当时郭子兴有一养女。是其至交马公的女儿。马公死后，他最小的女儿便由郭子兴收养。此时，郭子兴见朱元璋是个人才，于是便把养女马氏嫁给了朱元璋，从此军中改称他为朱公子，朱元璋另起了正式名字元璋，字国瑞。
当时，在濠州城中，红巾军有五个元帅。郭子兴一派。孙德崖与其他三个元帅一派，两派之间矛盾重重。这年九月，徐州红巾军主将芝麻李被元军杀害，其部将彭大和赵均用率兵到了濠州，彭大与郭子兴交好，而孙德崖等人则拉拢赵均用。在孙德崖的鼓动挑拨下，赵均用绑架了郭子兴，并将郭子兴弄到孙家毒打一顿。准备杀掉他。朱元璋闻讯后，在彭大的支持下。率兵救回了郭子兴。从此，两派结怨更深了。朱元璋见濠州城诸将争权夺利，矛盾重重，决心依靠自己的力量，开创新局面。至正十三年，即公元1353年。六月中旬，朱元璋回乡募兵，少年时的伙伴徐达、周德兴、郭英等和同村邻乡的熟人听说朱元璋做了红巾军的头目，纷纷前来投效。于是很快就募兵七百多人，回到濠州。郭子兴十分高兴，就提升朱元璋做了镇抚。
这年冬天，彭大的儿子彭旱住自称鲁淮王，赵均用自称永义王，而郭子兴等仍是元帅。朱元璋见这些人半年没出濠州城，于是他从自己招募的新兵中挑选了心腹徐达、汤和等二十四人离开濠州，南略定远。在南略定远途中，朱元璋先招抚了张家堡驴牌寨民兵三千人，后又招降了豁鼻子秦把头的八百人。统率着这支队伍，朱元璋向东进发，乘夜攻破定远横涧山的元军营地，元帅缪大亨投降。朱元璋从降军中挑选了精壮汉人二万人编入了自己的队伍，并南下滁州。
在南下滁州途中，定远名人李善长到军门求见。李善长和朱元璋一见如故，李善长以汉高祖刘邦为例劝说朱元璋：只要效法刘邦知人善任，不乱杀人，很快便可平定天下。朱元璋认为很有道理，于是留李善长做了幕府的书记，并嘱咐李善长好好协调将领间的关系，共创大业。
朱元璋很快攻下了滁州，其亲侄儿朱文正、姐夫李贞带着外甥保儿，后来取名李文忠，前来投靠。从他们口中，朱元璋得知二哥、三哥、姐姐都去世了。其时还有定远孤儿沐英，于是，朱元璋就将这三个孩子收作养子，改姓朱。后来，朱元璋又收养了二十几个义子。
在朱元璋进攻滁州时，郭子兴受到赵均用、孙德崖等人的排挤，所以，朱元璋攻下滁州城不多久，郭子兴也来到了滁州。朱元璋立即交出兵权，三万人的队伍，纪律严明，军容肃整，郭子兴见了十分欢喜。
1355年，朱元璋一举攻克了和县。郭子兴即刻任命朱元璋为总兵官，镇守和州。一次，朱元璋外出，看到一个小孩在哭，朱元璋问他为什么哭，答说是等父亲。朱元璋仔细一询问才知道，原来孩子的父亲和母亲都在军营，父亲在营中养马，母亲和父亲不敢相认，只好以兄妹相称。朱元璋意识到，部队军纪存在问题，他们攻破城池后，扰民滋事，掳掠妇女，这样下去，部队将失去民心。于是，朱元璋召集众将，申明纪律，下令归还军中有夫之妇，让城中许多被拆散的夫妻团圆。此事广为传颂，朱元璋深得民心。
此年中，郭子兴病逝，小明王韩林儿任命郭子兴的儿子郭天叙为都元帅，妻弟张天佑为右副元帅，朱元璋为左副元帅。名义上，都元帅是军中之主，右副元帅的地位也比左副元帅高。但是滁州和和州的军队，多是由朱元璋招募收编的，而且朱元璋比郭天叙和张天佑有勇有谋，并且手下又有人才。所以，朱元璋事实上成了这支队伍的主帅。
元朝廷曾经派遣户部尚书张昶至江东，任命朱元璋为江西平章政事。朱元璋却毫不领情，拒绝接受朝廷的任命，他仗义执言，慷慨陈词，对元朝使者张昶痛斥朝廷的**和乱政，说难与元朝共事，说得张昶无地自容，被深深感化，竟然决定留住朱元璋的军营中，愿意成为朱元璋的幕僚，对朱元璋俯首听命，竭力效劳。就是横行海上的海盗首领方国珍，也对朱元璋的威望和德行深感佩服，派遣使者携带着书信，向朱元璋提出愿意献出温、台、庆元三个郡，归顺了朱元璋，只有陈友谅与张士诚相互勾结，执迷不悟，共同抵抗朱元璋。
张士诚派遣部下将领吕珍，攻入安丰，杀掉刘福通，拘留韩林儿。朱元璋率领部下猛将徐达、常遇春等人，快速挺进奔赴那里增援，与敌军激战，朱元璋部大获全胜，驱赶了吕珍，把傀儡皇帝韩林儿迎接到滁州居住。陈友谅得知朱元璋攻占了安丰，大兴水师，来围攻洪都。洪都是朱元璋得胜后更改的地名，朱元璋留下从子朱文正，以及偏将邓愈等人协助防守那里，等到陈友谅丧心病狂地前来进攻的时候，朱文正一面率军加强战备，准备抵抗，一面迅速传递紧急书信，向朱元璋告急。朱元璋接到军报，事不迟疑，火速亲率大兵前往增援，朱元璋大军到达湖口，陈友谅已经撤去包围，向东进军，渡过鄱阳湖，在康郎山，陈友谅部
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