小智：
刺刺耳皮丘：小智的初始神奇宝贝，是由大木博士给的蛋里孵出来的，左耳上有三个刺刺，不可以进化，可以学会许多普通皮丘无法学会的技能。
绿毛虫——铁甲蛹——巴大蝴：在常磐森林收服到绿毛虫，随后迅速的进化为铁甲蛹，在常磐森林为救小智和小霞而进化而巴大蝴，吐丝技能使用的非常出色，对气流的掌握非常好，进而躲避技术一流。
bō_bō——比比鸟——比雕：在常磐森林收服到bō_bō，赢得灰色徽章后进化为比比鸟，打败彩虹道馆后进化为比雕，着重速度的锻炼。
穿山鼠——穿山王：在月见山收服到因灯照射而脱水的穿山鼠，随后打败电系道馆后进化为穿山王，能掌握滚动的方向。
妙蛙种子——妙蛙草：在神奇宝贝疗养场收服到妙蛙种子，随后在不思议花园进化为妙蛙草，藤鞭的使用出神入化，特别是藤鞭跳跃尤为突出。
小火龙——火恐龙——喷火龙：被抛弃的小火龙，在嘉年华阻止椰蛋树军团而进化为火恐龙，而后在大傻谷与化石翼龙的对决中进化为喷火龙，加强了绝招威力的锻炼，绝招能熟练的组合。
杰尼龟——卡咪龟：杰尼龟军团中老大，赢得深红徽章后进化为卡咪龟，擅长高速回转的使用。
大钳蟹——巨钳蟹：在正辉灯塔旁的海域里收服，随后在蓝普尔其市打败火箭队进化为巨钳蟹，特性元气，经常能出乎意料。
呆呆兽——河马王：巨大神奇宝贝之岛收服，后来通过携带王者之证通信进化为河马王，智慧较高，能举一反三，学习力较强。
宝石海星——宝石海星：巨大神奇宝贝之岛，由小霞钓起后收服，在伊布四兄弟那里用水之石进化，熟练的使用高速回转应对决斗。
墨海马——海刺龙——刺龙王：在蓝普尔其市钓起后收服，打败深红道馆后进化为海刺龙，后携带龙鳞通信进化为刺龙王，龙卷风的威力强劲。
鬼斯——鬼斯通——耿鬼：在少女峡收服，打败黄金道馆后进化为鬼斯通，后通信进化为耿鬼，擅长变身，且绝招威力强大。
火爆猴：在通往彩虹市的道路上收服，擅长近身战，且不服输。
3d龙——3d龙ii——3d龙z：彩虹市的游戏厅兑换而来，后携带升级卡片通信进化为3d龙ii，又携带怪异补丁通信进化为3d龙z。
伊布——水精灵：彩虹市游戏厅兑换而来，在伊布四兄弟那里用水之石进化。
伊布——火精灵：彩虹市游戏厅兑换而来，在伊布四兄弟那里用火之石进化。
伊布——雷精灵：彩虹市游戏厅兑换而来，在伊布四兄弟那里用雷之石进化。
凯西——勇吉拉——胡地：彩虹市游戏厅兑换而来，在打地鼠中打败火箭队后进化为勇吉拉，后通信进化为胡地，瞬间移动使用熟练。
臭臭泥：在黑云市收服，属性黏着，爱黏人。
肯泰罗：野生原野区收服。
电击怪——电击兽——电击魔兽：野生原野区收服，儿童节打败喵喵后进化为电击兽，后携带电力发动机通信进化为电击魔兽。
蚊香蝌蚪——蚊香蛙——快泳蛙：野生原野区收服，在深红道馆进化为蚊香蛙，后在大木博士研究所用水之石进化为快泳蛙。
大舌贝——铁甲贝：野生原野区收服，在伊布四兄弟那里由水之石进化。
迷你龙：野生原野区收服。
哈克龙：野生原野区收服，角上有十字疤痕。
小皮卡丘：皮卡丘森林收服，擅长影子分身，躲避一流。
胖丁——胖可丁：霓虹市旁的森林收服，在大木博士研究所由月之石进化为。
多刺菊石兽：大傻谷收服。
化石盔：大傻谷收服。
化石翼龙：大傻谷收服。
喵喵：在儿童节收服，身手敏捷，力量巨大。
九尾：深红道馆的火山旁收服。
风速狗：深红道馆的火山旁收服。
烈焰马：深红道馆的火山旁收服。
鸭嘴火龙——鸭嘴焰龙：深红道馆的火山旁收服，后携带岩浆驱动器通信进化为鸭嘴焰龙。
大大岩蛇：米亚查山收服的巨大大岩蛇，右脸颊上有十字相疤痕。
小霞：
海星星、宝石海星、角金鱼、杰尼龟——卡咪龟、暴鲤龙、大舌贝——铁甲贝、墨海马、玛瑙水母、可达鸭、伊布——水精灵、蚊香蝌蚪、菊石兽、波克比
小刚：
大岩蛇、小拳石、超音蝠、海星星、六尾、小磁怪、尼多力诺、化石盔
武藏：
阿柏蛇——阿柏怪、大舌头
小次郎：
瓦斯弹——双弹瓦斯、大食花
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