人类明白了自己并非自然进化产物，也知道一旦亚当醒来，必定彻底清除人类，更确定莉莉丝已经无法保护人类了。
所以他们只能前往南极，找到了亚当沉睡之地，用莉莉丝遗留的方法，在亚当体内注入带有生命之果的人类基因，借以吸干他的能量，将他封印回胚胎状态。
封印过程中散逸的多余能量，形成了几乎毁灭世界的第二次冲击。
而亚当被封印之前，为了反击人类，也解除了所有“生命之果”的束缚，将它们散播到世界各地，这些生命之果纷纷觉醒，并得到了亚当的承诺，知道它们只要能找到亚当的身体，就可以与之结合，重新恢复成足以航行宇宙的样子。由于它们也基本都受到了注入的人类基因的污染，所以和人类拥有十分近似的基因。不过它们不知道，现在的亚当的生命之树已经破碎，只有同时吸收亚当和莉莉丝的生命之树，才能成为完整的形态。
经过十五年，使徒们渐渐生长成型，形成了巨大的战斗形态，然后逐一苏醒，开始寻找亚当，不过由于亚当和莉莉丝都是一样的物种，加上人类的误导，它们一直不知道自己是冲着莉莉丝去的。
而人类最高组织seele，也就是nerv的幕后老板们的目的，就是让莉莉丝吞噬亚当恢复力量，然后统融合智慧之树吞噬生命之树，最后将全人类凝聚成最终的生命果实，与莉莉丝同化，形成完美的生物，令全人类的灵魂，与莉莉丝一起得到永生。
这就是《人类补完计划》的真面目。（新剧场版的，和老tv版已经不是一个世界了。）
不过在启动《人类补完计划》之前，必须先杀光所有可能碍事的使徒，因为使徒已经是完好的生命果实了，一旦在使徒死光之前动全球的话，莉莉丝必然会先把使徒吸收进来，那就没有人类的位置了。
根据莉莉丝遗留的记忆，亚当最初拥有的生命果实有十颗，封印亚当时候强行产生的人形使徒“渚熏”是第十一个。加上最初的生命果实亚当，一共是生命树的十二使徒。（把从智慧树诞生的莉莉丝和人类算进去的话，就是十四个使徒。--【文学，更新最快，没有弹窗的网站】.dayan--(更新最快读看看小说网)）
…………………
“也就是说，在力天使之后，还有三位使徒需要消灭，没有干掉它们之前，不可能抢先动人类补完计划。”站在第三新东京市中心处的巨大天坑前面，墨释君俯瞰着地下空间，完全无视于那冲天而起的火柱，自言自语道。
此时的地下空间，硝烟正在散开，力天使黑沉沉的巨大身影，从巨大的爆炸坑底出现，并伸出大嘴，向着烧焦的零号机咬去。
在这一瞬间，墨释君双拳用力一握，却不知是准备出手阻止，还是要冷眼旁观。
按照原本的剧情，这一咬之后，零号机连同驾驶舱里的绫波丽，应该被力天使一口吞下。之后，力天使会吸收零号机和绫波丽的因子，从原本拖把般的身体后方，增殖出一个一百多米高没有头的白色女性身躯，体型就和绫波丽一般，然后盗用零号机的身份识别码，将自身波形变成属于eva的橙色，才向着更深的地下进攻。
在这种伪装模式之下，nerv的防御系统会将它当作友军，从而避免原本设定的“有使徒进入下层就自爆总部”的程序被激。
而对于墨释君而言，零号机被吞噬，也是一个对自己有利的变化。
这段剧情，正是原著里钦定的“初号机获得s2机关永恒动力”的机会。无论新旧版，初号机都在这段剧情中大暴走，轻易击败了力天使并吸收了它的s2机关，从此成为不需要外接电缆就能行动的机体。
同时，将绫波丽收入初号机，也会令初号机更加强大。
新剧场版和旧版不同，初号机不是第二使徒莉莉丝的分身，而是第一使徒亚当的四个本体之一，真正的神之体。当它吸收拥有莉莉丝灵魂的绫波丽，以及同样来自亚当的力天使的s2机关之后，几乎同时凑足了“亚当、莉莉丝、eva”这三大要素，接近到直接动第三次冲击的水平，如果不是后背中了渚薰一枪，也许直接就能开启人类补完计划了。（当然也可能不行，因为还差了亚当的灵魂、莉莉丝的身体和正版隆基努斯之枪。）
所以，当力天使伸出长嘴，想要吃掉零号机的时候，墨释君不由得有些犹豫，是跟着原本的剧情走，让自己的初号机力量更上一层楼，还是阻止力天使，在初号机没有赶到的时候，跟力天使一战呢？
不过那也只是一丝犹豫，刹那间就消失无踪。
时间只有一瞬，力天使张开的大嘴，已经快要到达零号机的头上了。
就在这时，只听“轰”的一声，雪亮的光芒照亮地下空间，一道粗大的龙形光束，宛如巨大的神剑，从天而降，贯穿了力天使的大嘴。
天空里，一个少年的身影正从大空洞处落下，张开的手掌上光芒尚未散尽，而他的声音，也在比光线晚了几秒之后，才姗姗传来。
“以我之名，出来，雷牙！”
……绫波，既然你曾不惜性命挡在我面前，那么，我就不会放任你遭受任何危险……
“嘶嗷嗷嗷嗷嗷嗷————————”力天使的体内，出了一串惨叫，几乎断成两截的嘴巴立刻被收了回去，同时转过身
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