对于小皇帝，张居正是无比忠心，有时忠心得有点肉麻。例如，张居正有一次在奏疏中对皇帝说："今伏荷皇上天语谆谆，恩若父子。"40岁的张居正将10岁的皇帝比作父亲，倒也有趣。但是，实际上张居正对于小皇帝的辅导和帝鉴图说关怀，也是无微不至的。他为皇帝安排了详尽的视朝和讲读的日程表。大至朝廷用人之道，小至宫中的一些小节，张居正都要细细地与皇帝说。
有一次，小皇帝想搞一次元宵灯火，张居正就说："将灯挂一些在殿上，就可以尽兴了。不需要再搞什么灯棚。接下来的几年还要有许多大事，例如皇上的大婚、潞王的出阁，每件事都要花很多钱，天下民力有限，还是节省一点好。"小皇帝倒也知趣，说："朕极知民穷，按先生的话办吧。"小皇帝对于张居正，也是非常的尊敬，从来不称名道姓，而是称"先生"，所下的诏令，凡提及张居正时，都写"元辅"。万历二年（1574）五月八日，皇帝在讲读完毕之后，听说张居正腹痛，就亲手调制了一碗辣面，并要次辅吕调阳陪着张居正一块吃，其意图是要以辣热攻治腹痛。皇帝对于张居正，有充满人情味的一面。他听说张居正的父母都还健在，非常高兴，赐给两位老人很多的东西。
万历朝的前10年，政府在张居正的领导下，面貌焕然一新。张居正在政治上推行考成法：内阁稽查六科，六科稽查六部、都察院，六部与都察院稽查巡抚、巡按，巡抚、巡按考察地方官员。这样一来，内阁成为政治运转的中轴，而吏治也得到了很大的改观。在经济上，张居正实行清丈田粮、推广一条鞭法，结果清查出了大量的隐匿、遗漏田地，在税收上则将一切徭役折银，按丁、粮加以摊派，简化了税收的条目，也改变了过去赋役不均的状况。这一切举措，又都是在小皇帝的支持下进行的，对于明王朝的经济状况，有非常大的成效。户部管辖的太仓库的收入，从隆庆时期的每年200万两银左右升至万历初年平均每年三四百万两，京师粮食的贮量也往往是隆庆年间的三倍左右。这一切，都是张居正的功劳。只不过，张居正也许忘了，10年间，除了国家财富的激增之外，小皇帝已经不再是昔日的小皇帝了，而是一个成长为近20岁的青年。在他年轻的心中，除了有对张居正的感激之外，是否也有无法施展自己身手的遗憾呢？如果真是这样想，那么要成为大权独揽的真正皇帝，万历小皇帝就必须摆脱张居正的影响。这样的契机直到万历十年（1582）才姗姗来迟。当初的万历小皇帝，此时已经是大婚4年的青年。
神宗亲政之后做的第一件大事，就是清算已死的张居正。万历九年（1581）七月张居正患病。患病的原因，据说是"积热伏于肠胃，流为下部热症。又多服凉药，反令脾胃受伤"。当时一些学者像王世贞、沈德符，都推断张居正喜欢服用**，以致热气向下或向上发散。张居正在冬天的时候，头上不敢戴貂皮帽，就是因为热气上冲于头。所以说，张居正的病情，实在是因为他的个人生活的奢侈靡烂所致。当然，张居正操劳国事，过度疲劳，亦是病因之一。从万历九年到万历十年间，张居正一直没有请假，坚持办公。次年二月，张居正旧病复发，虽然屡经名医医治，但是张居正自己也知道，自己"精力已竭"，"不过行尸走肉耳"！
万历十年（1582）六月二十日，一代名臣张居正终于病逝。神宗为之辍朝一天，给予张居正崇高的待遇：谥文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，赏丧银500两。然而，两年之后的万历十二年（1584）八月，神宗在都察院参劾张居正的奏疏中批示道："张居正诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，箝制言官，蔽塞朕聪。……专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本当断棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法追论。"这时候的张居正一家，已经被抄家。张府人口，一些老弱妇孺因为来不及退出被封闭于张府，饿死十余口；张居正的长子张敬修留下了一份"丘侍郎（■）、任巡按，活阎王！你也有父母妻子之念……何忍陷人如此酷烈"的遗书，自缢身亡；张居正80岁的老母还是在首辅大学士申时行的请求下才留有一所空宅和10顷田地。张居正恐怕生前绝对不能想到，他死后竟然会遭到一手扶持的神宗如此无情的惩处！
神宗这种一百八十度的态度转变，显然是他长久地处于张居正的约束之下的心理变态后的大发泄。而张居正的政治悲剧，原因有很多方面。首先，张居正过度自信，没有给皇帝足够的自信，威权震主，最后才引来了皇帝的报复。其次，张居正执政的时期过于专权，得罪的官员太多。被张敬修骂作活阎王的丘■即其一。丘■，诸城人，性格刚直，好争论。隆庆年间罢官在家。神宗初年，很多言官向朝廷推荐丘■。但张居正很厌恶他，没让他重新出来做官。神宗深知这层关系，等张居正死后，特派丘■跟太监张诚去抄张家。丘■用法酷烈，不免有公报私仇的嫌疑。
张居正夺情一事，也开罪了许多正直的士大夫。禁讲学一事，又开罪了许多知识分子。最后，张居正对于慈圣皇太后的父亲李伟等人，没有给予充分的方便，以致神宗清算张居正时，慈圣皇太后并没有为张居正说话。如此看来，张居正是一个极自信的人，所以不能虚己待人，而是过于刻毒专制。所以，招来报复，某种层面上
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