诛和坤，清除妨碍军事围剿的军中积弊，是嘉庆采取的第一个重要措施。嘉庆认为，白莲教起义历经三载尚未荡平，完全是因为和珅“压搁军报，有心欺隐，各路军营，听其意旨，虚报首级，坐冒军粮”，以致“军务日久未竣，贻误军国”（20）。嘉庆为此毫不迟疑地诛灭了和珅。在清除和珅后，嘉庆立即着手解决影响军事围剿的另一重大弊窦——军中将领及督抚大员的冒功侵饷问题。为了围剿起义军，清廷自嘉庆元年至四年耗费军饷7000余万两。然而这成千上万两的军饷或被诸将克扣侵吞，用以寻欢作乐，“军营中酒肉声歌，相为娱乐。”（21）或被馈送转赠，或被浮冒开销，以弥补过去亏损。军，正是这种军营积弊，使得将吏“日以玩兵养寇为事”，军营大员，“藉剿贼为名，稽延时日，不愿蒇事。……以养寇为肥身之计，以糜帑为饱橐之资。纵贼蔓延，日久未灭”（22）。嘉庆为了实现“刻期灭贼”的围剿计划，下决心对此大加整顿。嘉庆四年八月，湖广总督景安弹劾襄阳道胡齐仑冒功侵饷。嘉庆立命将胡齐仑逮交刑部审讯，籍没其家产。同年十一月，查证确实，胡齐仑经手湖北襄阳局军需，私扣银至二万九千余两，任情馈送。他还将大量军饷据为已有。在查办胡齐仑案件时，仅在他的官署内即抄出白银51429两。据有人估算，胡齐仑侵饷达数十万之巨（23）。嘉庆愤怒地将其处绞，同时还对“公然提用军需正项，信任胡齐仑一人经理，恣意侵扣，实为首先作俑”的已故湖广总督毕沅加以处理，革其子世袭职。对受贿的统兵将领明亮、永保、庆成、鄂辉等人皆籍没其家。嘉庆在处理湖北胡齐仑冒功侵饷案时，同时令魁伦、广兴严核四川军需虚实，“务使领兵各员无利可图，方能专心剿贼，以冀速蒇大功”（24）。为了及时掌握军饷的动用情况，嘉庆采纳了陕甘总督松筠提出的“令各路粮台按旬开报，按月汇奏”的办法，使军饷支用混乱的情况得到扭转。这样就使财政已陷入困境的清廷有可能将军饷最大限度地用于围剿战争。
更易统兵大员，严惩不力将吏，严密军事部署，是嘉庆加速围剿农民起义的又一重要措施。嘉庆亲政后，针对当时从全国各地调遣而至的各路军营无所统属，将领各怀自私自利之心，争功诿过之事不断发生的情况，授原总统四川军务的勒保为经略大臣，赐以印信，规定所有各路带兵大臣及陕西、湖北、河南督抚等悉受节制，“以一事权”（25）。嘉庆令勒保“带领重兵，或于川省，或于陕西，择扼要适中之地，居中调度，统摄各路”。为了赋予勒保更大的权威，嘉庆还给勒保对不尊军令、贻误重大军情者，“一面拿究，一面具奏”（26）的特权。在任命勒保为经略大臣的同时，嘉庆授明亮、额勒登保为参赞大臣，“别领官军，各当一路。”这样，嘉庆完成了亲政后新的军事部署。被委以重任的勒保，制定了先筹川陕的用兵计划。他坐镇四川，督率多路清军，在川陕地区对起义军围追堵截。然而，时过半载，据驻达州治四川军需的副都统福宁奏称：“贼以胁从而日增，……据川东北各府厅州县禀报，多者万余，少者数千，其不知首逆姓名者尚不知凡几，新起之贼实多于剿除之数。”（27）这说明，四川起义军不但没有被消灭，声势反而越剿越大。嘉庆迁怒于勒保。同年七月，嘉庆以“经略半载，莫展一筹”等罪名，将勒保逮问治罪。其经略事务，以将军明亮代之。不久，又以明亮行动迟延，将明亮免职。嘉庆四年八月，卒以都统额勒登保代之。半年之内，嘉庆三易统兵大员，充分反映了嘉庆亲政后急于将农民起义镇压下去的急迫心情。
额勒登保系清军中一员悍将，他在清廷镇压苗民及川、楚、陕白莲教起义中，“战绩为诸军最”（28）。额勒登保不仅因其奋勇善战为嘉庆所看重，其军纪的严明和自身的廉洁更得嘉庆的赏识。额登保注重军纪，他的军队经过之地，民间竟能“无不安堵欢迎”（29）。额勒登保自律甚严，在清查湖北胡齐仑一案时，发现当时参预军事的有关督抚将帅无不受胡齐仑馈遗，独额勒登保一人是个例外。嘉庆最终选择额勒登保为经略大臣，这就为他成功地推行剿抚兼施的反革命两手策略准备了必要的条件。
清廷历经数载，耗帑千万而不能将川陕农民起义镇压下去，究其原因，实在和清军各路将领及地方大员推诿塞责、畏缩避战有很大关系。他们或者虚张声势，将起义军逐出管辖地段而后粉饰奏报以塞责，或者以绕截为名，远远避开起义军的锋芒，只是逐日向朝廷奏报起义军的行踪为事。当时民间流传的“贼至兵无影，兵来贼没踪，可怜兵与贼，何日得相逢”，“贼来不见官兵面，贼去官兵才出现”的歌谣，正是清军将领和地方大员畏缩避战的真实写照。河南巡抚景安是其中最为突出的一个。景安率军驻扎南阳一带，任务是堵截湖北起义军进入河南境内。然而，景安惟知远避尾随，故人皆呼之为“迎送伯”。嘉庆亲政后，立即着手去贪惩懦，对围剿不力的将吏加以严厉惩处。嘉庆以惠龄为贼所轻，令回京守制”；以宜绵“屯驻无贼之处，从未与贼交锋
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