工部由民曹改组而成，民曹原来掌管一切有关修建和盐池苑囿的管理，改组为工部以后，职权扩大，职掌土木兴建之制、器物利用之式、渠堰疏降之法，凡全国之土木、水利工程、机器制造工程、矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。工部下设四司：将作司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；还有军械司，负责军械打造，被曹操掌控。
将作大匠职掌宫室、宗庙、陵寝等的土木营建，虽不是九卿之一，却也不并入工部。
礼部则有客曹和太常衙门改组而成，客曹掌管护驾边疆少数民族朝贺事务，太常掌管礼乐社稷、宗庙礼仪，兼管文化教育、陵县行政，也统辖博士和太学，改组后的礼部掌管全国学校事务、文化教育、博士太学及藩属和外国之往来事。现任的礼部尚书是一个名不见经传却被士人称许的世家老朽，曹操准备把这个位置留给大儒荀爽。
太常作为九卿之首，依然保留，负责建邦之天地、神祇、人鬼之礼，吉凶宾军嘉礼以及玉帛钟鼓等威文物的官员，同时负责宗教事务，不再兼管文化教育事务。
刑部由二千石曹改组而成，二千石曹原来掌管司法诉讼事务，改组后的刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与御史台管稽察、廷尉掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。刑部的具体职掌有，审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同三司审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件，刑部是按州设司。
兵部是由中都官曹和太尉府改组而成，中都官曹掌管水、火、盗贼等治安工作，而太尉除了评定全国武官的功绩高下、以为升降的依据外，就是作为皇帝的最高军事顾问，改组后的兵部职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载﹑邮传之制，甄核﹑简练之方，士籍﹑军实之数。兵部下设四司：武选司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事；车驾司﹐掌全国马政及驿传等事；考功司，掌武职官员的叙功﹑核过﹑抚恤﹑军旅之简阅﹑考察﹑巡防等事；武库司，掌全国之兵籍﹑军器之事。
曹操增设了丞相，自己领了。而兵部尚书曹操自然也是交给荀攸这个自己人，那些民政的他可以不干涉，但是军事自然要全部握在手里。
当然那些世家人物让家族在朝廷的官吏在其他内阁辅臣面前诋毁曹操，说曹操既掌司隶军，又掌兵部，洛阳朝廷的兵权全归曹操所有，曹操势力大了，原没有野心也会变得有野心，没准就会成为董卓第二，一时之间，那股谗言使得“董卓第二”成了曹操的代名词。
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