八月下旬，大同城内，姜瓖麾下总兵杨振威暗中与城外清军取得联络，企图谋杀姜瓖、开城出降，却被庞岳派到姜瓖身边的鹰眼卫总监刑彪提前发觉。姜瓖大怒之下，将杨振威押上城头当着城外清军的面凌迟处死，并诛杀其全家及数百亲信。
然而，面对满清的举国之兵征讨，姜瓖虽有南方的呼应和鹰眼卫的在旁协助，屡次打退了清军的进攻，但还是逐渐到了力竭的边缘。当年十一月底，大同城被攻破，姜瓖及大同军的主要几位将领却在鹰眼卫的协助下趁着黑夜突围出城，后又取道豫西山区抵达了湖广，得到了庞岳的接见。而他们的家人，早就姜瓖起兵之前就已被鹰眼卫暗中护送到了湖广。隆武帝为表彰姜瓖反清归明之功，册封其为榆林侯。
年底，左府军班师回岳州。张云礼以军功升任左军都督府都督同知，石有亮、卢启武、崔守成、刘仁骏、贺震霆皆以军功升任总兵衔。庞岳也再次对左府军编制进行调整。陷阵营改称近卫营，虎贲、钢锋、破军、泰山、华山营分别改称第一、二、三、四、五营，烈火营名称不变，以上各营军旗不变。岳州、永定、赣州、九江、南昌营分别改称第六、七、八、九、十营。
其中，两个戍卫营、两个骑兵营、三个水师营以及近卫营、近卫炮兵营由左军都督府直辖。此外，第一、第六营合编为第一镇，总兵官石有亮；第二、第七营合编为第二镇，总兵官卢启武；第三、第八营合编为第三镇，总兵官崔守成；第四、第九营合编为第四镇，总兵官刘仁骏；第五、第八营合编为第五镇，总兵官贺震霆。
驻地方面，第一戍卫营驻防辰州，第一镇和第一骑兵营、水师伏波营驻防武昌，第二镇驻防长沙，第三镇和水师鄱阳营驻防九江，第四镇驻防南昌，第五镇驻防宝庆。其余各部驻防岳州。
本来按照庞岳的设想，每个镇都要下辖一个骑兵营才好。但骑兵的训练比步兵显然要复杂得多，虽然在江西战役中缴获了不少战马，但此事却是急不得，当时只能先放上一放。
隆武六年二月，盘踞云南的大西军一部进入贵州，领兵的正是定北王艾能奇。贵州总兵马进忠不能挡，连吃了几次败仗。后庞岳奉诏率军往援，在贵阳附近大破艾能奇军并将之生擒。随后，孙可望很快派遣使者入朝，连称误会，并表示愿意接受朝廷的招安。隆武帝也心照不宣地不再追究。最后双方达成一致，大西军正式宣布归顺隆武朝廷，孙可望四兄弟均放弃自称的王号，接受朝廷册封的侯爵，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇分别为平东、安西、定北、抚南侯。隆武朝廷在形式上将云南归到了治下，却也付出了不少代价，不仅授予孙可望镇西将军印、允许其执掌云南一切军务，在地方官员任用、税收的留取方面也给了其最大的自主权。虽有遗憾，但由于云南地处偏远，朝廷鞭长莫及，也只能暂作这般处理。
这一年，虽然以姜瓖为首的山西反清运动和以王永强为首的陕北反清运动都已经宣告失败，但“收复失地”的清廷也因此碰得头破血流，元气大伤。并且各地零星的反清烽火再也无法完全被扑灭，继陕西、山西跟河南的好汉之后，山东的各地绿林响马也纷纷加入了进来。满清两年内便在南方折了三个王爷和十万兵力的光辉事迹让各地的好汉们也看透了这个野蛮政权色厉内荏的虚弱本质，“鞑子算个鸟”渐渐地成了一种口头禅。
也就在这一年的十二月，执掌满清权柄七年之久的多尔衮终于在重病中一命呜呼。至此，再算上之前的多铎和阿济格，阿巴亥给老奴生的三个儿子已经全部完蛋。多尔衮的死，让满清的再次南征计划也为之搁浅。据说多尔衮在临死前还大呼“过江，过江，过江”，到死都没合上眼。消息传到大明治下各省的时候，正好是隆武七年的正月，各地商铺的炮仗生意比以往好了一倍都不止，无数军民热泪盈眶、欢欣鼓舞地庆祝这个双手沾满汉人鲜血的人渣去见了萨满。
隆武七年三月，休养生息两年多的大明开始了自甲申年来的第一次战略反攻。力图进取的隆武帝以庞岳为征东大将军，与广东镇总兵官王东日一同率军攻取福建。这一战是左军都督府下辖的南洋舰队首次参战，也是左府军首次陆海联合作战。休养生息两年多的左府军和广东镇爆发出了比之前更为惊人的战斗力。此战历时半年，数万清军授首，满清闽浙总督陈锦、福建总兵马得功等多名地方文武大员被击毙，整个福建和浙江南部宣告光复。
此战过后，隆武帝下诏，广东都指挥使司自此也划归左军都督府统辖，另在光复的福建和浙江重建福建都指挥使司和浙江都指挥使司，并设右军都督府统辖福建、浙江两都指挥使司，以王东日为右军都督府都督。
隆武帝的这一决定在群臣中引发了不少争议。有人认为，如此一来，岂不是将湖广、江西、广东三省都置于左府军的势力范围之下？他日
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