在阿耳戈船英雄回程的路上，他们再次经历了无数危难艰险。当他们途经海妖塞壬居住的海岛时，被海妖那充满魔力的歌声迷住，引诱上了岛去。但俄耳甫斯那金竖琴的美妙音乐，和他的歌声共通战胜了海妖歌声中的诱惑。直到最后，阿耳戈船英雄到普兰克泰浮崖旁一个狭窄的海峡时，两侧巨大的山岩在海峡上空连接，形成了一个拱顶。海水在这拱顶下汹涌澎湃，不但形成令人胆战心惊的旋涡，还形成了直逼拱顶的滔天巨浪。为宙斯送神食的鸽群也无法幸免于难，每天都会有一只鸽子在此丧命。阿耳戈船英雄在女神赫拉的帮助下渡过这道难关：赫拉劝说安菲特里忒把普兰克泰浮崖下的浪涛平息，让阿耳戈船英雄安然穿越了海峡。
经过漫长的航行，阿耳戈船英雄终于来到淮阿喀亚人生活的海岛。岛上的国王阿尔喀诺俄斯热情接待了他们。他们刚想在经历了艰险的旅程后好好休息一下，但还不到一天，科尔喀斯人的船队又出现了，他们仍然要将美狄亚带回。阿尔喀诺俄斯连忙从中调停，避免了一场血战。阿尔喀诺俄斯做出了裁决：假如美狄亚没有成为伊阿宋的妻子，她就必须跟科尔喀斯人回去。当天深夜，阿尔喀诺俄斯的妻子阿瑞忒派人把这个消息透露给伊阿宋。伊阿宋和美狄亚连夜举行了婚礼，第二天伊阿宋在所有淮阿喀亚人和科尔喀斯人面前庄严发誓，宣布美狄亚是他的妻子。于是阿尔喀诺俄斯判定，美狄亚应当与她丈夫在一起，没有办法，科尔喀斯人只得一无所获地返回了。
阿耳戈船英雄停留在热情好客的淮阿喀亚人的岛上，歇息了很久，然后继续航行。顺利地航行了很长时间之后，伯罗奔尼撒的海岸在淡蓝色的远方现出了身影。然而海上一股突如其来的旋风，将阿耳戈号卷向外海。阿耳戈号被旋风裹着，在无边无际的茫茫大海上行驶了许久，最终来到一片荒凉的海岸。阿耳戈船英雄对命运感到悲观失望。舵手林叩斯沮丧地坐在船尾，对返回希腊失去了希望。就在英雄们失却了所有力量和勇气，沮丧地徘徊在海岸边的时候，女神们又来了，她们为伊阿宋出主意，告诉她阿耳戈号现在在利比亚，只有等安菲特里忒卸下马车的马以后，阿耳戈船英雄才能把船从泥泞中抬出来，扛在肩头从利比亚沙漠走出去。但阿耳戈船英雄无法预知安菲特里忒何时会将她车上的马卸下来。但海中突然跑上来一匹雪白的马，穿越沙漠飞驰而去。阿耳戈船英雄明白，这正是是安菲特里忒从车上卸下的那匹马。于是英雄们将阿耳戈号扛在肩上，顶着烈日炎炎，忍受着饥渴的折磨，在沙漠中行走了整整十二天，终于来到赫斯珀里得斯姐妹居住的国家。在赫斯珀里得斯姐妹的指点下，英雄们由赫拉克勒斯从山岩上凿出泉眼。泉水使得英雄们解了渴，他们将泉水带上，踏上了回乡之旅。但阿耳戈船英雄无法找到出海的通道，因为他们所处的地方并非大海，而是特里同一处湖泊。在俄耳甫斯的建议下英雄们向湖神敬献三脚供桌，一位英俊的青年立刻出现在英雄们面前。为了表示自己的热情好客，他给了英雄欧斐摩斯一块泥土，然后又给阿耳戈船英雄指明了出海的通道。然后，阿耳戈船英雄以一只公羊献祭。湖神特里同亲自指引他们绕过了白色岩礁，安全冲出旋涡，进入了宽阔的大海。后来，英雄们抵达了克里特岛，打算在岛上补充淡水，好继续航行。但雷神宙斯赐予弥诺斯的青铜巨人塔罗斯巡视全岛，守卫着弥诺斯的领地，所以禁止他们登岸。美狄亚只好用巫术将塔罗斯催眠。于是塔罗斯身上一枚用来堵血管的铜钉掉了下来，血液如同熔化的铅水般在地上流动，巨人死掉了。阿耳戈船英雄能够放心大胆地靠岸停船，补充淡水了。
当英雄从克里特岛返回希腊时，欧斐摩斯把特里同送出的泥块丢入大海，变成了一个岛屿，阿耳戈船英雄将它命名为卡利斯忒岛，欧斐摩斯的后代就在这个岛上居住，于是改名为斐拉岛。
后来阿耳戈船英雄又遇到了一场海上风暴。风暴在漆黑的夜里肆虐，阿耳戈船英雄随时都可能触礁沉没，或在海岸山岩上撞得粉身碎骨，他们被吓得魂飞魄散。阿波罗在海空接连射出金箭，耀眼的光芒将四周照亮，为阿耳戈船英雄照亮前路。等他们把船停在阿那斐岛，等待一段时间后，风暴终于停息，并且顺风刮起。阿耳戈号平稳地行驶在蔚蓝的大海上。此后再未遇到艰险，终于回到了日夜盼望的伊俄尔科斯港口。
阿耳戈船英雄一到伊俄尔科斯，就向曾帮助他们脱离旅途艰险的众神献上了大量祭品。伊俄尔科斯全城上下欢欣鼓舞，为阿耳戈船英雄的归来举行庆祝，为阿耳戈船英雄和首领伊阿宋取回了金羊毛高声赞颂。
珀利阿斯之死
珀利阿斯耍赖不履行诺言，不肯交还给伊阿宋由祖先那里继承的权力。伊阿宋无法忍受这种屈辱，发誓要报复珀利阿斯。美狄亚希望协助他。不久，就找到了复仇的机会。美狄亚在伊阿宋的请求下，由女神赫卡
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