从即日起算三十日，有不烧这些书籍的人，一旦被现处黥刑充为城旦输连筑长城年。另外医药、卜筮、种树这一类书籍因为惠利苍生百姓以不烧。而若欲学习法令，当以吏为师而非从书籍私学。
李斯的一番话仿佛给了那些儒生当头一棒，但更令这些儒生陷入绝望的是，始皇羸政好似根本没有多做什么考虑，很轻松的就批准了丞相李斯提出的这些‘恶毒′建议，并于当日就向天下各地下达了实施焚烧百家书籍的决策，似乎这些百家书籍当真是如丞相李斯所说一般，会颠覆他大秦江山似的。
秦始皇三十五年（前二一二），方士卢生为求仙人仙药不得，诡称有恶鬼作怪。又称方术之书记载：人主必需微行，乃避恶鬼，“恶鬼避，真人至”。真人入水不湿身，入火不见焚，腾凌云气，寿命与天地一样。人主的行止若为人臣知晓，会被神伤害。因劝始皇微行，所居宫室，不让人知道，然后以得仙人仙药。
始皇羸政确信不疑，表示｀慕真人”，遂自称‘真人”不称‘朕′。下令从咸阳城旁二百里以内，二百七十所宫观，一律建造复道、甬道以连接，并以帷帐遮掩，钟鼓美人充实其中，各个登记位置，不得随意移动。皇帝行幸所至，有敢泄露机密的论罪处死经，执行这一禁令初始时，触禁而死的甚众。其后，始皇行踪绝密，无人知之，群臣与皇帝议事，一律在咸阳宫进行。
秦始皇三十五年（前二一二），方士侯生、卢生为求仙药不得，又担心始皇羸政会因此而迁怒自己。遂听从些许儒生之建讥仅始皇“刚戾自用”，“专任狱吏”，‘士虽七十人，特备员弗用”。指责始皇“以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠”。嘲弄始皇“意得欲从”、“贪于权势”，不值得为其求仙药，遂相约逃走。
秦始皇得知，大怒，认为卢生等人“今乃用言语毁我大道功德．，夸大皇帝未行恩德的过失。认定儒生“或为妖言以舌”，令御史案问在咸阳的儒生。诸儒生辗转揭，牵连出四百六十余人，全部被坑杀于咸阳，借以昭示天下，惩戒其后，随后大量流放刑徒于边荒
始皇羸政的长子扶苏在河套之地得知这个消息后，上书给始皇羸政进谏道：“当今天下初定，远方百姓尚未归附，诸儒生只是宣扬孔子之说，陛下一概处以极刑，臣担心天下因此不安定。请陛下明察。”
秦始皇羸政闻言大怒，不仅将心中原先打算将扶苏从河套召回任命为当朝太子的心思断了，还用极为严厉的语气写了一封旨诏将扶苏狠狠骂了
一遍。
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