两年后，王直的船只载着三名葡萄牙海商前往双屿岛贸易，但是遭遇风浪而偏离航向，抵达日本的种子岛，王直自称“儒生五峰”作为翻译，与当地的武士进行笔谈，葡萄牙人将一批火枪卖给了当地人。第二年葡萄牙人再度来到这里的时候，当地人已经学会了火枪的制造技术，把制造出来的火枪叫着“铁炮”，从此铁炮在日本逐渐推广开来。
王直听说浙江温州附近海域有个双屿港，是商贾云集的地方，也是进行走私活动的自由王国，于是带着巨款来到了双屿港。对于王直的到来，金子老、李光头、许栋等海盗头目表示热烈的欢迎，王直凭着巨额财富，一下子成为双屿港的巨头之一。
嘉靖二十四年，王直加入徽州府歙县同乡许栋的财团，担任掌柜，联络日本和葡萄牙的海盗在沿海各地进行走私活动，同时利用双屿港的武装力量在沿海进行抢掠，倭患在沿海各地空前严重起来。直到双屿港被朱纨指挥下的明军捣毁。
王直在宁波港东北部海域的金塘岛马迹山站住了脚跟，在那里聚集倭寇残部，修筑军事据点，加紧制造包括大型战船在内的船只。王直化重金请来龙江宝船厂的高级造船师，要求设计制造能够容纳两千人以上的巨型战船，以能够跟明军的大型福船敌对。
残存倭寇在磨刀霍霍准备卷土重来，而沿海官方也有一股暗流在涌动。双屿港被端掉了，朱纨继续在对残存倭寇穷追猛打，这形势引起了沿海一部分官僚的高度关注。形势这样发展下去，势必断了许多人的财路。于是闽浙沿海各府州县中利益受到损害的名门望族联合地方官开始对朱纨发起反击。
需要交代一下的是，还在嘉靖二十七年九月，朱纨在捣毁双屿港后又对残余倭寇进行穷追猛打，给倭寇一连串的重大打击。看形势，倭寇有被彻底消灭的可能。闽浙沿海的名门望族对此情况不能容忍了，于是控告朱纨的书信雪片也似的飞向京师。在朝廷中的闽浙籍官员看到势头不对，紧急行动起来，经过密谋，决定由御史陈九德、周亮，给事中叶镗等给皇上提出上疏，理由是朱纨权力过大，应该削去一部分军权。赵文华是浙江宁波慈溪人，任通政史。“通政使”这个官职是正三品，是收受、检查内外奏章和申诉文书的官职，在朝廷也是一个重要职位。加上陈九德是严嵩的干儿子，严嵩是朝廷首辅大臣，皇上对严嵩是言听计从，现在陈九德提出上疏，说朱纨权力过大，应该削去一部分军权。皇上思忖，陈九德这个意见有点道理啊，一个人任两个省的军务提督，这个职务原来没有过啊。好，就按陈爱卿的意思办。于是皇上在陈九德的上疏后面写了两个字：准奏。于是朱纨由浙江巡抚、闽浙海防军务提督改任为浙江巡视。
朱纨虽然被降了职务，受了一点小小的惩罚，但是朱纨性格固执，不知收敛，居然继续对残余倭寇实行穷追猛打，走马溪一战，倭寇再一次受到沉重打击，不少倭寇头领被打死或者活捉后被杀。闽浙沿海的名门望族再一次掀起对朱纨的反攻波澜，以陈九德为首的闽浙籍官员决定把朱纨整死，于是御史陈九德、周亮，给事中叶镗等官员一齐行动，一份份上疏摆在皇上的龙案之上。
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