濑户内海山雨欲来，德川秀忠知道自己的海军薄弱，一方面在江户外围凿沉了大量的民船阻止四国联军登陆，另一方面通过李旦、李国助父子购买大量的吕宋大炮布防。由于明朝采取了中立的态度，李国助在本州左右逢源，很快便寻找到了织田信长的嫡长孙织田信衡，然后将他接到釜山组建流亡幕府。杨天生、陈衷纪等人则暗中联络各地的织田家臣，并通过重金收买九州境内的藩主，要求他们在这场政变中两不相帮。
为了确保自己的计划能够顺利实施，朱由校命令釜山的熊廷弼和毛文龙进入一级战备，随时出海迎战日本舰队。郑芝龙、甘辉等率领华远贸易公司的武装船只驶入江户，明着是要求德川秀忠确保华人的利益，其实是趁机切断他与九州之间的联系。
面对郑芝龙的咄咄逼人，德川秀忠敏锐的闻到了浓烈的火药味，他虽然不相信明朝水师会主动进攻日本，但大战在即他确实需要得到明朝的支持。此时欧洲联军已经占领长崎，在洋人的协助下岛原之乱愈演愈烈，四国岛的切支丹大名高山右近、内藤如安公开表示支持织田信衡为关白，要求自己退位。
面对内忧外患的窘境，德川秀忠决定攘外必先安内，他一面讨好郑芝龙等明朝使者，表示愿意交出那些参与吕宋屠杀的罪犯，在长崎划设永久租界供明朝使用，并向天启皇帝俯首称臣；另一方面他积极调兵遣将讨伐四国的高山右近、内藤如安，想在最短的时间内稳定国内的局势，然后集中精力对付九州的四国海军和天草四郎。
德川秀忠打了一手的好算盘，精明的欧洲人却不想错失这个良机，很快便从长崎猛进的逼到江户外海。交战初期，由于欧洲的盖伦帆船和海炮拥有绝对的优势，德川幕府的海军很快便溃不成军，不过他们仰仗着陆地上的支援，恢复能力要高于欧洲联军，犹如一只打不死的小强，很快双方就陷入相持阶段。
看到双方都出现了一定的疲态，一直和明朝一样保持中立的英格兰人终于露出狰狞的面目。三浦安针的儿子约瑟夫要求德川秀忠签订条约，承认英格兰的贸易垄断地位，作为回报他将说服盘踞在长崎的大英水师加入日本一方。
这个条约虽然是德川幕府的无奈之举，但也间接的伤害了明朝的利益，于是郑芝龙、甘辉等人奉命阻拦英格兰人北上勤王，要求他们按照利益均沾的原则承认明朝的地位。约瑟夫眼见到嘴的肥肉要与别人分享，顾不得两国的外交盟约，一边咒骂明朝是贪婪的强盗，一边命令向郑芝龙他们开火。郑芝龙长期做着没本的买卖，对付约瑟夫这种黄口小儿自然绰绰有余，经过一场短暂的交战后英格兰水师慌忙逃回长崎躲避。甘辉顺势封锁了江户外海，继续阻止德川幕府进入四国平乱。
德川秀忠本以为有了英格兰这个强援会改变海上的战局，没想到明朝只派出民间武装就将其打败，还依依不饶的要求获得与英格兰同等的贸易垄断地位，情急之下他只好召见李旦，答应同意华远贸易公司的全部请求。当然惊慌失措的德川秀忠并不知道郑芝龙和约瑟夫是在唱双簧，其实明朝和英格兰早就暗中商议过，他们的计划是隔岸观火，坐收渔利。
有了明朝和英格兰的帮助，西、荷、葡、法的联军瞬间陷入不利的局面，纷纷逃离战场，回到长崎商议对策。失去了海上的屏障后，四国境内的高山右近、内藤如安如丧家之犬，很快便被德川家光打的溃不成军，最后在甘辉的帮助下逃往南京。
德川家光的胜利极大的鼓舞了幕府军的斗志，也缓解了德川秀忠两线作战的压力，很快他们便合兵一处，从佐世保登陆九州，直逼盘踞在长崎的四国联军。面对陆地上的攻势，欧洲联军出现了严重的分歧，弹尽粮绝的法兰西人率先离开长崎，其余三国见状也作鸟兽散，计划从台湾海峡退到东南亚。
这些人虽然没有在日本捞到好处，但幸运的是还活着，以他们的武装力量完全可以从菲律宾、越南、爪哇、马来亚站稳脚跟，这无异于放虎归山，将来会是明朝的一个大麻烦。
经过与军机处的商议，朱由校密令台湾的颜思齐和熊文灿、蒋德璟悬挂日本村山舰队的旗帜，伪装成盘踞在南洋的倭寇后对四国联军逐个围歼。此时明军以逸待劳，装备精良，反观欧洲人却是士气萎靡，弹尽粮绝，一场几乎没有任何悬念的屠杀在台湾海峡内上演，最终将这群包藏祸心的白种人全部赶进水晶宫找龙王们报道。
随着四国联军的覆灭，在明朝周边的西洋列强只剩下英格兰，为了震慑约瑟夫，南居益特意带他到宁波参观东海舰队，通过威逼利诱迫使他们同意协助明朝全力征服日本。此时德川幕府刚刚经历了一场内忧外患的战乱，已经无力再对抗明朝的大举进攻，于是派遣德川忠长乞和。
等到德川忠长到达京师后，他发现明朝皇帝早已前往南京督战，甚至把内阁、军机处、六部等中枢衙门一同带去，成立了临时的前敌指挥部，亲自负责这场蓄谋已久的落日行动。
讨伐倭寇本就无需动员，沿海百姓父送子、妻送夫，纷纷捐钱捐物，踊跃参军。加上是天启皇帝亲自督战，明朝国内更是同仇敌忾，士气高昂。不过鉴于忽必烈的教训，朱由校除了联合英格兰人外，还公开承认织田信衡是日本唯一合法的关白，不断揭发丰臣秀吉和德川家康的窃国行
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