一、日本占领期间华巫矛盾的激化二战期间，日本占领并野蛮地蹂躏了马来亚（1942年2月15日至1945年8月15日），令当地的生产、生活以及各族人民的生命财产遭到了极大的破坏，社会出现倒退，人们难以聊生，马来亚华人更是经历了一场地狱般的无妄之灾。日本占领当局在敌视各族人民的同时，针对各族群采取了分别对待态度，尤其是肆意挑拨马来人与华人的种族仇恨，使他们恶意相向，极大地恶化了两族关系。与此同时，日本占领当局又迫使以马来人为主的各族上层与之合作，对付以华人为主的抗日军民，后者则把凡是与日本占领当局合作的人当作军事打击的目标，予以痛击。日本占领期间，马来人与华人的两极化所沿路线是：马来人与日本人占领者基本上是合作的，华人则拿起武器，坚决反对日本占领者，而且，这一斗争与中国国内的抗日战争保持着某种一致性。这期间的马来人与华人之间的关系，已不仅是以前的竞争关系，而是带有某种军事上的敌对关系。日本投降后，马来人与华人族群的冲突进一步升级，社会继续陷入混乱之中，由此导致英**政府的成立。总之，日本占领马来亚期间，华巫两族关系遭遇到了前所未有的破坏。
值得注意的是，日本军队不仅以极快的速度占领了马来亚全境，它还一度完成了英国殖民统治者一直未能完成的任务，就是使整个马来亚首次实现了政治上的统一，尽管这不是马来人自己实现并当家做主的统一。当时的统治中心是在新加坡（已改名为“昭南”），统治范围除马来亚外，还包括苏门答腊（马来属邦的玻璃市、吉达、吉兰丹、丁加奴等州于1943年10月被日本占领当局让度给了已是其同盟国的暹罗）。日本占领期间，马来亚大体上按照原有州行政区划被编为省，由日本人充任省长。马来苏丹虽保住了作为统治阶级一员的地位，但已被降为日本人的顾问；另设省参事会，委任各族代表组成。
日本占领马来亚期间，政治压迫、经济掠夺、文化教育奴化、甚至血腥屠杀，无所不用其极，致使马来亚的经济社会出现了全面倒退。自马来亚遭受殖民统治尤其是英国殖民统治以来，日本占领期间似乎唯一变本加厉的是以马来人和华人为主的族群矛盾的加深，族群问题变得日益突出和严重，愈演愈烈。这直接来源于日本占领当局所实行的民族歧视政策，以及在族群间进行挑拨离间的做法。对于马来人，日本占领者在一定程度上保留了英国殖民统治者与其上层进行政治合作的传统，对于一般民众则大体上采取了怀柔态度，甚至利用马来人来对付以华人为主的抗日力量。“一般而言，对待马来人较其他族群要好，尤其是在行政上，一些已有行政经验者被委任为区一级官员，这些职位原来乃是由英国人充任的。马来人学校也受到了特殊对待，占领后的12个月内，马来半岛原有的885所学校中，就有721所获得重新开学。尽管也有一些强行征召的所谓‘志愿兵’，但是，那些作为治安维持员而加入自警团(ji kei dan)和其他准军事后备组织的马来人，一般都能得到一定的优待。他们通过日本入主办的会议、语言训练和行政教育等获得了组织经验。马来妇女也得以能组织协会，1944年，还获准参加了后备武装。与印度尼西亚相比，日本人不太关注伊斯兰教，只是从1943年年中战争变得对日本人不利开始，注意培养马来民族主义。”
日本占领当局对待华人却是以一种仇视的态度。早在日本占领中国领土后，马来亚华人就是海外华人支援中国抗战的积极力量，后来，他们又成为马来亚抗日斗争的中坚，对日本占领军采取了决不妥协的敌对立场，也为此献出了无数的生命和财产。日本人的一切残暴统治也首当其冲地落在了华人的头上，不仅如此，他们还利用马来人来控制、打击华人，由此加深了两族间的仇视。
“日本人利用主要由马来人组成的马来亚警察来镇压华人的反抗运动。这自然导致华人的强烈愤怒，所以，日本投降的消息传来后，就发生了对马来警察的报复。……在柔佛，日本人极力煽动马来人与华人相互仇视，结果导致batu 地方发生了冲突和伤亡。这些冲突似乎是由马来人挑起的。此时，两族群已陷入报复与反报复的恶性循环之中。”据说，日本投降后，还专门留了一部分武器装备予马来人，让他们用以对付华人。总之，日本的军事占领对马来亚的族群关系是极具破坏性的，它使马来人与华人两族间的怨恨情绪进一步演变为普遍的族群对立意识与行为，这造成了自殖民地独立运动以来两族间长期解不开的一个极大的心结。
二、日本占领期间马来族群意识的觉醒马来亚一直以来的政治分散以及遭受外来统治的状态，极大地阻碍了马来人（非马来亚）的社会发展，致使普通马来人中的地方忠诚（指各州的马来人对以苏丹为首的统治阶级所代表的地方权益的执著守护）长期占据着支配地位。受这种地方忠诚影响，再加上对英国殖民统治的某种信赖，马来人的族群意识因此出现的较晚。外来移民的到来，在其早期亦未能引发其族群意识的觉醒。
只是后来随着以华人为主的外来人口（包括后来构成马来人一部分的马来化的阿拉伯人和印度穆斯林）的迅速增加及其相对经济优势的出现，以及在
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