1病毒”散播到席那岛的街道上，并且伪装成发生意外事故。
1病毒”所引起的生化危机之下。
1998年11月24日亚克企图从席那岛逃离时，搭乘的直升机被安布雷拉职员击落，因为强烈冲击而丧失记忆。在寻找恢复记忆的线索与逃生方法时，遇到席那岛上的生化灾害幸存者－－年仅十二岁的少年洛特·克莱(lott·klein)与洛特的妹妹－－莉莉·克莱(lilyklein)1998年11月25日宾赛德唤醒‘超级暴君’企图将亚克灭口，却反被‘超级暴君’所杀。亚克成功地将‘超级暴君’打倒，带著洛特与莉莉从席那岛逃出，席那岛上的研究设施也因为宾赛德启动自爆装置而全数毁灭。
事件后里昂加入反保护伞公司地下组织，不久便前往欧洲进行独立调查，吉尔和克莱尔也各自前往欧洲寻找克里斯。雪利原为政府有关机构收养，下落不明。
1998年12月12日为了寻找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克莱尔遭到逮捕并送往位于南太平洋的洛克福特岛（rockfortind）军事训练所监禁
1998年12月22日克莱尔被移送洛克福岛监狱。
1.f得知阿莱西亚与“t－veronica”病毒出现在洛克福岛，派遣威斯克率领特种部队轰炸该岛，以夺取“t－veronica”。特种部队轰炸过程中病毒泄漏，造成‘洛克福岛生化危机事件"。
克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人史蒂夫（eve）相遇。史蒂夫是一个不太相信人，更不愿与人合作的人，即使救了他，他也显得很冷淡，仍然一个人行动。在大厅里，亚力山大.亚西福特之子阿尔弗雷得.亚西福特扮成妹妹阿莱西亚.亚西福特的模样开枪射击克莱尔，阿尔弗雷得误以为克莱尔是袭击他的基地的人。在另一个地方，史蒂夫突然出现投桃报李，救了克莱尔一回，还和克莱尔开着玩笑，现出他可爱的一面。史蒂夫更为救克莱尔忍痛杀死了因感染病毒而变成丧尸的父亲。克莱尔由此得知，史蒂夫之父原来是一位保护伞公司的小职员，因泄露公司机密而全家被捕，母亲也被当场杀死。在大堂里，克莱尔听见阿莱西亚和哥哥在谈话，其实这是典型的阿尔弗雷得人格分裂，一个人假扮两个人。阿尔弗雷得的寝室里，阿尔弗雷得又扮成妹妹阿莱西亚的模样向克莱尔开枪，这时又是史蒂夫突然出现解了围。而且还查出这是阿尔弗雷得的双重人格在做怪。阿尔弗雷得气急败坏，启动自爆装置，要炸掉基地。同时，他放出汉克早先运送过来的“tyrant”，去杀死克莱尔和史蒂夫。克莱尔和史蒂夫乘坐水上飞机离开洛克福岛，却被随后驾驶鹞式战斗机离岛的阿尔弗雷得遥控操纵水上飞机飞向南极。此时tyrant出现在飞机货舱内。克莱尔将tyrant打下飞机，却因为无法改变航向而与史蒂夫双双来到南极。这里正是亚力山大.亚西福特1970年建造的南极研究所。随后，史蒂夫打伤了阿尔弗雷得，阿尔弗雷得离死也不远了。克莱尔和史蒂夫试图坐雪车逃走，却看见一个紫色的背后长着触手的可怕的怪物，这个怪物就是阿尔弗雷和阿莱西亚的父亲亚历山大。阿尔弗雷得换醒了在容器里沉睡的妹妹阿莱西亚，随后也死去了。克莱尔和史蒂夫消灭了那个亚历山大后，在坐货车时，被一只大触手掀翻，失去知觉。
在收到了里昂的通知后，克里斯则为了救出克莱尔，也前往洛克福特岛。威斯克正在寻找阿莱西亚与“t－veronica”，正碰见克里斯，克里斯惊异于威斯克的复生，也发现他有了超越人的力量和速度。威斯克正要报仇，在监视器里看到阿莱西亚的讲话，丢下克里斯便去找她了。克里斯也跟着来到南极，救了克莱尔。克莱尔得救后去寻找史蒂夫，却想不到史蒂夫被注射了病毒，他变成了怪物，疯狂的攻击克莱尔，在关键时刻，凭着对克莱尔的爱，使自己恢复了理智，变回原形，死在克莱尔的怀里。
威斯克找到阿莱西亚，要她交出她体内的“t病毒”，阿莱西亚冷笑着，变成个美貌与力量并存的人，只一手，就能把威斯克打败。威斯克见无取胜的机会，逃跑了，阿莱西亚接着要取克里斯的性命，但没能成功。克里斯和克莱尔逃到出口处，正要离开，阿莱西亚又拦住去路，这回变成个丑陋的飞行怪物，克里斯用线性炮将她消灭。克里斯引爆了南极研究所，兄妹俩驾机离开，威斯克则带走了感染“t－veronica”病毒的史帝夫的遗体。以.f的实力，让死人复活应该不是问题。
保护伞公司在世界各地的分支机构。可以确认的有，浣熊市分部（已毁），法国巴黎分部，欧洲席那岛分部，南美洲洛克福特岛分部。
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