加强海防需要足够数量的兵员和先进的武器装备。沿海设立的巡检司原定兵额是二千五百人，现在绝大多数只有千人左右，有的甚至被撤销。不仅人员减少严重，武器的数量和质量也大不如从前。以海防中最重要的战船为例，数量只有鼎盛时期郑和下西洋的十分之一，而且战斗力最强的大型战船全部损毁。由于水师战斗力不强，所以从来不敢干涉海上的走私贸易，一部分水师头领甚至和海商集团一起进行非法交易，从中渔利。要扭转这种现象，必须迅速想办法增加兵员，可以从内地调动部队进入沿海，充实卫所兵员。或者从沿海地区招募壮丁。要赶制出一批装备先进的大型战舰装备沿海水师。
加强海防需要足够数量的战船。为了应急，首先征调战船四十余艘，分布在沿海各港口，做好随时投入战斗的准备。
加强海防需要沿海的乡民大力支持。为了应对卫所兵力的不足，可以从沿海地区招募乡勇组成自卫军，进行军事训练，当出现倭情时配合卫所官兵参加战斗。
粮食供应是军队战斗力的保障，要特别抓紧粮食的储藏。要对各卫所屯粮数规定储藏量，还没有达到储藏量的，由海道副使限期完成。
第三件要做的事情是禁止商船下海。为什么要禁止商船下海呢？实际上，本朝自洪武皇帝以来一直实行海禁，禁止商船下海。根源在于倭寇。元末明初，日本的幕府和大名互相征战。在战争中失败了的幕府和大名，为了寻找出路，就组织武士、商人和浪人到中国沿海地区进行武装走私和抢掠骚扰。这些武士、商人和浪人就被中国东南沿海的人们称作倭寇。洪武年间，为了防止倭寇侵扰，下令实施海禁政策，禁止中国人赴海外经商，也限制外国商人到中国进行贸易。随着倭患越来越严重，海禁政策也愈加严格。目前东南沿海的倭患已经到了非常严重的程度，所以强化海禁政策也是目前抗倭战争的需要。
第四件要做的是完善里甲制度。早在洪武年间，皇帝就制定一百一十户为一里的规定，在全国推行黄册制度，完善地方的管理机构，规范地方社会的权力结构，形成以安分守法的地主富民为乡村社区管理层的社会秩序。但是由于人口数量的增长和迁移率的提高，乡村社区成员之间贫富分化程度的加剧，商品经济发展对乡村社会的冲击和影响等原因，建立在里甲体制上的原有乡村社区呈现出明显的分解趋势，粮长、里长之类的职役性地方精英的社会地位大幅衰落，乡村社会的支配权力转移到绅士和土豪等非职役性地方精英手中。所以在许多地方，里甲制度已经名存实亡。为了更加有效地进行抗倭战争，必须把广大乡村的人们都纳入有组织的轨道，这就必须把里甲知道恢复和强化起来。
推行里甲制度，里甲的管理者可以组织本里甲的百姓行动起来，搜捕、严惩勾结倭寇的内贼，孤立倭寇。
朱纨针对目前最要紧的几个问题进行专项整治，在各府州县贴出告示：
“浙江巡抚、闽浙海防军务提督晓喻闽浙各府州县军民人等：为整顿海防，杜绝倭寇行动之便利，本提督特作如下规定：
严禁专造违式大船，假以渡船为名，专运贼赃并违禁货物，以致不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲。下海通番之人，借其资本，籍其人船，动辄以某府自称，出入无忌，船货回还，先除原借本利相对，其余赃物平分，盖不止一年，亦不止一家。因此情由，不禁乡官之渡船，则海道不可清也。今本提督不恤怨谤，行令禁革，以清弊端：闽浙沿海，凡能远航之二桅大船须于十五日内至官府登记，由官府集中管理，然后由官府出资购买。另，未违禁船只虽被允许在海上从事正常贸易活动，但绝不允许假借乡官之名出入，并且接受官府的统一管制调用。
倭寇、番夷、佛郎机等贼倚海为窟，出没不时，诚难底诘，然此等非籍漳泉之民，虽不禁之而亦不来矣。而愚下之民，一叶之艇，送一瓜，运
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