茵蒂克丝出现在三泽塾补习班，被伊萨德带走。
上条在「幻想杀手」作用下恢复记忆，并在补习班外围目睹罗马正教骑士施展的魔法「葛利果圣歌」被伊萨德用「金色大衍术」反弹。
上条和史提尔回到三泽塾补习班与伊萨德进行最终战斗，上条右手被斩断，从断腕处出现的「龙王之首」致使奥雷欧斯·伊萨德败北。
8月9日
上条的右手被医生「冥土追魂」接回，史提尔和茵蒂克丝来看望他。
上条从史提尔处得知奥雷欧斯·伊萨德从此失忆，但却被史提尔用火焰进行了整容以躲避追杀，从此踏上新的生活。
8月10日
美琴作了一个关于自己幼年时提供dna样体的梦。
某位少女在第七学区的小巷内到处散发银行卡，被无能力者们盯上，但被少女用「寿命中断」（实际上只是言语暗示）镇压。在一旁观战的美琴通过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信。
为了解除心中的疑惑，美琴半夜潜入樋口制药第七药学研究院。在研究院的电脑中发现与自己有关的「量产能力者实验计划」已被冻结。
美琴放心的离开后，某位「妹妹」出现并将资料全部删除。
8月11日
美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15日
早上——
美琴与一名妹妹（9982号）偶遇。
从谈话中美琴得知某个「实验」的存在以及一个「暗号」，并带着妹妹（9982号）游玩半天。
晚上——
两人分别后，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面。
（21：00——），第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春的帮忙解开「暗号」，并得知了「绝对能力进化实验」的存在。
赶来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害，悲愤之余的她向那位白发少年发起攻击。
白发少年的能力使美琴的攻击全部无效，连必杀技「超电磁炮」的攻击都被反射。
在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开。
离开时，白发少年向美琴告知了自己的名字：一方通行。
8月15日——18日
美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心。
美琴大肆破坏与「绝对能力进化计划」有关联的研究设施。破坏活动引起了实验计划高层的关注，并雇佣暗部「ite」成员之一的弗兰达在研究场所内埋伏潜入的美琴，遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了「脑神经应用分析所s处理社」（与「实验」有关一处实验所），发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技艺以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达使用格斗技的打压，但最后还是化险为夷。
正准备审问弗拉达的美琴被赶来的「item」另外两人：麦野沈利以及滝壺理后逼退到通风管道内。
在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍「实验」的工作，被早已埋伏好的「item」成员娟旗最爱捕获。
在麦野沈利以及滝壺理后的双重配合之下，美琴渐渐被逼入绝境。
察觉了美琴真实身份的麦野在虚荣心的驱使下，支走了弗兰达以及滝壺两人，自己独自留下来想击败美琴。
美琴依靠弗兰达遗留下来的人偶炸弹以及陷阱，将麦野击退，并且成功的摧毁了设施内部的电脑后逃脱。
时间不明(推断为8月19日）
在深夜使用「钢铁破坏者」狙击一方通行的妹妹（番号不明）被一方通行所杀。
8月20日
上午——
在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，路过的美琴使用能力帮忙但却拉响了警报。
上条先后认识了美琴的学妹白井黑子以及美琴的「妹妹」——御坂妹。
下午——
分别后的上条又在路上偶遇到另一位妹妹（番号不明），「妹妹」帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
在宿舍内，上条与「妹妹」见到了土御门元春的义妹——土御门舞夏。
在家门口见到正在为三色猫斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，「妹妹」用能力替她们解决了这个问题。
8月21日
上午——傍晚
补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑「树状图的设计者」的话题后分别。
上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的妹妹（番号不明），带着她一起去买饲养宠物的书。
上条在买书期间，妹妹在外面的小巷内与一方通行战斗，被杀害。
从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报警备员，可是尸体却在这期间消失。
充满困惑的上条在小巷深处见到了长着同样模样的数十位「妹妹」以及被杀害的那位妹妹尸体。
妹妹们在确认上条无事后先行离开。
晚上——
为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被白井黑子接待。
白井因为舍监的出现而让上条躲在床底下，离开房间。
在床底下的上条发现了暗藏在公仔熊内的「绝对能力进化实验」资料，读完资料后他开始寻找美琴。
在
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