为争夺摩拉维亚国和保加利亚国新教区的控制权。东西两派进行了长期斗争，这一时期斗争也达到白热化程度。摩拉维亚国君主为抵制德意志封建主和教会势力的侵入，希望得到拜占庭帝国的支持，拜占庭帝国对此求之不得。自从失去了安提阿、亚历山大里亚和耶路撒冷三大教区以后。拜占庭帝国试图向西面巴尔干半岛发展自己的势力。因此，863年便派遣修道士西里尔和美多迪乌两兄弟前往传教，他们以希腊字母为基础。创造了斯拉夫字母，把传教书籍也译成斯拉夫文。对当时的传教事业和当地的斯拉夫文化的发展产生了深远影响。为此，德意志封建主于870年策动政变。推翻了摩拉维亚亲拜占庭君主，将拜占庭帝国的传教士关进监狱并继而驱逐出境，由德意志教会控制了摩拉维亚教会。这场争夺势力范围的斗争以西派胜利告终，随后双方为争夺保加利亚国又展开了激烈冲突。
拜占庭帝国利用“和亲”和武力两种手段，使保加利亚国承认拜占庭帝国的宗主权。当时的保加利亚国王波里斯也想利用教廷统一各部族，因此便下令全国皈依了教廷。但拜占庭帝国得寸进尺的要求，促使保加利亚国企图摆脱其控制。一直窥探事态发展的罗马教皇趁机开始了策反工作。866年波里斯国王为摆脱拜占庭帝国和东派教会的控制，决定承认罗马教皇在教廷会中享有至高无上的首席地位。君士坦丁堡牧首佛提乌（810—8.95）大怒，立刻指责罗马教会犯有6项异端罪行，如在《信经》中加入“和子”句，星期六斋戒、大斋期喝牛奶、吃奶油和乳酪、要求神职人员独身，只准主教行使坚振礼等。867年拜占庭帝国皇帝米歇尔三世在佛提乌鼓动下，召开君士坦丁堡宗.教会议，开除罗马教皇尼古拉一世（858—867在位）的教籍。868年佛提乌被新任皇帝巴塞尔一世撤去牧首职务，伊格纳提乌斯（799—877）重任牧首。罗马教皇约翰八世要挟他将保加利亚教会划归罗马教会管辖，否则撤其牧首教职。伊格纳提乌斯在皇帝支持下断然拒绝，东西矛盾更加尖锐。870年教皇拒绝保加利亚国王波里斯提出的在保加利亚设置大主教座堂的要求，使波里斯绝断与西派教会的往来，再次同拜占庭帝国恢复关系。877伊格纳提乌斯去世，佛提乌再任君士坦丁堡教会牧首。教皇乘机再次提出对保加利亚教会的要求，遭到拜占庭皇帝和佛提乌的拒绝。因此罗马教会于881年再次诅咒佛提乌。884年波里斯在君士坦丁堡教会中做修士的儿子西缅即位，把东派教会的组织制度在全国推广。东西两派几经较量，终以东派胜利而告终。至此两派的裂痕已无法弥合。
11世纪。罗马教皇联合诺曼人和曰尔曼人，并引诺曼人进入意大利南部。企图挤掉拜占庭帝国在这一地区的势力。于是任命罗马教会教士为意大利南部西西里岛主教，并怂恿诺曼人禁止该地东派教区行使希腊礼仪。君士坦丁堡牧首区牧首米歇尔.色路拉里乌斯（1043—1058在职）大怒。一方面也往那里派遣主教与之对峙，下令拜占庭帝国境内所有行使拉丁礼仪的教会一律采用希腊礼仪；另一方面于1053年写信给罗马教皇利奥九世，谴责了罗马教会的种种异端罪行，如在圣餐中食用无酵饼、吃动物的血等等。教皇写信予以回击，指责君士坦丁堡牧首区牧首滥用“普世牧首”称号和在拜占庭帝国境内对待西派所属教会的种种做法，再次强调罗马教会及其主教高于一切教会及其主教。1054年教皇利奥九世派霍姆伯特和洛林的弗里德里希二位使节携信前往君士坦丁堡，遭到米歇尔.色路拉里乌斯拒绝。于是，使节把绝罚色路拉里乌斯的“教皇通谕”放在索菲娅大教堂的圣坛上以示决裂。色路拉里乌斯即刻召开宗.教会议予以反击，宣布罗马教皇及其使节是渎神的人。他们象野猪一样从黑暗的西方来到圣城诬蔑真理，并革除了利奥九世的教籍。至此，教廷东西两派终于正式彻底分裂。
1054年东西两派教会分裂不久，教皇利奥九世去世。1056年神圣罗马帝国皇帝亨利三世去世，年幼的亨利四世即位，其母艾格尼丝摄政。克吕尼派乘机开始了教会摆脱皇权控制的运动，在主教叙任权问题上教权与王权展开了一场较量。
1057年教皇斯蒂芬九世即位（1057—1058在位），支持枢机主教霍姆伯特撰文《反神职买卖三书》，宣称平信徒授任的神职无效。实际是对皇帝有神职叙任权的否定。不料教皇突然去世，引起一场危机。罗马教会的幕后主持者希尔德布兰力挽狂澜，在他的指挥和策划下，召开克吕尼改革派枢机主教会议。选举佛罗伦萨主教格哈德为教皇，称尼古拉二世（1058—1061在位）。为摆脱德皇和罗马贵族的控制，尼古拉二世依照希尔德布兰的策略。与意大利南部的诺曼人结盟，取得意大利北部最强大的封建主的支持。遂与德皇展开正面交锋。1059年尼古拉二世在罗马召开会议，颁布了由霍姆伯特起草的教皇选举法。明令平信徒不准授任神职，规定教皇只能由枢机主教团选立，教皇人选不一定限于罗马城的神职人员，如遇特殊情况，选举地点也不一定限于罗马。会议对皇帝和世俗政.权在教皇选举中的作用只字不提，实际上等于否定了他们的权力。教皇选举法规虽历经修改，但仍是至今还在沿用的一个最古
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