建文帝登基后听从方孝孺、黄子澄、齐泰等人的建议，对诸王进行削藩，洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王呵成一气，于是决定先废周王。时周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化（今云南巍山）。
建文元年四月，削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王不堪受辱，为保名节举家**；齐王被软禁在南京；代王被软禁在封地大同。两个月后，削岷王，废为庶人，徙漳州。弄得朝廷人心浮动，但诸王实力都已剪除，唯独剩下燕王与宁王。
建文帝为了提防燕王谋反，朱允炆派工部侍郎张昺为北平布政使，都指挥使谢贵、张信为北平都指挥使。随后又命都督宋忠屯兵驻开平，并调走北平原属燕王管辖的军队，朱棣见到几位亲王先后被削藩，明白如此下去必无法逃过此劫，遂一边争取时间一边做战争准备。为了争取时间，建文元年，朱棣先装病，使惠帝放三子回北平；之后由于属下被朝廷处死，遂装疯。但由于王府长史葛诚叛变，密奏朝廷“燕王装病”。朱棣装疯被发觉，于是建文帝下密旨，令张昺、谢贵逮捕燕王府的官属，张信逮捕燕王本人。但张信与其母亲讨论之后，将此事告知朱棣。于是朱棣和姚广孝等进行举兵的谋划，令张玉、朱能将八百勇士带入府中潜伏，以待变故。
张昺、谢贵得到朱允炆密诏后，七月初四带兵包围了燕王府。朱棣假意将官属全部捆缚，请二人进府查验。二人进府后，朱棣派出府内死士将其擒获，并连同府内叛变的葛诚、卢振一同处决。当日夜里，朱棣攻下北平九门，遂控制北平城。
燕王朱棣起兵造反，援引《皇明祖训》，号称清君侧，指国君身边的齐泰和黄子澄为奸臣（谋害皇室亲族），需要铲除，称自己的举动是，为国“靖难”（意为“平定国难”），燕王既反，朝廷担心宁王有所行动，先后对他是收其兵权，接着连他的王府三护卫也调走了，一时弄个宁王府人心惶惶。
朱棣夺取北平后，先后攻破蓟州，遵化、密云、居庸关，进攻大宁，为防止大宁军队从松亭关偷袭北平，用反间计使松亭关内讧，守将卜万下狱。至此，北平周围全部扫清。燕军兵力增至数万。但朝廷实力太过强大，朱棣前往宁王府请朱权出兵相助，并许以攻下南京后，与他分天下而治。经过四年战争，朱棣打败建文帝，夺取了政权，即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。朱棣即位后，非但只字不提分治天下，而且还将朱权从河北徙迁至江西南昌，尽夺其兵权。朱权遭此巨创深痛，心又忿忿，耿耿于怀，直到朱高炽登基后，还上书不满当年燕王之事，被朱高炽一阵呵斥，才有所收敛。
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