当传教士取得了士大夫的信任，取得在中国居住和旅行的资格以后，他们对翻译传播西方科学的热情就极度减弱，当中国知识分子要求他们翻译时候，往往寻找各种理由推脱搪塞，难以搪塞的时候，才勉强答应。传教士本来到中国以传播宗教为目的，到结果却变成了不得不传播科学，这种现象本身就意味深长。
明晚期乃至到明末，不仅中国的传统科学的一些领域，开始经历自我革新，自我蜕皮的过程，展现出新的活力，而且由于知识分子遍及全国上下对科学热情的高涨，对西方先进技术的热情引进，中国的科学正在呈现出不仅弥补自身固有的弱点和缺陷的趋势，而且有理由断言，当西方科技和中国本土的融合之后，中国的科学完全可能在发展势头上超越西方
这不仅是因为中国科学的发展，本身不象西方有宗教的重重阻挠和各种思想障碍；也是因为作为科学基础和潜在动力的哲学思想而言，当时的中国远远领先于其他国家，几乎领先超前了相面两百年左右的时间，无论唯物主义，唯心主义都是如此。只要通过容纳吸收外来科学技术的优点，弥补中国科技固有的缺陷，发展和前进绝对不是问题。
明朝晚期，一方面是中央政府控制力量不断趋于衰弱，另一方面是民间力量不断崛起壮大，舆论的力量，思想的力量，经济的力量，无不如此。
人性的张扬、个性的独立、党争不断、讲学书院的林立、海上贸易空前的繁荣、市民和手工业阶层的力量登上政治舞台，所有这一切都显示中国文明正在经历一个化蛹为蝶的关键时期。任何文明的进化，都必然要经历一个这样的过程，否则只能停滞不前，只要经历了这样一个文明动荡整合的过程，中国文明必然重新放射出耀眼的光芒。重新执世界文明的牛耳。
而这一个阶段，化蛹为蝶的阶段，却又恰恰是一个文明最虚弱最脆弱，最缺乏抵御野蛮的外敌侵袭能力的时机，然而不经历着这样一个阶段，文明就无法实现自身的进化。不幸的是，正是在这个阶段，明朝的中国遇上满清这个尚处于野蛮的奴隶制阶段的政权的侵略，文明进化的过程被人为打断了，终止了。
明朝灭亡以后，情形发生了急剧改变。满清的残暴统治，使得大部分知识分子对科学的热情急剧衰减，和西方传教人士合作翻译科学著作的情形已是凤毛麟角，甚至连个别热心科学的传教士自己上呈给满清皇帝的科学著作也被达入冷宫。原先被大量应用于经济国计民生的技术机械，到了清朝，完全沦落为清朝那些愚昧到极致的皇帝的个人玩物。此外疯狂的屠杀，经济的破坏的，文化的摧残就更不需要多说了。
清朝统治下的中国，并非没有机会跟上世界的潮流，和世界同步发展，甚至领先于世界，如果他们没有这样的机会，那么由于客观条件的限制，我们现代的人当然不能苛求满清。但问题是当时这样的机会不仅有，而且是大量的，随手可拾的，由于明代留下的优越条件，明代遗留下来的大量书籍，大量人才，明代已经开辟的和西方文化经济科技等各方面交流的渠道，甚至可以这样说，明末以后的中国想不和世界同步发展，想不领先于世界都困难，我们可以列举大量的事实来证明这一点，然而在满清空前愚昧黑暗的统治下，所有的机会都化成泡影，满清统治下的中国不仅不能在明代的基础上继续前进，哪怕前进一小步都不行，甚至连明代已经取得的成果，已经获得的进步，也几乎全盘丧失，全面倒退，这种文明的倒退，也只有古罗马帝国被蛮族灭亡，阿拉伯文明被蒙古毁灭的时候才可以相比拟。
有些人说，明朝晚期，思想的活跃，不过是社会混乱动荡的必然表现，尤其是明末的战乱，统治真空其导致的结果，并不能说明明朝比清朝优越，这样的说法根本谬误，综观世界历史，凡是思想活跃，思想家层出的年代，大部分都是经济高速发展，社会进步的时代，英国如此，法国如此，德国如此，绝对不是什么战乱导致的结果。
希腊和罗马的大部分思想家，都生活经济繁荣，国家相对稳定的社会之下，相反到了野蛮民族入侵罗马，思想家就寥若晨星，整个西方世界在长达将近一千年的时间中陷入了黑暗愚昧之中。
西方资本主义的三大启蒙思想家：卢梭，伏尔泰，孟德斯鸠，没有一个是生活在所谓的乱世之中，恰恰相反他们生活的法国是整个欧洲大陆上最为强大和繁荣的国家。
明代思想家的活跃，思想革新的出现，是明代社会本身内在逻辑发展的必然结果，是社会本身具有内在活力，内在革新性的表现。否则按照某些人的逻辑。贫穷饥饿相伴，战乱始终的非洲，应该是思想最活跃，思想家的产量最高的地区，可是事实又如何呢？
满清的万马齐喑，人才禁锢，稀少，根本原因不在于其稳定的统治，而在于其空前的残暴黑暗的压制措施。
有人喜欢拿清末和明末相比，问题是清末，中国还有自己的思想家么？一切的思想，无论套上了一层什么外衣，本质上都已经西方舶来品，在文明根基的思想哲学领域，中国已经完全成了西方的附庸。把明朝晚期，中西方之间完全平等的文化思想交流和清朝晚期末期，西方用枪炮打开中国大门，满清大小奴才主子不得不屈辱
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