明国曾对满洲进行过多次打击，被称为“犁庭扫穴”，满洲元气大伤。仅从明宣德八年至明成化十五年（1433——1479年）短短的46年间，满洲即遭受明军入讨5次。其中明宣德八年（1433年）、明正统二年（1437年）、明成化三年（1467年）、明成化十四年（1478年）、明成化十五年（1479年），各年度进行一次大规模的残暴讨伐，每次均以“可屠者屠之......尽灭乃已”，满洲“流离四散，其余存者无几”，致使满洲数十年后才得以复苏。
满洲屡遭重创后，努力大衰，长期一蹶不振。在明景泰元年（1450年）时，因凡察被明廷处死后，明廷以凡察长孙纳郎哈包庇董山为由，将其拘留，不久又处死。为此，满洲人人胆颤心寒，满洲大首领两年无人敢袭职，形成一片散沙的局面。后来明廷脱罗为满洲左卫都指挥同知。李满住孙子完者秃为满洲右卫都指挥同知。
脱罗、卜花秃、完者秃降袭父祖职以后，满洲十分残破，对外已无能力进行掠夺和战争，对内也必须团结互助，才能共渡难关。满洲三卫的首领论辈分是卜花秃最高，其次是脱罗，完者秃辈分最小。但三卫自动调解，三卫掌印全由完者秃负责，对外处理事务和对内处理纠纷，皆由完者秃出面，实际上他成为三卫部落联盟的大首领但有事关三卫大事，左右二卫，与中卫（满洲卫）共同协商，作出决定，由掌印者指挥执行，一般无所争执。
明成化三年（1467年）后，完者秃、脱罗、卜花秃和满洲右卫的另一名指挥同知罗下，及三卫部众都居住在佛阿拉城及周围一带。佛阿拉城，今称旧老城，在新宾二道河子南山上。明廷称之为“满洲老营”或“虎拦哈达城”，简称“虎城”。完者秃等分别率领本卫的塔坦重建家园。塔坦，即“一堆火”一个锅吃饭之意，原来是指狩猎民族野外打猎的宿营单位，但此时由于氏族组织渐被破坏，由狩猎单位演变成了军事和行政组织，每卫都分成几族和几十个塔坦，有些像今天村下面的小组。他们努力从事狩猎、采捕生产，然后，由卫主率领部众从汉人区易换农具、耕牛，积极恢复农业生产。
满洲各部每年从三月至五月和七月至十月，各塔坦分别编队或十人一伙儿，二三十人一帮，结队进入山林。游猎的人或骑或步，住地连布结幕。一幕三四人，或率领妻子单遍及民用工业而居。季节一到，是女真人“布在山谷之时”，红围小猎，“渔梁幕宇马迹，遍满山野”。满洲人狩猎时规模有大有小，规模大时有80余户“空落而出”，或60余人“载纲出猎”，规模小时，甚至是一家单独“结幕，挈妻子往来”。他们经常是“农事半年收获毕，且从渔猎作生涯”，有的男子“田猎资生，未尝在家”，呈现一派渔猎繁忙的景象。
明初到明中叶，东北广大地区的女真人分为建州、海西、东海（野人）三部。最初，建州女真分布于今牡丹江、绥芬河及长白山一带；海西女真分布于今松花江流域；东海女真则散居在黑龙江及库页岛一带。
自明初至明中叶，在女真住地设置卫、所，逐渐增加,多达384个卫、所，总属奴儿干都司名下。卫、所的长官如都督、指挥使、同知、佥事、千户长、百户长等，均以女真酋长担任。明廷给予印信，允许定期赴京朝贡。并先后于广宁、开源、抚顺、清河、□阳、宽甸等处开设马市，进行贸易。
此类卫所称为羁縻卫所，故仍受辽东都指挥使司节制。海西女真人亦失哈（亦信）,为明廷内官,在明永乐九年(1411)至宣德八年(1433)的20余年中，屡受朝命出使奴儿干（黑龙江下游地区），并于永乐十一年(1413)和宣德八年兴建和重建永宁寺于奴儿干都司所在地（黑龙江口附近亨滚河来汇处特林地方古城），两次皆立碑于寺前，前者额题《永宁寺记》，后者额题《重建永宁寺记》，详细记载奴儿干都司及永宁寺建立经过与亦失哈屡次出使情形。碑上刻有汉、女真、蒙古、藏4种文字,题名均由亦失哈领衔居首，以下数十人，有汉、女真、蒙古等多种民族成分，为明朝东北部疆域及女真各部臣属明朝的历史见证。
明代女真各部中，建州女真为元胡里改、斡脱怜二万户的部民，酋长阿哈出、猛哥帖木儿于明初来归，先后建立三卫（建州卫、建州左卫、建州右卫），设指挥使，统辖其众。海西各卫所后来发展为叶赫、辉发、哈达、乌拉四部。因受东海女真的袭扰，建州、海西二部相继辗转南移，嘉靖年间(1522～1566)，建州女真定属于今抚顺以东苏子河一带；海西四部则散处于今开原以北辉发河流域。建州、海西二部生产力发展较快，农耕技术相对提高，已普遍使用铁器和牛耕，迅速由采集狩猎经济转向农业经济，进入奴隶制发展阶段。[各部部长称贝勒、贝子,拥有大批奴仆（阿哈）,成为奴隶主（额真），平民则称为伊尔根]。永宁寺碑明成祖经营奴儿干设立卫所的记事碑，背面有女真文，为女真文字资料中的珍品。
明万历十一年(1583)，女真人的杰出首领、猛哥帖木儿的六世孙清太祖起兵，统一了建州各部，万历十七年(1589)，明廷授予清太祖都督佥事，寻升左都督，后加授龙虎将军。清太祖相继兼并海西四部，征服东海女真，统一了分散在东北地区的女真各部。在统一过程中，清太祖将女真人原有的狩猎生产组
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