此外，在教廷的信仰中，行“圣餐”所领受的圣体一直被认为是救世主的圣体血。那么，教堂的身体与血究竟是如何体现在物质中的呢？这一问题是几个世纪中神学研究的主题。这时期的西派教会在这一问题上又出现了新的争论。831年法兰克帝国神学家巴斯迦修.拉德伯图著文《主身与血》。提出“变质说”。认为饼与酒献给主后，便在实质上变成了教堂的肉与血。其他一些神学家则坚持奥古斯丁的传统理论，反对变质说。11世纪时变质说被西派教会定为正统理论，反对此说的著名神学家贝伦加尔被迫放弃自己的见解，并做了忏悔。同时，在告解圣事方面也出现了有关“忏罪”问题的新教规。而东派教会有关对圣餐性质的正统理论。则是由大马士革的约翰（约675—749）的“物质变化说”确立的。
查理曼死后，帝国迅速衰落。其子“虔敬者”路易（814—840在位）无能继承他的伟业。路易死后，三个儿子洛泰尔（843—855在位）、路易（843—875在位）、“秃头查理”（343—877在位）于843年订立凡尔登条约，瓜分了帝国。这一条约通常被视为法德两国分立的起点。帝国的分裂导致无力抵御外敌入侵，封建主义迅速发展，各地发生争权内战。教堂和隐修院大多成了地方贵族的猎取对象，隐修院院长和主教同各地堂区神父一样由世俗权力所控制。神学论争和学术生活也逐渐凋落下去了。
然而，查理曼帝国的崩溃在法国教会中却导致一部分人向教皇寻求统一和希望，试图通过提高教皇权威来遏制世俗权贵和大主教控制教会，以维持教会统一。于是，教皇的独立地位开始迅速上升。利奥四世（847—855在位）在意大利南部各城市帮助下打败了萨克森人，并在罗马城的圣彼得大教堂周围筑起一堵墙，称墙内为“利奥城”。尼古拉一世（858—867位）时对教皇权利提出种种要求，试图实现奥古斯丁《上帝之城》的理想。他主张教会应凌驾于一切世俗权力之上，教皇是整个教会的统治者，主教是其代理人。他处理了两个著名案件。一是使863年梅斯宗.教会议所批准的洛泰尔二世国王的离婚案决议无效，并开除支持国王的两位大主教的教籍，由此挫败了德国的统治者和二位大主教的威风。二是强令恢复了被专横的兰斯大主教辛克马革职的苏瓦松主教的教职，捍卫了教皇最后裁决的权利。这一时期出现的《伊西多尔教令集》就是皇权衰落，教皇权力增强的标志。这一文献的内容包括从1世纪罗马克雷芒起到8世纪格列高利二世止历任教皇和历届会议的决定。其中有真有假』话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/督塘罴》宣称，罗马主教拥有首席地位和最高裁判萢其他所有主教都可直接请求罗马主教裁决，罗马主教有节制任何大主教的权限，世俗?权不得干预罗马主教和其他主教的权限。其中有一份教令宣称，君士坦丁大帝曾命令全体神职人员听命于罗马主教，并把“罗马城和所有意大利的或整个西部地区的行省、地区和各城市”赠给罗马教会，史称“君士坦丁赠礼”，后于15世纪被尼古拉.库萨和罗伦佐.瓦拉证实是伪造的』话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/督塘罴》在中世纪是教会加强教皇权势，摆脱世俗?权控制，维护主教职权和教会财产的文献依据，是教权与皇权斗争的有力武器。
然而，教皇尼古拉一世去世后，教皇权势再度衰落。这是由于这一时期政治纷争严重加剧，教皇沦为意大利贵族手中的玩物。由于没有任何强大的政治势力做靠山，教皇便为任何一个控制罗马的党派所操纵，导致教皇迅速更迭，从8.97年至955年间，登上罗马教皇宝座的不下17人。
911年查理曼家族在德国的统治宣告结束。随着加罗林王朝的崩溃和封建主义的成长，德国分裂为各个诸侯国，权力开始落入各地贵族之手。为抵御诺曼人和匈奴人的入侵，德国需要统一，主教们为抵制日益增长的世俗贵族势力，也赞成统一。919年萨克森公爵，捕鸟者享利（919—936在位）当选国王，他同各诸侯取得和平，赶走了丹麦人，征服了易北河以东的斯拉夫各族，最终打败匈奴人，为建立一个强大的君主国奠定了基础。其子奥托一世（936—973在位）继承发展了他的事业，通过亲自任命的主教和大隐修院院长的帮助，使各诸侯听命于他。从此德意志的权力建立在控制教职委任权的基础之上，这导致下世纪为争夺主教叙任权同教皇发生的斗争。
奥托的事业不满足于德国，他把扩张目标指向意大利。951年首次进入意大利。961年教皇约翰十二世为摆脱罗马统治者贝伦加尔二世的控制，向奥托求援。奥托再次进军意大利，帮助教皇赶走了贝伦加尔。教皇在罗马为奥托加冕，封他为“神圣罗马帝国”的皇帝。不过，神圣罗马帝国皇帝虽在名义上继承了罗马帝国和查理曼帝国的传统，是教廷各国
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