虽然存在着这些近乎荒诞的记载，但明朝史料大都认为建文帝没有死，那么为什么这个问题还能引起那么大的争议呢？这是因为在后来，一件事情的发生使得建文帝的生死变得不再是单纯的历史问题，而是极为复杂的政治问题。
这件事情就是“朱三太子”事件，即所谓明朝灭亡之时，朱三太子并没有死，而是活下来继续组织反清的事件，要说这位朱三太子也实在算是个神仙，从顺治到康熙、雍正，历经三个皇朝，如同幽灵般缠绕着清朝统治者，一直捱到三个皇帝都死了他还始终战斗在反清第一线。清朝政府对这个幽灵极其头疼。很明显，建文帝的故事与朱三太子有很多相似之处，故而在修明史时，清朝政府即授意史官更改这段历史，一口咬定建文帝是自杀而死。
值得肯定的是，很多史官坚持了原则，，但无耻的人无论哪个朝代总是不会缺的，大学者王鸿绪就是这样的一个人。他的人品明显比不上他的学问，为了逢迎清朝政府，他私自修改了明史稿（明史底稿），认定建文帝已死。由于明史毕竟是官方史书，故而影响了很多人对建文帝之死的看法，直到近代，史学界对建文帝未死的问题才有了一个比较肯定的意见。
历史的真相始终是被笼罩在迷雾中的，无数人为了各种目的去修饰和歪曲它，以适应自己的需要。
但我始终相信，真相只有一个，而它必定有被揭开的一天。
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