随着长崎的告破，鹿儿岛和福冈那些败退下来的倭寇只能纷纷往九州以东的阿苏山靠拢，意图从大本港口逃回本州岛。此时明朝在九州岛布置了三路大军，故意在东面留出一道缺口，在兵法是叫围师必阙，目的是防止倭寇狗急跳墙后跟远征军死磕到底。
当然他们在海上并不安全，因为南居益、郑芝龙的水师已经封锁了濑户内海，不但本州岛的倭寇无法进出，就连四国岛、九州岛也被孤立起来。毕竟这两地属于日本的贫困地区，其中又属九州萨摩（不是萨摩耶）地区的民风最为彪悍，二战时在中国犯下滔天罪行的战犯多数就出自这里。
这场陆海协同的战役终以明军大获全胜而停止，朱由校顺利的实现了第一阶段的目标。此时已进入盛夏，根据季风的规律很快便进入台风多发的时节，所以他命令大军全线转入防御状态，同时任命朝鲜和吕宋的移民为当地官吏，着手清理岛上那些负隅顽抗的倭寇和间谍。
德川忠长本以为明朝会乘胜追击，这样他就可以顺利的占领江户，成为幕府的第三代将军。可是明军突然全面收缩防线，这让他措手不及。此时他已在江户外围摆开了进攻的阵势，失去明军的牵制后两翼便暴露出来，德川家光敏锐的觅得这一战机，命令幕府军全线压上。
由于双方都是破釜沉舟，谁也没想过要后退，所以这场交战非常惨烈。幕府军利用人数的优势不断压缩德川忠长的阵地，将他们赶到海边后立即修筑城墙，挖掘战壕，想把德川忠长困死在沙滩上。此时德川忠长才如梦初醒，他从一开始就被明朝皇帝玩弄于鼓掌之间，明朝要的不仅仅长崎，而是整个日本。
对于德川忠长的全军覆灭，南居益和郑芝龙在海上看的非常清楚，有几次他们起了恻隐之心，想把德川忠长接到长崎，可是朱由校的命令是不得同情任何倭人，否则按通敌叛国的罪名满门抄斩。在这种高压政策下，明军将士没有人敢违抗军令，也因此避免了很多非战斗减员。
十月过后，季风退去，四国境内的织田信衡早已迫不及待的登上明朝的舰船，朝着神户进发。这半年多的时间里，他已将四国岛折腾了个底朝天，凡是德川幕府的官吏、家臣或是支持者都被他就地处决，致使原本就人烟稀少的岛内如今更是荒无人烟。
此番出征他可谓倾巢出动，在明朝水师的帮助下源源不断的进入江户外围。在他看来这是天赐良机，德川家族的内耗已经让原本就疲于应付的幕府雪上加霜，只要自己全力攻打江户，整个日本唾手可得。不得不说织田信衡的判断力非常准备，他本是织田信长的嫡长孙，进入本州岛后得到很多倭人的支持，沿途不断有织田家臣和浪人加入，大军浩浩荡荡的逼近大阪。
等到织田信衡的军队兵临城下时，德川家光才意识到明朝的皇帝并未打算当一名看客，无论德川忠长还是织田信衡，他们的身后都有明朝的轨迹。此时明朝的军舰就在江户外海警戒，他不清楚对方的作战目标是什么，但如此兴师动众绝不会只为了一座长崎城。
面对两线夹击，德川家光决定派出使者前往明军大营进行谈判，同时倾尽全力攻打西边的织田军队，他认为只要能在最短的时间内消灭织田信衡，他的部下将士气大振，届时利用地形与明军在岛内展开周旋，鹿死谁手还未可知。
本着要与织田信衡拼命的架势，德川幕府迅速调集本州境内的主力部队增援江户，并在大阪阻截织田信衡的前锋部队。双方早就是老熟人了，见面后无需问候便厮杀到一处，由于日本本身并不制造火器和弹药，很快这群倭人便退回到了冷兵器时代，大刀、长矛、弓箭、板砖又成为抢手货。
正当织田信衡和德川家光在大阪进入拉锯战之时，朱由校向双方分别发出外交照会，要求他们确保当地华商的安全，同时以保护后水尾天皇为由，命令洪承畴和蒋德璟率七万主力进驻江户城内，秘密展开第二阶段的作战计划。
对于明朝突然展开的军事行动，德川家光异常恼火，他费了九牛二虎之力赶走了西洋人，如今却被明军出虚而入。可是没有实力的愤怒是毫无意义的，面对人数占优、装备精良的明军他只能笑脸相迎，并同意将后水尾天皇及其家眷全部交由戚兴国的羽林保护，很快他们便被接到南京，在奉天殿等待朱由校的召见。
此时这位后水尾天皇正值不惑之年，亲眼目睹了幕府的崛起和皇族的衰落，非常明白自己不过是德川秀忠的提线木偶，尤其是德川和子把持中宫后，对其族人排斥打压，想为他们的女儿兴子成为天皇铺平道路。以前他对于德川家族的摆布无可奈何，如今成为明朝皇帝的座上宾，他敏锐的觉察到了朱由校的动机，一见面便三拜九叩，恭敬的说道：
“臣日本王后水尾拜见大明皇帝，吾皇万岁万岁万万岁。”
朱由校见他如此乖巧，心知这是个极其聪明之人，和气的回复道：
“殿下虽居东夷却如此通晓大明礼节，倒让朕刮目相看。听说日本境内正在打仗，不知殿下如何看待？”
后水尾虽然权力被德川架空，但还是颇具政治智慧，他知道朱由校是让他表态，公开谴责德川家光和织田信衡的暴行，以便明朝展开下一步的行动。他很想拒绝，无奈寄人篱下，一家老小都需要仰仗明朝的庇护，只好说道：
“当初织田信
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