但就算如此，暗里建文帝依旧信任二人，时不时宣召二人进宫商议削权之事，（公元1400年）去年十二月，因大将盛庸在东昌城大胜燕军后。
今年（公元1401年）建文帝才恢复黄、齐二人的原职，今日又得到战报，滹沱河，已被攻陷，燕军正紧攻夹河，节节战败夹河守城兵将此时已然折损有二，恐陷城不远矣。
怎乃忠心为国，面对如此惨败的局面，身为文官却束手无策，此时面目憔悴，忧心忡忡，心如刀绞，看着面前摆放的地图书信，愁眉不展。（没过多久，夹河便失陷，可怜伴君如白虎，黄、齐二人再次被罢免官职）。
建文四年(公元1402年），燕军逐渐逼近京城，建文帝谋求与朱棣谈和，燕王一直对黄、齐二人心有不满，作为议和条件之一，便把黄子澄和齐泰眨谪到外地，但建文帝仍密令二人招募兵马。
南京城陷落前，明惠帝召黄子澄回京，尚未至京城，得报京城已失守，黄子澄放声痛哭，惊呼曰“为人臣而不得报国，是不忠也，可叹黄天不由正”
后黄子澄密谋继续反抗燕王朱棣，行踪被人告发，因而被捕。燕王朱棣亲自审问，黄子澄抗词不屈，被残忍*而死。
后收黄子澄遗骨葬昆山县（属今江苏省）马鞍山下；明正德十五年（公元1520年），黄子澄始得昭雪。清乾隆年间，追谥忠悫。
后有人题诗曰“如公节义振义秋，不负科名第一流。晁错计纾忧更切，景隆荐误恨难收。一朝鼎镬君臣薄，异代蒸尝奸宄羞。最是伤心株连处，还多十族入双眸。”
此时黄子澄的神情模样，全被门外的凌霄瞧在眼里，暗道：“看来今夜是不虚此行”转身来到门外点指叩门。
只听屋内黄子澄道：“进来...”凌霄自是没有要见黄子澄的意思，把早已备好的信纸塞在门缝内，隐侧在木柱之后。
想是黄子澄不见有人进门，心中暗奇，时间不大，便听到脚步声响，黄子澄心下甚疑，伸手开门之时，便见到一纸张掉落在地，心中更是疑惑，
捡起信纸，走出房门又四下看了看瞧了瞧，见确实无人，这才掩门进了房间，把纸张摊在烛光之下，细细观瞧。
只见其纸上写道：“无名氏拜上，今内忧未解，外患已至，素问翰林大人有定国安邦之能，今得消息东岛海外人计谋天下，势入黄宫，请大人务必做好防范的准备”
虽寥寥几句话，却吐露出了惊天的消息，黄子澄看罢大惊失色面朝皇宫呼道：“早对圣上提说，异族人不可听信，如今内忧外患并至，朝堂之上群臣之心又不能合一，江山势必落入他人之手，该如何是好，真是愧对先皇的恩赐”
惊叹到这里，又想起什么般，又出门左看右瞧，除了寂静的夜空，哪能瞧见半个人影，这封信仿佛是早就夹在门缝间般。
虽心中惊奇，但也知此事干系重大，不可拖延，喃喃道：“不可，如今只有面见圣上”说着话转身走进内堂，时间不大换了穿着，只见头戴乌纱帽，身穿紫红袍，腰细金镶玉，脚蹬云定靴，骑着一匹大红马从后门出去。
身后一名妇人喊道：“大人，这般时候，你要去哪里？”黄子澄在马上回应道：“进宫面圣，夫人早些歇息吧”声音已然飘出老远。
凌霄把这一幕瞧在眼里，心道：“有这等忠义之士辅佐，料可无碍；不过听其言语，倒像是知晓东瀛人的存在，这显得颇为蹊跷，如今已仁至义尽，接下来就看皇宫内作何处置了”
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