政变发生时高祖正在宫内的海池上划船，李世民让尉迟恭入宫担任警卫。尉迟恭身披铠甲，手握长予，径直来到高祖所在的船上。
高祖大惊，问道:"今日作乱的人是谁?爱卿到此做什么?"尉迟恭回答道:"秦王因为太子和齐王作乱，起兵诛杀了他们。秦王殿下担心惊动陛下，故派臣担任警卫。"
高祖对裴寂等人说:"不料今天竟然会出现这种事情，你们认为应当怎么办呢?"萧瑀和陈叔达说:"建成与元吉本来就没有参与举义兵反抗隋朝的谋略，又没有为天下立下功劳。他们嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划奸邪的阴谋。现在，秦王已经声讨并诛杀了他们，秦王功盖宇宙，天下归心，陛下如果能够决定立他为太子，将国家大事委托于他，就不会再生事端了。"高祖说:"好!这正是我素来的心愿啊。"当时，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信交战还没有停止，尉迟恭请求高祖颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，高祖听从了他的建议。天策府司马宇文士及从东上阁门出来宣布敕令，众人便这样安定下来了。高祖又让黄门侍郎裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。于是，高祖召世民前来，抚慰他说:"近些日子以来，我几乎产生了投杼的疑惑。"世民跪了下来，伏在高祖的胸前，号啕大哭良久。
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿都被残忍杀害，还在宗室的名册上删除他们的名字。
传说李世民恐惧兄弟的鬼魂前来索命，于是派阳神境高手尉迟恭与秦琼担任门前守卫。
后面尉迟恭与秦琼化出分身，变成画像，挂在门口，日夜守候在门前。后世百姓不知化身之事，便拜尉迟恭与秦琼为门神，家家户户张贴。
原东宫和齐王府的女眷则全部没入宫中，后来成为李世民的后宫组成部分，其中较著名的是原来李元吉的妻子杨氏，李元吉死后被李世民纳为妾，但没有正式封号，宫中呼为"巢剌王妃"，是长孙皇后去世以后唯一一个生下子女的嫔妃。
秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，尉迟恭再三争辩说:"罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了!"于是诸将领停止了追杀。当天，高祖颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽尤其是大成真人以上修士，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项事务，都任凭秦王处置。
武德九年(626年)7月5日，高祖立秦王李世民为皇太子，又颁布诏书:"从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部委托太子处理和决定，然后再报告给朕。"
高祖颁布传位制书的第二天，即武德九年八月初九甲子日(626年9月4日)，太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，从此开始了他辉煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日(627年1月23日)改元贞观。太宗在位期间文治昭昭，武功赫赫，史称"贞观之治"。
轩辕经天演算天机，认为阎立言要证真仙，不如先证菩萨果，而且佛心在阎立言神识中，于是让阎立言修行五蕴空禅，修证罗汉果。
李世民玄武门之变后，日夜受兄弟冤魂影响不得安睡。轩辕经天于是托梦于他，传授他波若波罗密心经。
阎立言发愿心证菩萨果，为中土众生求大乘佛法、传大般若妙谛。
阎立言多次上书唐皇李世民，请求前往当年佛祖弘法之地，也是当时人世间的佛学研究中心与佛典汇集中心，天竺的那烂陀寺求法。
李世民受轩辕经天托梦，准许西行。
观自在菩萨领佛旨下界为阎立言剃度受戒，法号立言，赐他九环锡杖一支，紫金钵盂一个，锦斓袈裟一件，指点西行而去。
阎立言带着朱八界、龙啸天西行求经，轩辕经天和守界道人暗中跟随。
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