在被免职之后，威妥玛并不甘心，接连致电英国政府，强调和中国交涉通商增开口岸的重要性，并要求英国政府坚决反对林义哲的介入。但英国政府对他的建议已经失去了兴趣，只想着尽快结束因马嘉理事件和刘锡鸿事件所造成的这场外交风波，好腾出手来应付因土耳其海峡危机而蠢蠢欲动的俄国，是以非常低调的和中国方面妥善处理了善后事宜。
林义哲经过和傅雷斯反复的“友好磋商”，傅雷斯请示英国政府批准后，和中国方面达成了就“滇案”和“敦案”的善后协定。协定的主要内容为：
滇案一项，中国方面赔偿及抚恤马嘉理家属白银共5万两，将杀死马嘉理的凶手六人处以斩刑（实际是找了六个死囚，因其均“瘐毙狱中”，故而此项作罢），免去岑毓英云南巡抚之职（实际是以“丁忧”的名义开缺）。
敦案一项，英国方面赔偿及抚恤刘锡鸿家属白银共50万两（刘锡鸿一条命的价格之所以为马嘉理的十倍，中国方面的理由是因为刘锡鸿是副使钦差，而马嘉理只是一个翻译，是以“同命不同价”），因凶手一直没有抓到，伦敦“苏格兰场”场长被免职，内务大臣免职（实际是因迪斯累利内阁倒台而辞职），英国外交大臣亲自致书表达歉意。
关于云南通商事宜，双方则约定，威妥玛此前提出的勒索条件全部作废，待共同派员勘探云南边境贸易情形之后，再行重开谈判。
对于威妥玛借马嘉理事件对中国进行的肆意勒索，中国方面表示了强烈抗议，英国方面允诺待威妥玛及其手下相关当事人回国之后，将展开调查，追究相关人员的责任。
事情到了这个地步，威妥玛知道自己再呆在北京已然没有任何意义，只能忍气吞声的离开北京回国。
林义哲乘马车来到了威妥玛的住所，此时这间小洋楼已然搬空，门口停了几辆装载了家具什物和书籍的马车，威妥玛夫人则指挥着仆人们不断的向马车上搬着东西，几个孩子则在一旁玩耍。
年幼的他们，此时尚不能理解这一次的搬家对他们的父亲来说，意味着什么。
和忙碌的妻子及仆人们不同的是，威妥玛只是平静的站在那里，望着这一切。直到林义哲上前和他打起了招呼，他才回过神来。
“您好，林义哲先生。”威妥玛看着林义哲，笑了一笑，“您今天是来给我送行的么？”
“是的。”林义哲点了点头，“如果您愿意的话，我希望您能够允许我以中国人的方式，向您告别，并且表达我心中的敬意。”
“敬意？我还以为你是专门来看一个失败者离开的样子呢。”威妥玛紧盯着林义哲，冷笑道，“难道不是这样吗？”
“我们中国有一句古话：不以成败论英雄。您这一次是失败了，但这并不意味着，您是一个失败者。”林义哲迎着威妥玛的目光，语气诚挚的说道。
“这样的话，出自于您的嘴里，我不能不表示惊奇。”威妥玛对林义哲的回答似乎仍然不愿意相信，语气中充满了敌意，“在这一次的事件当中，您一直是我的敌人，要知道，我曾经激烈的反对过您参与到这次的事件当中来，但并没有能成功。而您也一直在暗中促使我离开中国，现在，您的目的已经达到了。”
“您把我当作敌人，可我并没有把您当作敌人。”林义哲笑了笑，说道，“而我也并没有暗中促使您离开中国。您的离开，完全是由于您自己的原因造成的。如果不是您过于贪心，对中国的勒索实在过份的话。”
听了林义哲的回答，威妥玛发出了一声粗重的叹息。
的确，正如面前的年轻人所言，自己在马嘉理事件中所表现的一系列粗暴的行为，才导致了今天黯然去职的后果！
“不过，这一次的失败，并不能否定您为您的国家所做的全部贡献。”林义哲注意到了威妥玛黯然神伤的样子，微微一笑，说道，“事实上，在我看来，您的贡献，要远大于这一次的失败所造成的后果。”
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