董卓控制政府后一个最大的问题就是如何处理与名士的关系。他的做法与何进差不多，拉拢名士。他所提拔的人也与何进提拔的大同小异，但名士并不买账。本来他们就不服中央政府的管，更现在何况控制中央政府的是董卓这样“久习夷风”的“边弊之人”，于是他们就可以名正言顺的自立了。恰恰是那些董卓提拔到地方任职的名士们结成了反董卓同盟军。双方的战争并没有分出胜负，盟军并没有动摇董卓的统治。但董卓认为将政府置于敌军附近比较危险，于是要将都城迁到他势力范围内的长安。但如果就这么走了，洛阳可能成为反董势力西进的根据地，于是他一把火烧掉了洛阳。虽然这样做很残酷，但在战争年代，出于战略的考虑烧城也是很正常的。
董卓迁都长安后，守住潼关，拥有潼关以西的地盘，进可攻退可守，在战略上处于有利地位。事实上，在凉州军与关东军的冲突中，凉州军始终处于优势。不过，在董卓接受了京都的奢靡生活后，他似乎已经被腐蚀掉了，他已经不再是一个剽悍的凉州武士，也不再有年轻时的抱负与冲劲了。即使如此，关东军也不能把他怎样，董卓的覆灭是因为他没有协调好内部的矛盾。董卓的军队主要分为凉、并两派。凉州派有李傕、郭汜、胡轸、樊绸、张济等人，并州派主要有吕布、张辽、李肃、杨奉。次外，董卓麾下还有一孤独的名将辽东徐荣。
如前所说，董卓利用吕布杀死丁原，兼并了并州军。丁原死后，吕布成了并州军的首领。董卓是很信任吕布的，与他“誓为父子”，但并州与凉州兵的关系却十分紧张。并州军被兼并，是不会完全甘心的，然而又处于被压抑的地位。而凉州军以胜利者自居，没有把并州军放在眼里，甚至对吕布也是如此。董卓曾派胡轸为主将，吕布为副将攻打孙坚。胡轸扬言要杀了吕布以整肃军纪。不论胡轸是否会真的动手，他这种严重的挑衅必然会引起吕布和整个并州军的仇恨。结果还没和孙坚交战，董卓的部队因为内讧不战自溃。这么大的事董卓肯定会知道，但他似乎并未采取什么措施以缓和凉州军和并州军的矛盾。也许他找不到什么好办法，也许在他看来象他们这样的武夫争执甚至斗殴并不是什么大不了的事，过去就没事了。但吕布对凉州军的不满却与日俱增。董卓是个直率的人，他不会隐瞒自己的好恶。吕布曾经使董卓不满，董卓就拿起短剑向他掷去，吕布虽不敢发作却怀恨在心。而且吕布曾和董卓的婢妾私通，吕布内心更加不安。
在东汉政府身居高位，却对董卓阴怀不满如司徒王允等人看出并利用了这个矛盾。王允利用与吕布同乡的关系极力拉拢吕布，目的很明显，借刀杀人。凉州军和并州军矛盾激化，吕布对董卓不满而又内心不安，加上王允的挑唆，吕布终于下定了决心杀掉董卓以自立。王允、吕布利用凉州军主力在关东讨伐袁绍的机会，刺杀了董卓。董卓死后，并州军被凉州军赶到了关东。吕布在曹操的打击下灭亡，张辽率一部分并州军投降了曹操。凉州军在董卓死后没有统一的指挥，关中的凉州军在不断的内耗中渐渐消亡，宛城的张绣部也投降了曹操。
无论史籍还是小说，都喜欢对董卓的残暴无道大肆渲染，即使史籍上写的都是事实，也不能简单的否定董卓。如前所述，董卓废少帝立献帝是出于政治上的需要，烧洛阳是因为战略上的需要。至于掳掠百姓这种事无论是西凉军、关东军或是黄巾军都会干。以今天的眼光看，掳掠百姓是很不人道的，但在三国那种战乱时代却是很平常的事。其实董卓被骂了一千多年，并非因为他的所作所为，主要是因为他是一个失败者。董卓生于凉州长于凉州，又没读过什么书，董卓虽是汉人，但他在性格上更象游牧民族而与中原文化格格不入。而董卓这样的“蛮夷”居然敢“挟天子以令诸侯”，那些读书人当然对其恨之入骨，而历史正是由那些读书人写的。同样是废皇帝，尹、霍却被人推崇。被蒙古铁蹄毁灭的城市和被残杀的百姓的数量绝对比凉州军毁、杀的更多。但却很少听人骂铁木真。如果董卓消灭了关东军统一了中原，那么历史对他的评价会决然不同。到时，自然会有功颂德。而董卓残暴的行为也不会有人会管了。可惜董卓只是一介武夫。他在政治斗争和耍阴谋诡计方面比读书人差多了，所以会被王允和吕布除掉。对于一个失败者，他即使有功绩也会被抹杀掉。
在中国，写历史有两个原则：成王败寇和欲加之罪何患无辞。
这篇文章并非为董卓平反，只是因为中国的史书大多经过作者主观的加工，以致读者往往为之惑乱。我们今天读史应该比古人站的高些，还历史以本来面貌。;
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