嘉庆帝亲政后实行的一系列新政策，使起义军受到严重挫折。嘉庆五年下半年，许多著名的起义军领袖相继被捕或战死，义军不得不向川、楚、陕三省交界处的南山、巴山老林处转移，依托巴山老林坚持斗争。嘉庆六年二月，列名悬赏起义军领袖徐天德、王廷诏、高二（即高天升）、马五（即马学礼）、高三（即高天德）等。此时，经略额勒登保、参赞德楞泰又率军对起义军实行分路围剿，起义军面临的局势更加险恶。不久，王廷诏被俘，接着徐天德、马学礼、高天德等人或战死，或被俘。至嘉庆六年六月，起义军活动的地区仅局限于川、楚、陕三省交界的老林寨堡狭小的地区，人数剧减至二万四千余人。但是，起义军并没有放下武器，他们出没于丛山老林，游击于清军力量薄弱地带，“陕剿急则入川楚，楚剿急则入川陕”③。他们前赴后继，“即歼毙首逆，而去一人，复立一人”①。为了迅速歼灭起义军，嘉庆六年六月，经略、参赞于陕西平利举行会议，决定由德勒泰由西南逼攻，额勒登保由东北邀击，会剿于三省交界处。德勒泰在围剿中，分选兵勇，冒起义军服色、旗号，使用受招抚的起义军为向导，“或佯与合队，或趁夜袭营”②。起义军被内外夹攻，损失更为惨重。至嘉庆六年十月，起义军仅余一万多人。急于求胜的嘉庆帝限令于六年冬将起义军悉数歼灭。但是，这个计划并没有实现。嘉庆七年正月，活动于川北的起义军领袖苟文明联合其他零散队伍，积聚二千余人，渡嘉陵江上游之略阳河进入川东。自认已稳操胜券的嘉庆帝因劳师糜饷、旷日持久不能成功而大动肝火，愤而将额勒登保夺爵革翎，七年五月，又将额勒登保革职留任，令其“遍访将士，献擒渠之计。并悬重赏赐募。……限六月内灭贼”③。在清军全力压迫下，至七年十一月，起义军的著名领袖大部分已战死和被俘，零星起义军千余人只能分散活动于丛林中。嘉庆七年十二月，经略、参赞会同川督、陕督、湖督，以大功勘定，用黄布朱里折六百里驰奏，嘉庆帝立即“祭告裕陵，宣示中外”，lùn_gōng行赏，大封领兵将帅、地方大吏。他虽以大功底定宣示中外，并没有立即撤兵罢战。他深明“一贼不尽，皆可滋蔓”的历史教训，指示经略、参赞“毋遽来京”，诸帅亦屯兵险要，穷追残存的起义军。至嘉庆八年七月，额勒登保等奏报三省肃清，大批清军开始撤离。不久，起义军余部趁清军纷纷撤离之机，突出老林，四出活动，而大批被裁撤乡勇与起义军的联合，使已濒临失败的白莲教大起义大有重振雄威的势头。这时，起义军人数虽不多，然而，他们皆历经百战之余，有丰富的经验，且“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散”①，而清军“分军遏之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二、三百贼，而三省不得解严”②。地方大员一时束手无策。九年，嘉庆帝只好再次派遣还朝不久的额勒登保以钦差大臣赴陕，会同德勒泰再次围剿起义军。直至九年九月，各路皆报肃清。但是，即使在此后，起义军余部的活动仍在进行。嘉庆十年五月，起义军的最后一个领导者王世贵牺牲，标志着起义的最后失败。
历时九年，遍及五省的白莲教农民大起义被残酷地镇压下去了。嘉庆帝为了镇压起义，先后调集了十六个省的兵力，耗费白银二万万两，相当于清政府五年财政收入的总和。清政府在镇压起义军时，被击毙的一、二品高级将领二十多人，副将、参将以下军官四百多人。清政府的武装力量因而受到极大削弱。从此，这个皇朝走向衰落的趋势益发不可遏止。
嘉庆帝竭尽全力刚刚把白莲教大起义镇压下去，东南海疆警报迭起。福建同安人蔡牵领导的起义军，自嘉庆五年（1800）即发难于闽浙沿海，力量日益壮大。嘉庆九年起义军连八十余艘，进入福建沿海。冬，蔡牵聚集战船百余艘率众二万有余进攻台湾，自号镇海王。这时，白莲教起义已被镇压，嘉庆帝立即增强了对蔡牵起义军的镇压，至嘉庆十五年二月，蔡牵领导的东南沿海人民起义最后失败。
东南海疆的警报刚刚解除，嘉庆十八年（1813），对清朝造成更大政治威胁的林清、李文成领导的天理教农民起义又爆发了。嘉庆十八年九月初七日，三千名起义军攻破河南滑县县城，杀死知县强克捷
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