等到战船来到了克律塞岛，奥德修斯让涅俄普托勒摩斯率领几名亲兵上了岸，到菲罗克忒忒斯生活的山洞中去寻找他。然而这时菲罗克忒忒斯却不在洞中，但是他没一会儿就回来了。
菲罗克忒忒斯不断地呻吟着，回到了山洞，伤口的疼痛仍旧令他时刻忍受着强大的折磨。看到有人来到这里，他很是高兴。而等他知道来的人就是阿喀琉斯之子涅俄普托勒摩斯的时候，就更加喜出望外了。涅俄普托勒摩斯照着奥德修斯教给他说的谎话告诉了这位被苦难折磨的人，然后又告诉他，阿喀琉斯与帕特洛克罗斯和大埃阿斯等人不幸身亡的消息。菲罗克忒忒斯听到他最亲密的几位朋友已经牺牲，心中感到无比的悲痛。他请求涅俄普托勒摩斯把他带回希腊去，还把自己的弓箭交给了阿喀琉斯的儿子，让他替自己保管，嘱咐他千万提防奥德修斯，不要被这个奸诈的人偷走。菲罗克忒忒斯不断地催促涅俄普托勒摩斯赶快起航到希腊去。
这时，一名士兵突然冲进来报告，说英雄福尼克斯和忒修斯的两个儿子已经在朝着这里来的路上了，他们要动用武力，把菲罗克忒忒斯绑到特洛伊城中去。这个消息令菲罗克忒忒斯十分恐惧，几乎要晕倒在地，尽管如此，他仍拖着一条伤腿，向海边匆忙地挪动。涅俄普托勒摩斯看着菲罗克忒忒斯被痛苦折磨得十分悲惨，再也不忍心蒙骗他，便把实情对菲罗克忒忒斯全盘托出，而且还准备把弓箭还给他，而就在这时，奥德修斯从藏身之处冲了出来，拦住了涅俄普托勒摩斯。一见奥德修斯，菲罗克忒忒斯就想转身逃跑，他试图从悬崖顶上跳进大海里，他不愿意帮助与自己不共戴天的仇人奥德修斯和阿特柔斯的儿子们，宁死也不屈服。不过奥德修斯赶忙令手下的士兵将菲罗克忒忒斯抓住，把他押回了战船。菲罗克忒忒斯感到绝望了，而涅俄普托勒摩斯无法忍心看着他继续被折磨下去，就把弓箭还给了这个不幸的人。这样一来，奥德修斯的整个阴谋都破产了，他只得赶快撒腿逃命，他清楚得很，要是赫拉克勒斯的毒箭射中了他，那他一定会死得很痛苦。
而涅俄普托勒摩斯还在试图再次劝说菲罗克忒忒斯，让他同意和自己一起前去特洛伊，以帮助希腊军队将该城攻克。但是菲罗克忒忒斯始终无法原谅阿伽门农、墨涅拉俄斯以及奥德修斯曾给他带来的巨大痛苦，因此断然拒绝了。看来奥德修斯一行人只好无功而返了，他们开始绝望，认为特洛伊城就如同所说的那样永远无法被攻克。
但就在这个时刻，赫拉克勒斯出现了，他全身闪烁着永生神祇的光彩，来到了菲罗克忒忒斯面前。他告诉菲罗克忒忒斯，在特洛伊城下他会遇到一位最伟大的英雄，那位英雄一定会为他治好他那经久不愈的创伤，还发誓他一定会在攻打特洛伊城的战斗中建立起巨大的功绩。菲罗克忒忒斯听从了朋友的建议，自愿登上了仇敌奥德修斯的战船，与他们一同起程到特洛伊去，在那里，伟大的功勋正在等待着他去建立。
到达特洛伊城下后，涅俄普托勒摩斯凭借着阿喀琉斯之子那无人能及的力量与胆魄，建立了许多卓著的功绩。很多特洛伊英雄都被涅俄普托勒摩斯杀死了。在一场惨烈的决战中，他杀死了赫拉克勒斯的后代——忒勒福斯之子欧律皮罗斯。欧律皮罗斯如神祇般英俊，在门农死后，他就是特洛伊城最英勇的守卫者。
另一方面，菲罗克忒忒斯来到了特洛伊城下，没有多久，就用箭把引起特洛伊战争的罪魁祸首——帕里斯射伤了。因为菲罗克忒忒斯射出的正是赫拉克勒斯留下来的毒箭，所以帕里斯所受的箭伤无法医治，箭头的毒汁侵入了他的肌体，并且日益深重，他整日被巨大的痛苦折磨着，离开特洛伊城，进入了自己还是个普通的牧人时，无忧无虑地生活过的森林里，在受尽痛苦的折磨后死在了森林里。后来，牧人们发现了他的尸体，他们为这位昔日伙伴的死亡失声痛哭。他们堆起巨大的篝火，把帕里斯的尸体放在篝火上焚化了。牧人们把他的骨灰收集起来，装进了罐子中，埋入坟墓。
虽然希腊军队又得到英雄的相助，但是一直没能够用武力将特洛伊城攻克。于是奥德修斯决定乔装改变，冒险潜入城中。他先举起鞭子在自己的脸上抽打，让自己变得面目全非，就连最亲近的人也无法将他辨认出来。然后换上了一身破衣烂衫，假扮成一个乞丐，偷偷潜入特洛伊城，准备探听特洛伊人的下一步行动。特洛伊人看到奥德修斯，还以为这只是个可怜的老乞丐，然而海伦却认出了他的身份。海伦将他领回到了自己家中，为他把身体清洗干净，还发誓绝对不会把他的真实身份向特洛伊人透露。奥德修斯偷偷地在特洛伊城中大厅寻访，没过多久就把一切都打听清楚了，然后又杀死了很多守城的卫兵，顺利地回到了希腊军营。之后奥德修斯又与狄俄墨得斯一起，共同进行了一次更大的冒险：两人偷偷潜入特洛伊城，来到雅典娜的神庙里。看见神殿中矗立着的一尊天神赐予的护城木雕神像。而正是因为这尊神像在特洛伊城里，所以希腊人才无论如何都无法攻克特洛
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