又因为忍者多是秘密活动，平常大多数时候不可能如普通武士一样光面堂皇的带刀行动，所以忍者除了必须掌握一般的剑术、柔术等武术技艺之外，也经常配备各种短兵器（如小太刀、短刀、十手、棒杖、铁甲手钩等）和暗器（如手里剑、小型弓弩等）以作护身之用。
另外，忍者为了完成诸如长途奔袭、秘密潜入或潜伏暗杀等特殊任务，还装备有各种独特的相关道具与器械，如渡水过河时以充气皮囊当作简易舟具的水蜘蛛、攀越城池墙垣的长索绳梯以及必要的药物火器等。
忍者通过特殊训练掌握“忍术”成为特战杀手、特战间谍，甲贺忍者结合中国历代武学精华写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者修行方法，忍者修行出了体力还结合了佛教密宗，阴阳学，咒语，药物学等，例如：古代忍者佩戴流镝配合“四灵物、修罗、明神鸟居”3个结押产生冥想术把人引导到解脱的境界制服心灵（心思意念），并超脱物质欲念。感受到和原始动因直接沟通。是把心、意、灵完全专注在原始之初之中。从而达到感知未来，避免凶煞的方法。
古时忍术主要有伊贺、甲贺两大派系，另外还有猿飞、户隐等其它流派，但由于时代与环境的变迁，现代日本已少有忍术流派的传承了。
忍者的出身多半来自农民，而不是出身高贵的武士。忍术的山中伏击技巧、来自住在大和、吉野、鞍马、根来、伊贺的山地战经验。京都则是忍术中使用的法术阴阳道发祥地、因为不远处有比？？、高野等佛教密宗的本山。忍术的武芸面来自柳生流剑派、宝藏院流枪术。
忍术的理论基础是由中国传来日本的孙子兵法而来，之后再加上修练道，以及在山中的伏击技巧发展而成。在平安时代时，由于武士阶级兴起，在山中伏击的兵法就由武士去发展。在源平时代，学会在山中伏击的源义经成功的使用了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，在此同时，忍术跟武术才分开成不同的系统。
忍者这种超人的本领是从小经过艰苦的特殊训练获得的。忍者家庭的小孩不论男女，都必须继承祖先的职业传统，一般从五岁开始就接受训练。训练的种类有五种，即平衡、灵敏、力量、持久及特殊技巧。
平衡训练从走竹竿开始，当能够在滚圆的竹竿上行走而不滑下，就将竹竿逐渐升高，最终要升到三四十尺高，达到奔跑跳跃如履平地的境界，这样就能在树上、屋顶及墙头上下攀援，行走如飞。
持久及力量的训练最为艰苦，如双手挂在树上，支持全身，下面放满暗器，不容你松手跳下，以恐惧来激发体内的潜能作长久的支持。长跑更是忍者的基本功，要求连续跑上五十公里路而不停下来休息，日行百里是家常便饭。
至于特殊技巧训练就更令人吃惊。除了上述说过的，还有徒手搏斗，投毒解毒等。化装术更是忍者的特长，他们能制造人皮假脸，改换性别。有人做过一个试验，让一个忍者在人群中穿行，由几个人在一旁辨认，结果各人所见都不相同，高矮胖瘦，不一而足，忍者真可为“千面人”。还有隐匿术，本文开头说到忍者在光天化日之下突然消失就是一种，那个忍者在林中事先挖好一个地洞，洞里铺上草灰，洞外盖上枯草，当他窜入小树林后，一跃遁入地洞，无声无息。追捕者失去目标，还以为真有“隐身术”呢。
忍术在日本战国时代盛行一时是因为其极强的实用性。忍术是古代日本忍者所掌握的整套完善的间谍情报技术体系，包括有：追踪、侦察、谍报、保镖、暗杀等多方面的内容。忍者技艺超人，擅长使用剑、钩等各种兵器与飞镖等暗器；他们能飞檐走壁，在沙地上飞跑不发出一点声响；在水中屏息可长达五分钟，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他们善于在水面和水底搏斗，甚至能潜到船底，偷听船上人的对话……这种种的超人技能是通过非人的磨练才能习得的。
忍术和其他武术流派强调体质训练不同，它尤其强调精神上的修炼，并将其整个的训练体系，建立在超乎想象的精神修炼基础上。因为忍者所执行的大多是一去不回的高风险性任务，独自一人在敌人的巢穴中完成任务要克服对死亡、孤独、黑暗乃至于饥饿、寒冷、伤病等诸多困难，所以拥有强大的精神力量，是忍术之所以无坚不摧的真正原因。
作为一名忍者家族的后代，一经降生就必须接受残酷的命运现实——或者成为忍者，或者死。忍者从很小的时候起，就被灌输以对主人绝对忠诚的思想：除了自己的主人，任何人命令都不会听哪怕是日本天皇也不行。通过从小开始这种精神洗脑而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂热，更加无所畏惧。
不过忍者也不是像邪教徒一样的僵尸般的战士，它有着一套切实可行的强大精神力量的训练方法。这种技术才是忍术的秘中之秘，它就是东密的修行。东密和我国的藏密，印度的杂密一样，是佛教中密宗的一个支派，而且东密对于人体念力的开发，向来有着自己独特的传承，在密教界一直以显着快捷著称，忍者通过东密秘法的修习，锤炼自己的
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