们还有一种相辅相成、互相促进的关系。信仰对于理性来说是必要的。信仰可以帮助理性开拓视野，补充和完善哲学真理。而由信仰为哲学和理性提供的服务，哲学又丰富地回报给神学。首先，理性可以保障信仰的基础。面对所有的攻击来捍卫神学，因为几乎所有对神学的攻击都是来自自然理性，为神学所作的辩护也必须从自然理性出发来进行。其次，理性可以阐明信仰的合理性，证明某些它可以把握的信条。即便是纯粹关于自然事物的知识。对于神学也有很大的用处。关于自然事物的知识可以向我们传报上帝的智慧，引导我们达到对上帝的惊赞和敬畏。达到对上帝的爱。只要我们更深刻地钻研自然事物的本质，我们就不致于在关于上帝的学说中陷入某些谬误。
当然，这决不意味着像拉丁阿威洛依主义所主张的那样，哲学与神学具有平等的地位。相反，信仰高于理性，神学高于哲学以及一切科学，这是托马斯决不动摇的立场。关于这一点，托马斯论证道：“通常，我们说一种思辨科学超过其他科学，不外指它的确实性比其他科学高，或者它的题材比其他科学更高贵，而神学在这两方面都超过其他思辨科学。说它有较高的确实性，是因为其他科学的确实性都来源于人的理性的本性之光，这是会犯错误的；而神学的确实性则来源于上帝的光照，这是不会犯错误的。说它的题材更为高贵，这是因为神学所探究的，主要是超于人类理性的优美至上的东西，而其他科学则只注意人的理性所能把握的东西。至于一般实践科学，它的高贵系于它是否引向一个更高的目的。如政治学、军事学，是因为军事的目的是朝向国家政治的目的。而神学的目的，就其实践方面说，则在于永恒的幸福，而这种永恒的幸福则是一切实践科学作为最后目的而趋向的目的。所以说，神学高于其他科学”。
正因为如此，虽然信仰可以并且应当利用理性，但这决不意味着它依赖理性。恰恰相反，“神学可能凭借哲学来发挥，但不是非要它不可，而是借它来把自己的义理讲得更清楚些。因为神学的原理不是从其他科学来的，而是凭启示直接从上帝来的。所以，它不是把其他科学作为它的上级长官而依赖，而是把它们看成它的下级和奴仆来使用”。
托马斯由此得出了他那著名的命题：“哲学是神学的婢女”。
对托马斯来说，使哲学为神学服务，具体来说就是改造亚里士多德哲学为教廷神学服务。为此，他借用亚里士多德哲学的存在与本质、潜能与现实、实体与偶性等范畴，讨论了最一般的哲学问题，并以此来证明上帝至高无上的地位。
在托马斯看来，存在是一个发生的过程，是一个现实的过程，是指在现实中有某个东西与某个概念或某种论断相对应。而本质则是我们对某个事物形成表象所必需的东西，是使某事物成为该事物的东西。在一切被创造的事物那里，存在与本质都是不同的规定性。一物的存在必然包含其作为该物存在的本质，否则它就不是作为该物存在。但却不能反过来说，一物的本质必然包含其存在。例如一个三角形，它的本质就是三条直线围成一个平面。无论它存在与否，或者说，无论它是在现实中还是在我们的表象中，它的本质都是同样的。我们可以对任何一种本质进行思考，即使对于其实际存在我们一无所知』话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/叭魏伪局驶蚴抵剩人虽不具有存在的知识，仍然能够加以理解r蛭即便我不知道自然界里是否有人或者凤凰存在，我也能够理解人是什么或者凤凰是什么r虼耍存在显然有别于本质或实质，除非可能有某种事物的本质确实就是其存在”?br/
托马斯在这里指的就是上帝。上帝的存在与其本质是同一个东西。因为上帝的本质就在于他是万物的创造者。一切创造的原因，尽管其结果各不相同，但在造成了存在这
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