1917年，他与中村古崃共同创设日本精神医学会。1919年，他开始尝试家庭疗法。1920年，出版《神经质及神经衰弱的治疗法》，森田治疗法正式诞生。1921年，他又出版了《精神疗法讲义》。1924年8月，森田正马获得了医学博士学位。
1930年，在森田正马的主持下，成立了神经质研究会，是森田治疗法集体研究的开端，同时发行新杂志《神经质》。1932年，他接管地热海一家旅馆，改名为森田馆，兼为旅馆及精神治疗所用。
那些影响至深的个人经历，导致森田正马后来提倡神经质的本质论，包括疑病素质论。所谓的神经衰弱，并不是真的衰弱，而是假想的主观的臆断。神经质患者，本能上是有很强的生存yù_wàng，是努力主义者。
其中，最重要的是，森田先生发现了“放弃治疗的心态”，对神经质具有治疗作用。从他的个人经历可以看出，森田疗法理论基础的内容，全都是他自己痛苦体验的结晶。
1937年，森田正马从自创的森田馆正式退休。
1938年4月12日，森田正马因患肺炎病逝，享年64岁。
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