弗兰西斯修会同多米尼克修会一样，也设有“第二修会”即女修会和为在俗教徒而立的“第三修会”。弗兰西斯去世后，修会发生内部分裂。以利奥为首的一派坚持“原始精神”。谨守清贫，过一种以乞食和劳动为生的修道生活，被称为“守规派”或“严格派”。以科托纳的伊利亚为首的另一派，则坚持传统的罗马教会修院制度，认为修会靠乞食为生不切实际。被称为“住院派”或“放任派”。住院派得到了教皇支持。1230年格列高利九世宣布，弗兰西斯的守贫遗嘱对整个修会无约束力，等于否定了守规派的主张。1245年教皇英诺森四世宣布，所赠弗兰西斯修会的一切财产所有权归属教廷，修会具有使用权，守规派予以强烈反对。1257年住院派的著名经院哲学家波拿文图拉当选为修会总会长，他主张修会应拥有自己的修院，以便从事神学研究，追求神学真理远比乞食和劳动更重要，布道和忏悔才是修会的主旨，从而彻底推翻了弗兰西斯倡导的“原始精神”，使修会性质发生根本变化。波拿文图拉因此被称为“第二创始人”。然而，守规派虽然不断遭到教皇和住院派的联合镇压，却仍在坚持不屈服的斗争。1517年教皇利奥十世终于将弗兰西斯会正式分为两派，各自设有总会长和领导机构。
此外，还有奥斯定会和加尔默罗会。奥斯定会原为采用奥古斯丁会规的各隐修院的总称，起初并未形成统一的修会。经过教皇英诺森四世和亚历山大四世的努力，1256年全欧洲正式成立统一的奥斯定会。该会直属教皇领导，积极从事布道、神学研究工作，特别注重对《圣经》和奥古斯丁著作的研究，并跻身于欧洲各大学之中。加尔默罗会是由意大利人伯尔刀都于1156年乘十字军东征之机，率领几名隐修士到巴勒斯坦加尔默罗山隐修，并请耶路撒冷宗.教主教收徒建院，所成立的一个修会。该会谨守“听命”、“贞洁”、“清贫”、“静默”、“斋戒”。多米尼克修会、弗兰西斯修会和奥斯定修会、加尔默罗修会合称“四大托钵修会”。
罗马天.主教会的兴盛不仅表现在教权对王权的胜利，浩荡的十字军东征以及镇压和瓦解异端等方面，而且还表现在天.主教神学发展取得了巨大的理论成就。天.主教的神学理论和罗马教会的实践活动共同构成了西派教廷的繁荣。
随着在实践上的节节胜利，西部罗马天.主教会在理论上也逐渐达到了它的巅峰状态。
教廷历来重视理论建设。早在教廷传入西欧之初，它所遇到的就是一个具有悠久哲学传统的民族。为了在这块土地上扎下根来，教廷接受和改造了古希腊罗马哲学的一些理论、命题和概念，用来建立、完善和论证自己的教义，于公元初的几个世纪里形成了独具特色的教廷哲学形态，即教父哲学，其最著名的代表就是4～5世纪的希波主教圣奥古斯丁。然而。西罗马帝国灭亡后，教会一直忙于应付新出现的混乱局面，无暇顾及理论建设。致使奥古斯丁后继乏人。以后的几百年间，虽然东西两派教会在神学问题上有过诸多的激烈争论。但哲学传统却是若断若续。加罗林王朝时期，虽曾一度重视教育，积极兴办学谢话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/⒊导七艺，并产生了爱留根纳这样的杰出神哲学家，但毕竟独木难支大厦t诖笤?00年的时间里，教廷在神哲学理论方面可以说没有大的建树。进入10世纪后，西部天.主教会的逐步兴盛以及对付异端的需要使建立统一的神哲学理论被提到了议事日程上。而加罗林王朝所肇始的复兴文化的运动则为此提供了文化基础。随着学校的增多和复兴文化运动的深入。逻辑学逐渐获得了特殊的地位。11世纪，法国神学家贝伦加里首倡用辩证术即逻辑方法研究和讨论神学问题，逐渐为其他神学家接受。
逻辑和神学的这种结合不仅强化、深化了神学的内容，而且也使人们能够重新认识教父典籍中涉及的哲学问题、命题和概念。从而形成了新的哲学风格和思想，产生了教廷神哲学的第二个历史形态。由于这种新的神哲学是在教会的经院中形成的，后人也就称之为经院哲学。由于弗兰西斯修会和多米尼克修会的大力推动，以及十字军东征中由阿拉伯人和拜占庭人所保存的古代哲学思想和典籍传入西欧，经院哲学在13世纪达到鼎盛。神学与哲学的这种密切结合。形成了天.主教会在这一时期的特色。
经院哲学的基本内容在于运用理性的推理、证明等逻辑手段来论证神学教义，例如上帝存在的问题、三位一体问题、圣事的内容和意义问题、教权与皇权的关系问题等等。在讨论这些问题时，不可避免地涉及到一些哲学问题，其中最重要的就是关于共相”（即“一般实体”）的争论。这场争论几乎伴随着整个经院哲学的发展，在经院哲学内部形成了两个相互对立的基本派别。即唯名论和唯实论。唯名论认为，共相只是一个名称，不能离开具体事物独立存在，真实存在的只是形形色色的具体事物，唯实论则相反，认为共相是真实存在的，是具体事物存在的根据，具体事物都是由共相派生的。从这两种对立的基本观点出发，经院哲学家们还引申出不
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