马占鳌看到民族之间互相仇杀万分痛心，更是痛恨违反军纪的官兵，盛怒之下毅然辞去了大帅的职务，返回到自己的家中，闭门谢客，一心念经。
马永瑞等人只好三顾茅庐，出面向马占鳌承认了错误，保证今后不再重犯类似错误。
马占鳌这才返回了军营，重新担任起义军的大帅。
穆和迈平时对飞扬跋扈、贪得无厌的大清官员非常痛恨，因此自愿拿出了不少钱财资助起义军。
省城兰州的官员惊闻河州失陷，赶紧加强戒严，修固城垣，提防起义军前来攻打兰州。
护督恩麟看到清军无法用武力收复河州，便改变了进攻的策略，采取政治安抚的政策，多次派人到河州同起义军议和。
1865年2月，马占鳌代表河州起义军向代理陕甘总督的恩麟求抚，表示不敢自居叛逆。
陷于困境的恩麟顿时看到了希望，打算顺势采取暂时笼络、秋后算账的办法。
不少官员却持反对意见。
提督雷振绾认为：“甘肃其他地方的回回人可以宽宥，至于西南河州、莲花城、张家川等地的习为剽掠，凶狠好斗。秦州、盐州、固州的陷落都是他们搞的鬼，还把我们的玉帛子女掠夺走了。他们居住在万山之中，又恰好是中心地带，如同病在腹心。如果不坚决地痛加清洗，只是一味的招安，恰好中了他们的阴谋诡计，后果不堪设想啊。”
在当时的情况下，恩麟既无兵也无力收复河州，又不能派进官员进行治理，只得实行安抚政策。
从起义军攻占河州、文武官员被护送出城算起，一直到1872年2月起义军投降为止，马占鳌的起义军控制河州城长达8年多的时间，控制撒鲁尔人聚居的循化厅也达了10年之久。
马占鳌对河州起义军政权总负责，同时兼管西乡。马永瑞和马永琳统管河州城四周乡镇。马悟真管辖东乡。马万有管辖东乡以东的太子寺（今天广河县）地区。闵殿臣管辖南乡（今天和政县）。马云和马福堂管辖南乡以外的临洮、康乐一带。
1867年3月，马占鳌的河州起义军与马启示、马士彦的陕西起义军联合攻打省城兰州，攻破了城西的陈官营、瞿家营、柳家湾和钟家河等堡寨，冲上了城南的皋兰山，一把火烧毁了三台阁。
甘肃因为连年遭遇灾荒，天祝、景泰、靖远、皋兰、兰州、河州等地大旱，到了春天粮食青黄不接，一斗小米价格高达40两银子。
老百姓为了填饱肚子，只好挖野菜、啃树皮。很多人饿死在荒郊野外。
饥饿使人们忘记了lún_lǐ道德，开始变得疯狂起来。他们先是割下死人身上的肉吞食。吃完了死人，只好杀害活人吃肉。甚至有的人互相交换自己的孩子吃。
全省饿死的人多得无法统计。
兰州城的许多人家全家一起投河自杀。活下来的人不超过20。
杨岳斌的嫡系楚军军饷很多，差役却比较轻松。甘肃本地标兵的军饷少，差役却很沉重，而且经常吃不饱肚子。因此，愤怒的甘肃标兵起来哗变。
事情发生以后，杨岳斌偏听楚军的激愤之言，将数千名甘肃标兵全部就地镇压了。
这时候，驻在平凉的左宗棠连续接到朝廷的谕旨：“河州还有回回起义军10余万人，并且驻扎了2万余陕西的回回起义军。传说马占鳌打算8、9月要与官兵打仗，你要做好先事预防工作。”
左宗棠召开军事会议，专门讨论进军河州的事宜。
左宗棠说道：“甘肃之乱始于河州，要想清除动乱必须占领河州。我听说马占鳌足才多智。你们各位有什么打败他的高招？这些逆贼没有严格的纪律，外出乱抢一通，分赃不均。住在一起又各立教门，互相猜忌。再说，河州东部山区数百里土地贫瘠，农田稀少，因此那里的人没有职业，专门到别处窃盗为生，胆子很大，怎么可能对马占鳌俯首帖耳呢？一个叫王权的举人也上书说：‘河州城里的汉人对回回起义军多是隐忍服从，日夜期盼清军的到来，必定争先充当内应。’洮州48旗吐蕃人与回回起义军结仇素深。我们可以调集吐蕃土司率兵袭击河州的西部，使逆贼处于我们与吐蕃人的夹击之中。”
大家连声称赞道：“太好了！真是万全之策！”
1871年6月，左宗棠决定清军分三路向河州进发，约定在洮河东岸的康家崖一带集中会师，然后渡过洮河西进，攻取河州的门户——太子寺。
左宗棠调集了80多营35000人的正规军队军。再加上甘肃的地方兵力，镇压河州起义的兵力达到了100多营近50000人。
这时候，沙皇俄国占领了回疆（即新疆）的伊犁地区。
中亚花剌子模故地浩罕汗国的阿古柏借口为大清王朝照看失去控制的地方，率领军队长驱直入，占领了迪化和吐鲁番。
回疆的形势日趋紧张。
大清朝廷一看情况不妙，急忙任命荣全为伊犁将军，命令成禄率领部队西出嘉峪关进入回疆，又命令左宗棠派兵进入肃州。
左宗棠立即命令徐占彪率领12个营的步兵和骑兵，经由凉州和甘州赶往肃州。
9月13日，左宗棠率领的湘军与马占鳌的起义军狭路相逢。
湘军人多势众，使用的是现代化的武器，军力十分强势，几次打败了马占鳌。
时值隆冬，马占鳌和马
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