1998年7月22日，合众国海军特种部队少尉比利.科恩（billycoen）因被指控在1997年非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由阿克雷山区押送至lexson基地执行。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明。
1998年7月22日为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。同时为了进行b.o.w的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯克的安排，引诱.a.r.s.部队进入灾害地区。
1998年7月23日，马库斯博士的复仇计划开始。当天20:00，他指挥水蛭袭击了保护伞公司途经阿克雷山区的列车，成千上万的水蛭落在列车的玻璃上，瞬时冲碎玻璃，车内惨不忍睹。
2小时后，为了解决阿克雷山区的连续杀人事件，浣熊市警局特殊部队.a.r.s的布拉瓦小队，乘坐直升机出动前往阿克雷山区进行调查。但是出发后没多久，布拉瓦小队乘坐的飞机遭受不明武器的袭击坠落，并和浣熊市警局总部失去了联络。布拉瓦小队成员:爱得华·杜威(edwarddewey)26岁，直升机机师。恩里克·马里尼(enricomarini)41岁，副队长，布拉瓦小队队长。福特斯.斯拜尔(forespeyer)29岁，负债队中的物品整备工作。肯尼恩.j.苏利文(kenneth.j.sulllvan)45岁，负责队中的侦察和防守工作。理查德.艾肯(richardalken)23岁，负责无线电联络。在树林中，瑞贝卡.查姆博斯发现一辆被严重毁坏的宪兵车，车上宪兵死状凄惨无比。比利已经逃走。恩里克命令就地搜索。在搜索中，瑞贝卡看到了那列被袭击的火车，决定进去调查。在列车里，瑞贝卡和比利相遇。介于情况不明并且十分危险,比利提出合作，瑞贝卡只得勉强答应。除了队长恩里克，其他人都已死亡。威斯克和威廉.帕肯在干部培训所指示deltateam队员把列车开走并装毁它，列车一头撞向封闭的隧道。瑞贝卡和比利从列车里逃了出来，却发现这里是干部培训所。这时，马库斯通过监视器告诉威斯克和威廉.帕肯说要进行报复，威斯克和威廉.帕肯意识到安布雷拉将大势已去，脱离安布雷拉的时机已经成熟。两人商量着对策，威廉.帕肯说“t病毒”接近完成，剩下的就是“g病毒”的强化工作，而威斯克则要按原计划把.a.r.s引到洋馆，于是两人离开了干部培训所。
瑞贝卡和比利在干部培训所里遇到重重困难，但在两人齐心协力下一一排除，其间比利还救过瑞贝卡，瑞贝卡发现比利并不象报告上所说的那样凶残，便问起比利是否真的杀了23个人。比利说那是在一次执行非洲内战的任务，他们在行进途中死伤惨重，由于情报的错误，到达目的地时，发现并没有敌人，付出了这么大的代价，为了有所交代，队长命令他向平民开枪，至于他有没有开枪，他却不愿说起。两人继续分头行动，瑞贝卡消灭掉一个暴君试作型，并和比利来到一个步满了水蛭的大房间。原来马库斯正在等着他们，马库斯说要把世界变得充满仇恨，两人经过默契的配合，最终彻底消灭了马库斯。在把干部培训所炸掉后，他们来到山崖边。在山涯下看到恩里克队长所说的汇合点，原来是个洋馆。瑞贝卡说不会在报告中提起比利，比利心理非常感激，两人在山涯上互相敬礼道别，瑞贝卡径向洋馆而去。布拉瓦小队除瑞贝卡和恩里克队长外，爱得华.杜威确认死亡，其余3人也转移到洋馆。.a.r.s－布拉瓦小队失去联络已达24小时，间谍威斯克以支援布拉瓦小队为由，率领阿尔法小队进入阿克雷山区计划通过阿尔法小队的实战收集各种b.o.w数据。阿尔法小队成员：阿尔伯特·威斯克（albert.a.r.s直接领导者，队长。巴瑞.博顿（barryburton）38岁，武器专家。约瑟夫.佛特斯（jo）负责对中的整备工作。克里斯.雷德菲尔德（chrisredfield）25岁，原美国空军所属的王牌飞行员。吉尔.瓦伦蒂安（jillvalentine），炸弹专家。布拉德.威克斯（bradvickerine），35岁，负责队中的技术保障，兼直升机机师。
当阿尔法小队降落到地面展开调查之际，突然遭到两个感染病毒的实验用狗的攻击，约瑟夫.佛特斯不幸殉职，幸存队员进入arkray洋馆躲避，发现这是一个到处充满变异生物体的场所。之后，威斯克射杀了了解真相的布拉瓦小队队长恩里克，并以巴瑞的妻女为要挟听令于他。克里斯在研究所内找到深受中重伤布拉瓦小队成员理查德.艾肯，理查德为救克里斯被大蛇吃掉，克里斯中毒，被瑞贝卡所救。吉尔来到森林的小屋中，遇上了女性实验体，正巧巴瑞也在一口棺材旁，巴瑞鬼鬼祟祟的举动引起吉尔的怀疑，巴瑞要吉尔相信他，吉尔犹豫不决，这时女性实验体lisa苏醒向他们攻击，吉尔最终还是相信了巴瑞，两人共同对付女性实验体lisa，当那口棺材被打开后，女性实验体悲鸣着跳入山崖，结束了她凄凄又惨惨的一生。吉尔和巴瑞经过深入调查，来到实验室，看见威斯克正在操作电脑，巴瑞突然用枪指着吉尔，威斯克告诉吉尔巴瑞的妻女都在他的手上，巴瑞只能听他的。吉尔这才知道威斯克是安布雷拉的人，威斯克拿起枪要解决掉吉尔，关键时
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