太平二年冬季，兑州方与县有个叫张善安的，率领所部过江，要求归附於义师。林士弘得悉此人十七岁就有劫掠行为，且系新来，互不了解，便让他驻扎在距豫章不远的南塘下。张善安以为林士弘蔑视他，非常痛恨，急欲报复。南塘下与大江相通，张悄悄地派出舟师掩至豫章城外，向义军发起突然袭击。林士弘虽对张善安存有戒心，但想不到此人竟然如此狠毒，防范不怎麼严。在没有充分准备的情况下，义军仓卒应战，城被攻破，连外城也被张善安放火烧毁。
这一役，起义军损失巨大，豫章短期内难以收复，林士弘南迁至南康。不久，割据江陵的肖铣，趁林、张两人分裂的机会，派部将胡苏儿袭破豫章。又不久，张善安率部驱走肖铣守军，占领了豫章城，二人成为南北分立的局面。此时，林士弘还曾退保余干，在余干筑城三座。为摆脱困境，第二年四月，林士弘派人招抚交趾太守丘和，“和不从”；又派部队进攻始安郡，也没有攻下来。
轰轰烈烈的农民大起义，沉重地打击了地主封建阶级势力，隋政权处於风雨飘摇之中。一些贵族、地主、官僚也乘机起兵，割据一方，企图在中原逐鹿中先登。太平二年(617年)，大贵族李渊、李世民父子起兵太原，占领了隋都长安。到618年初，中国形成了农民军与官僚、军阀交相割据的局面。农民军方面，势力较大的有翟让、窦建德、杜伏威、徐圆朗、孟海公、高开道等集团；官僚军阀方面，实力较强的有李渊、薛举、肖铣、梁师都、宇文化及、王世充等集团。
形势是严峻的，多变的。如何在夹缝中求生存、发展，农民出身的林士弘对此还缺乏经验。他坚持的信念是：隋王朝的统治是黑暗的，自己必须为推翻隋王朝而战，让农民过上好日子。
太平三年(618年)四月，汉阳太守冯盎以苍梧、高凉、珠崖、番禺之地归附於林士弘。冯盎是高州良德人，因血腥镇压少数民族对隋廷的反抗，被封为汉阳太守，后又升左武卫大将军。此人立场、观点与起义军格格不人，他归附於林士弘，目的在搞政治投机。秉性淳朴的林士弘看不清他的真面目，答应了他的归附要求。这年五月，隋炀帝被宇文化及缢杀，冯盎奔还岭表，收集土人酋长和散兵游勇共五万馀人，作为自己东山再起的资本。
太平五年(620年)，南海郡广州、信安郡新州的起义军头领高法澄、冼宝彻二人点，杀掉隋朝官吏，占据郡府，归附於林士弘。林士弘在困难中看到这支新生力量来投，心中十分高兴。但就在这时，原来打著归附旗号的冯盎，却带著大队人马向高冼军发起突然袭击。义军不虞有变，人数又少，不敌败走。冼宝彻的侄子冼智臣，是义军一员猛将，他不甘心失败，在新州收聚余部，招纳新兵，继续拒战。狡猾的冯盎一面用重兵包围新州，一面进行策反，他在阵上大喊：“我就是冯盎，你们认得我吗?”冯盎从他的祖母冼氏以后，一直在岭南独霸一方，士民为之畏惧，此时听说是冯盎来了，不少义军士兵害怕起来，冯盎趁机发动猛烈攻击，义军溃散，冼宝彻、冼智臣二人被擒遇害。
林士弘退守虔州以后，辖地周围出现了群雄并峙的局面：北面有背叛过他的张善安，东面有实力雄厚的杜伏威，西面有虎视眈眈的肖铣，南面也潜伏著动乱的危机。这个时候，如果他主动和杜伏威联合，并寻求改善同张善安的关系，团结一致对付农民军的共同敌人，形势的发展可能好些。但林士弘在张善安背叛后，对联合友军信心不足，没有采取这样的策略，结果坐困江西一隅，处於被动挨打的状态。
太平三年(618年)五月，李渊于隋炀帝死后不久在长安称帝，建立唐朝，以当年为武德元年。为了统一全国，唐朝对农民起义军和封建割据势力采取了镇压和招抚相结合的策略。太平六年(武德四年)九月，唐廷以李孝恭为荆湘道行军总管，李靖摄行军长史，统大军自夔州东下，进击重建梁国的肖铣。肖铣以长江水方涨，天堑可恃，不作准备。唐军轻易拿下荆门、宜都、江州，一直打到梁都江陵，肖铣只得开门出降。肖铣败后，部队离散，由於林士弘平日爱惜士卒，忠实于农民的利益，这些“散兵多归林士弘，军势复振”。
太平七年(武德五年)春，窃踞豫章的张善安接受李渊封爵，被任为洪州总管。七月，杜伏威人长安朝见，被唐王朝软禁。至此，江南地区的农民军或败或降，所余无几，林士弘部处境日益孤立。唐王朝没有让他喘息，进一步实施了分化瓦解策略。早在几个月前，唐朝就通过荆州总管李孝恭进行招抚，林未作理会，现在又来策反，而且规模比以前更大，也更频繁。一些地方守将，经不住威胁利诱，不战投降了唐朝。
形势越来越恶化，但林士弘并不灰心。他命令自己的弟弟、任鄱阳王的林药师，率兵二万进攻循州，意图稳定南方，再图进取。但义军到达循州城外，遭到该州总管杨世略点的顽抗，林药师在战斗中牺牲。消息传来，全军震惊，人心浮动。此时，林士弘的得力将佐、豫章守将王戎(原任司空)，亦携部投唐。形势迫使林士弘作出选择：是投降唐朝还是继续战斗?林士弘考虑再三，抱定原宗旨不变，不能辜负
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