追击噶尔丹的是一支明军小队，蒙古人分散逃跑，明军也只能分散追击，开始是以连为单位，到了现在只能是以队为单位，对于蒙古人是否会反击，明军并没有多作考虑，蒙古人想吃下一队明军也不是易事，何况追击的明军都是一人双骑，万一真打不过再逃不迟。
第二天，噶尔丹就发现自己有了**烦，他竟然被后面的明军缀上了，无论他怎么逃，这队明军就象是附骨之疽，怎么甩也甩不掉，这也难怪，谁让噶尔丹一行目标大，追击的明军虽然不知道他们追的是准噶尔汗，可是三百多人的目标已经预示到里面肯定有大人物，明军如何肯放过。
噶尔丹无奈，第三天只好用上壁虎断尾求生术，留下一百怯薛对明军阻击，这队明军在消灭阻击的怯薛后，耽搁了半天的时间，无法再对噶尔丹进行追击，只好作罢。
这次阻击中，怯薛表现出了对大汗的忠心，宁愿自尽也不表露大汗的身份，否则尽管噶尔丹先逃到了半日，这队明军恐怕也不会放弃追捕。
半个月后，当噶尔丹回到科布多时，又遭到重大打击，先回到科布多的策妄阿拉布坦不但将财物、牛羊抢掠一空，还将他的妻子阿奴等人全部俘虏带走。
望着被抢劫一空的科布多，噶尔丹惊怒交加，此时他的身边只有二百怯薛，可谓到了山穷水尽。
不过，噶尔丹表现出他的坚强，并没有被了策妄阿拉布坦的叛乱击倒，迅速与西藏的第巴桑杰嘉措、青海的博硕克图济农等台吉联系，得到了一部份粮食和牲畜接济。
虽然噶尔丹恨不得立即砍下策妄阿拉布坦的脑袋，只是他还是咬牙低头，通过第巴桑杰嘉措、博硕克图济农等人的调解，以允许策妄阿拉布坦半独立的形式，让策妄阿拉布坦将妻子阿奴和一部份财物归还。
对于策妄阿拉布坦，噶尔丹并不担心，只要他稳定下来，擒杀策妄阿拉布坦易如反掌，唯一让他担心的就是明军的进攻。
取得对噶尔丹的大胜后，明军开始了对漠北之地的进攻，仅用了一个月的时间，明军已经将阿尔泰、乌里雅苏台等地收入囊中，如果不是因为天气转寒，科布多也将不存。
等到明年开春，明军肯定会恢复攻势，让噶尔丹懊恼的是，前面作战失败后，他随军用来运送军粮的数万匹骆驼落入明军手中，有了这些骆驼，明军补给能力大增，若是放任明军进攻，明年即使逃到天山脚下也不一定安全。
弘光二十年十一月，噶尔丹不顾天气寒冷，派出一支数十人的队伍赶往乌尔格城，向明军请降。
对于噶尔丹的请降，杜小山不敢擅专，派人将这支请降队伍护送往南京后，继续对漠北蒙古进攻。
等这支队伍到达南京时，已是弘光二十一年的正月了，接到噶尔丹的请降，文官们无疑非常兴奋，所谓不战而屈人之兵，上策也，何况大明已经得到较为肥沃的漠南，对于漠北的土地，文官们并不感兴趣。
武将们却相反，谁也不愿意接受噶尔丹的投降，武将对土地有天然的热爱，开疆拓土才是武将的心愿，眼下噶尔丹就象一条落水狗，完全可以痛打，为什么要接受他的投降，让大家失去立功的机会
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