马安良、马福禄开始捕杀、株连和抄没财产。西宁、循化、巴燕戎格、下三庄、上五庄是重点肃清的地方。
有一次，西宁东关的回回老百姓跪在街上听官府讲话。
忽然听得一声屠杀的命令，老百姓在官府的乱刀挥舞下纷纷倒地毙亡。殷红的鲜血像河水一样淌满了东城根的一条街道。至今这个巷道还被称作水咕咚巷。
四乡和八坊被屠杀的起义军也多达千余人。
马安良为了向董福祥表示忠心，保证每天上交50个起义军战士的头颅。
马福禄每天在碾伯县的马营、米拉沟和巴州屠杀100多人。他嫌上交人头不方便，索性改为上交死人的耳朵。一次就上交了两大驮筐的耳朵。被害的群众超过5000人。
他还向河湟地区的老百姓勒索赎罪银，一共勒索到30余万两，捐献1000多石的粮食，填饱了董福祥和马氏等人的私囊。
青海全境随即宣告靖安。
起义军的北川苏家堡之战与南川之战不同。北川之战之后上万人的起义军转移到了西纳川上游的喇课(今天湟中县拦隆口镇南门)和上五庄。其中,从苏家堡转移出去的起义军最多。
朝廷因为董福祥镇压起义有功，晋升他为新疆将军和河州上校。
以往居住在土地肥沃的黄河和湟水沿岸的回回老百姓为了躲避劫难，举家逃入了偏僻穷困的深山老林中，艰难地熬着困苦的日子。
西宁起义军的余部转战柴达木盆地，多次与清军交战。一路由刘四伏统率,从柴达木盆地北出祁连山。另一路由冶八个率领的永安营,从野牛沟北出祁连山。
一部分起义军逃到了甘肃甘州的南山，一直坚持到10月最后失败。
为了躲避清军的围捕,刘四伏打算效仿陕甘起义中的白彦虎，于是从玉门和敦煌方向西出，穿过荒凉的不毛之地，进入了新疆罗布泊地区。
最后，朝廷把这些归附的起义军余部和西逃的回回流民集中起来，就地安置在塔里木河北岸的英格可立和英气盖(在今天尉犁县境内)一带。由于这里的土地极其贫瘠,粮食连年歉收,因此不断有人逃走。
1903年,焉耆知府刘嘉德将剩余的回回群众迁移到焉耆府开都河南岸水草肥美的马场台地区,并且将这里命名为抚回庄。
这些回回群众繁衍生息,成为了今天新疆巴音郭楞蒙古自治州焉耆回族自治县回族人口的主要来源。他们的到来改变了罗布泊地区的民族结构,也为南疆的农业生产和社会发展做出了一定的贡献。
河湟起义是大清王朝最后一次大规模的回回起义。起义历时1年半，有力地削弱了大清朝廷在甘肃的统治，敲响了大清王朝走向灭亡的丧钟。
最后要特别强调的是，大清朝廷也承认起义是因为地方官员处置不公引起的。
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