凯霍斯鲁二世（kaykhusrawii）攻克迪亚巴克尔（diyarbekir）附近的地区，他在1239年须面对颇有声望的传道者巴巴·伊斯哈克（babaishak）领导的暴动。三年后，暴动被压制，但苏丹国丧失了在克里米亚的立足点，苏丹国及其军队被削弱。在这种情况下，他还要应付更为危险的威胁，那就是正在扩张侵略的蒙古人。蒙古帝国的军队在1242年攻占埃尔祖鲁姆。1243年，凯霍斯鲁二世在克塞山战役（克塞山位于锡瓦斯与埃尔津詹之间）败予蒙古的拜住（baiju）。此后，塞尔柱人只得顺从蒙古人，并逐渐沦为蒙古人的附庸。凯霍斯鲁二世兵败后逃到安塔利亚，在1246年逝世，凯霍斯鲁二世之死开启了三分局面。
国土被凯霍斯鲁二世的三名儿子瓜分。长子凯考斯二世（kaykausii）取得克泽尔河以西地区的统治权。他的弟弟基利杰阿尔斯兰四世（kilijarniv）及凯库巴德二世（kayqubadii）在蒙古人的监督下统治克泽尔河以东的区域。1256年10月，拜住在阿克萨赖附近击败凯考斯二世，安那托利亚落入蒙哥手上。1260年，凯考斯二世由科尼亚逃到克里米亚，在1279年逝世。基利杰阿尔斯兰四世在1266年被处死，凯霍斯鲁三世（kaykhusrawiii）成为安那托利亚名义上的统治者，实权则由蒙古人或摄政王行使。
国家开始分裂成多个细小的酋长国（贝立克），这些酋长国脱离蒙古人及塞尔柱的控制。1277年，马木留克苏丹拜巴尔一世响应安那托利亚，击败蒙古人，暂且取缔蒙古人作为塞尔柱领地的监察者，但请求马木留克来到安那托利亚的当地势力没有表示防御的需求，马木留克返回埃及，蒙古人再度监控著安那托利亚。
凯霍斯鲁三世的统治接近结束时，他只能对科尼亚一带行使主权。一些贝立克及安那托利亚的塞尔柱统治者依然承认科尼亚苏丹的主权，他们仍以苏丹的名义说教。苏丹也继续称他们为“伊斯兰的骄傲”。凯霍斯鲁三世在1284年被处死，罗姆苏丹国遭受了另一次内部斗争的打击，直至1303年，凯考斯二世的儿子马苏德二世（mesudii）确立为苏丹。1307年，马苏德二世被谋杀，他的儿子梅马德三世在稍后亦被杀。一名王朝远亲暂时成为科尼亚的元首，但在1328年，他被卡拉曼（karamano?lu）击败，他的领土被征服。鲁姆苏丹国的货币影响力仍持续一段时间，其货币被视为有可靠的价值，继续在十四世纪流通使用，包括奥斯曼土耳其人也使用这些货币。
在十二世纪及十三世纪十字军东侵之后、蒙古人入侵之前的安那托利亚繁华昌盛，杰出的建筑及装潢艺术表明了这一点。
商队用作住宿、贸易中途站的商队旅馆在塞尔柱帝国时期被大量建造，特别受人注目。在伊斯兰建筑历史里，这些商队旅馆是最为独特及最令人留下深刻印象的建筑之一。
最大的商队旅馆是在科尼亚与阿克萨赖路上的苏丹汗（anhan），位于阿克萨赖的小镇苏丹哈讷（anhan），建于1229年，总面积为3900平方米。另一所同名的商队旅馆在开塞利与锡瓦斯之间。除了苏丹哈讷，土耳其还有五个城市以商队旅馆为名，坎加尔（kangal）、杜拉安（dura?an）、哈基姆汗（han）、卡登哈讷及代尼兹利的阿克汗都有名为阿拉贾汗的旅馆及小镇。哈基姆汗的旅馆却有着独特的阿拉伯语题铭，提及到关于旅馆的历史，另外还有两个以亚美尼亚语及叙利亚语写成的题铭。该旅馆是由苏丹凯库巴德一世的医师建成，他原本是基督徒，后来改信伊斯兰教。另外较为特别的还有靠近阿拉贾（alaca）的考莱希萨尔聚居地，由塞尔柱的指挥官许萨姆丁·泰穆尔卢在克塞山战役战败逃难至此建立的，他建立了一个包含城堡、学校、住宅区及商队旅馆的小镇，小镇在约十六世纪被废弃。
苏丹历代统治者统治年期简表：
库塔尔米什：1060年～1077年/与艾勒卜·艾尔斯兰竞争塞尔柱王朝王位。
苏莱曼一世：1077年～1086年/在伊兹尼克建都，安那托利亚塞尔柱苏丹国的建立者。
基利杰阿尔斯兰一世：1092年～1107年/科尼亚的首位苏丹
梅利克沙阿：1107年～1116年
梅苏德一世：1116年～1156年
基利杰阿尔斯兰二世：1156年～1192年
凯霍斯鲁一世：1192年～1196年/第一次统治
苏莱曼沙阿二世：1196年～1204年
基利杰阿尔斯兰三世：1204年～1205年
凯霍斯鲁一世：1205年～1211年/第二次统治
凯考斯一世：1211年～1220年
凯库巴德一世：1220年～1237年
凯霍斯鲁二世：1237年～1246年，去世后苏丹国分裂，直至基利杰阿尔斯兰四世成为唯一的统治者。
凯考斯二世：1246年～1260年
基利杰阿尔斯兰四世：1248年～1265年
凯库巴德二世：1249年～1257年
凯霍斯鲁三世：1265年～1284年
梅苏德二世：1284年～1296年/第一次统治
凯库巴德三世：1298年～1302年
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