经过半宿才回家的上条赶到学校参加开学式。
小萌老师在介绍新的转校生（姬神秋纱）时，茵蒂克丝在此时乱入到上条的班级，不过很快就被小萌老师赶了出去。
无所事事的茵蒂克丝在学校的食堂里与自称转校生的风斩冰华成为朋友，不久之后就在更衣室与上条见面。
上条决定带着风斩和茵蒂克丝去地下街游玩。听到姬神秋纱关于风斩冰华的传闻。
侵入都市的雪莉·克伦威尔与赶来阻挡的白井黑子交战，白井在战斗中被雪莉召唤的石巨人艾利丝所困，最后得到了美琴的救援，雪莉趁乱逃走。
下午——
上条带着茵蒂克丝和风斩来到学院都市的地下街游玩。
不久之后，雪莉的攻击致使地下街被迫封闭。困在里面的上条三人与美琴、白井两人相遇。
白井先行将美琴和茵蒂克丝用空间移动送到地面，上条和风斩两人一起另寻出口。
风斩在与雪梨的遭遇战中头部受伤，但也使她了解到自己是非人类的事实。
上条在警备员的协助下救回风斩冰华，将雪莉击退，并得知雪莉的主要目标是茵蒂克丝。
留在地面上的茵蒂克丝与美琴分开，在某工地外遭到石巨人艾利丝的袭击。茵蒂克丝随即启动「强制咏唱」进行反击。
掉入地铁道的风斩冰华赶去解救茵蒂克丝，被雪莉放走。随后赶来的上条却与雪莉对战。
上条在激战中将雪莉击倒，赶往地面解救茵蒂克丝。
在风斩以及上条的努力下，石巨人被破坏，茵蒂克丝安然无恙。
被亚雷斯塔困住的土御门离开，走时还不忘警告亚雷斯塔。
上条来到「冥土追魂」医院检查身体，留在外面的风斩冰华则向茵蒂克丝道别，随即消失在好友面前。
9月3日
美国西海岸（加利福尼亚州外海）人工岛城市·学芸都市
白天——
因为学院都市组织的广域社会调查的活动，御坂美琴、白井黑子、初春饰利、佐天泪子四人来到了美国的学芸都市。
四人在岛上与白人女导演毕芭利·希斯露相识。
从海中突然出现的一架奇异的飞行器与学芸都市的空中防卫队「拉碧塞飞行队」进行战斗，美琴在其中使用能力保护普通游客。
奇异的飞行器在战斗中被击毁。
晚上——
对白天的事件充满疑问的美琴决定去探索学芸都市的秘密。
美琴以及偶然跟着她的佐天两人潜入到了影视设施「largelauncher（大发射架）」内部，并见到了白天所击毁飞行器「云海之蛇」的残骸。
两人在设施内部遭遇「工作人员」奥莉弗·赫丽德，不过奥莉弗却遵照上层的指示将两人放走。
9月4日
白天——
在宾馆内的美琴一早就受到白井黑子（穿着学院都市特制泳衣）的骚扰。
独自在外面的佐天泪子被「云海之蛇」的驾驶员席琪桃尔抓住，受到她的威胁而去商店买泳衣。
买泳衣途中的佐天与毕芭利·希斯露偶遇，最后在毕芭利的推荐下，佐天给席琪桃尔买了一件非常显眼的宝石比基尼。
「云海之蛇」再次袭来，席琪桃尔的同僚托琪托莉出现并将席琪桃尔带回。
晚上——
美琴、黑子、白井三人品尝着晚饭后的甜点。
带着对一系列事件的疑问，佐天泪子决定重回「largelauncher（大发射架）」内寻求答案。
佐天刚要窥探到设施内部隐藏区域的时候就被「工作人员」奥莉弗逮住。
9月5日
白天——
因为担心彻夜未归的佐天安危，美琴三人在拥有「读心能力」的风纪委员帮助下得知了佐天的去向。
奥莉弗在上层的指示下准备将佐天泪子秘密「处理掉」。
在最危急时刻下的佐天被乘坐「云海之蛇」而来的席琪桃尔所救。并告知佐天自己隶属的组织（有翼者的归还）即将利用「太阳之蛇（魔法兵器）」发动对学芸都市的毁灭性打击。
晚上——
安然回到宾馆的佐天在自己的房间休息，并将自己的所见所闻告知给了三人。
奥莉弗·赫丽德带领特种兵突袭了佐天的房间，不过却被美琴和白井击溃。
在美琴的请求下，奥莉弗答应疏散滞留在学芸都市的全部游客。
学芸都市的高层「经营团队」五人受到了亚雷斯塔的警告。
9月6日
避难警报拉响，学芸都市的游客开始登上大型救生艇「红鲑」上逃亡。
学芸都市「拉碧塞飞行队」与「有翼者的归还」展开全面战斗。美琴和白井两人则准备击毁「太阳之蛇」。
在美琴与黑子的攻击下，从天空俯冲而来的三架「太阳之蛇」被毁，但最后也是最具破坏力的第四架「太阳之蛇」却从天而降。
在乘坐「云海之蛇」席琪桃尔的攻击下，美琴与被击晕的黑子困在了一架处于下落中的「太阳之蛇」残骸上面。
通过发动能力对水分子的操控，美琴成功的制造出了一对「水之翼」，并带着白井脱离险境。
在空中的美琴追上席琪桃尔以及最后一架「太阳之蛇」，两人随即展开激战。
在美琴一击漂亮的「超电磁炮」攻击下，最后一架「太阳之蛇」开始解体。
「太阳之蛇」所落下的残骸致使身处地面的佐天泪子陷入危险，席琪
喜欢黑色天空下的学院都市请大家收藏：(m.shudai.cc),书呆网更新速度最快。