曾任教于诂经精舍的陈寿祺在其《示鳌峰书院诸生》中指出：“书院之设，始于宋时。所以招徕有志之士，使之群萃于其中，相与讲明义理，以为身心性命之助。顾姓名精微之理，即寄于圣贤经传中，必先析疑辩难，而后至当不易者使出，于是取而淑其身心，以求无戾于古昔圣贤之所授受。”
陈寿祺认为书院的教育宗旨就是通过传授儒家经典，“讲明义理”，来辅助“身心性命”，以“淑其身心”。
从历代学者的阐述中可以看出，尽管各书院创建的时代、社会背景各不相同，创建的缘起、过程各有差异，创建者的身份、学术建树及特点也大相径庭，但各个书院都把明圣贤之道、扬孔孟正学、行社会教化、讲道和传道作为办学的根本宗旨。
儒、释、道在历史上一度并列为社会之文化主流，宋代以后，书院在融合佛、道的过程中，形成了独具特色的儒家学术文化传播中心。
曾经的书院虽然有很高的学术自由度，但书院的一大特征是其学术倾向往往与讲学者或山长的学术流派密切相关。
在儒家占传统文化主流的社会中，书院往往与儒家学术文化发展紧密联系在一起，如朱熹与白鹿洞书院、岳麓书院，吕祖谦与丽泽书院，陆九渊与象山书院，王守仁与姚江书院，东林党与无锡东林书院，阮元与学海堂、诂经精舍，张之洞与广雅书院，康有为与万木草堂等等。
这些书院不仅延续和弘扬了儒家的学术传统，也为儒家学术的转型奠定了一定的基础。
讲学是书院最主要的功能之一，对于书院而言，讲学是传播儒家学术文化、培养人才和开发民智的主要途径。“书院在发展历程中，始终以学术研究为主轴。”
许多书院人才济济，他们或在院内潜心钻研，或与不同学派及不同观点的学者进行学术辩论。讲会（又称会讲）是书院讲学的重要组织形式，书院讲会的状况、水平，是学术思潮发展程度的重要标志。
朱熹与张栻的“岳麓之会”，它与朱熹、陆九渊、陆九龄、吕祖谦等人在江西信州的“鹅湖之会”，以及陆九渊与朱熹在白鹿洞书院的“义利之辩”，为史上著名的三大讲会事件。
历史上最著名的三次学术辩论与交流都发生在书院，这足以说明书院是学术研究和学术交流的重要场所。书院具有雄厚的师资力量，又有巨量的藏书资源，这为学术研究和学术活动奠定了坚实的基础。
书院虽然各有所属的学派，但殊途同归，大多以传播孔孟之道为己任，维护传统道统为底线。正如全祖望在《同谷三先生书院记》中所指出的那样：
宋乾、淳以后，学派分而为三：朱（熹）学也，吕（祖谦）学也，陆（九渊）学也。三家同时，皆不甚合，朱学以格物致知，陆学以明心，吕学则兼取其长，而复以中原文献之统润色之，门庭径路虽别，要其归宿于圣人则一也。
书院把学术研究和教学两者紧紧结合起来，一方面，学术研究是书院教学的基础，这既提高了生徒钻研学术的能力，又培育了学术种子，壮大了学术队伍。
另一方面，教学和研究推广了书院的学术成果和各派的学术思想。以象山书院为例，陆九渊向弟子传授陆学后，其门人积极宣传师学，如杨简在碧沚书院讲学，袁燮在城南楼氏精舍讲学，沈焕在月湖竹洲讲学等，扩大了其学术影响。
又譬如清代学者黄宗羲，他创办甬上证人书院，把自己的学术成果转化为讲学内容，使自己的学术思想影响面不断扩大，逐渐形成闻名遐迩的浙东经史学派，并把学术思想传承下去并发扬光大。
与此同时，大多数书院还致力于普及文化知识和以儒家道统对社会进行教化，推动教育的普及化和平民化。朱熹曾说：“古者圣王设为学校，以教其民，由家及国，大小有序，使其民无不入乎其中而受学焉。”
王守仁也非常重视对平民大众的教育，他认为应“教之歌诗习礼，申以孝悌，导之礼让”。对平民百姓的教育内容虽然浅显易懂，但这也是一种儒家道德的教育，目的就是淳厚世风，传播儒家文化。
书院作为一种教育组织形式，并以“书”为名，显然与它的藏书功能是分不开的。书院的教育功能是以藏书功能为前提的，“书院之所以称名者，盖实以为藏书之所，而令诸士子就学其中者也”。
首先，书院保存了大量的传统文化典籍。这些典籍无论从文化传播学的视角还是从学术研究的视角来看，都是弥足珍贵的。
比如钟山、紫阳、敷文三所书院所珍藏的武英殿刊本的“十三经”“二十二史”等，以及白鹿洞、岳麓两书院珍藏的《御纂日讲解义》等古籍，为研究古代的历史文化提供了翔实的资料。另外，由于书院与学派的发展存在密切联系，故而许多学术大家的著述文字，也通过书院刊印、收藏得以保留下来。
其次，书院的刻书与印书等文化活动，不仅传播了文化，而且促进了文化的下沉和知识的大众化，推动了书院学术研究活动。
如朱熹所编撰的《论语集注》《论语要义》《近思录》《孟子集注》等二十多部具有影响力的著作，一方面，使理学成为学术的关注重点，另一方面
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